實踐中，很多稅務機關在稽查納稅人虛開增值稅專用發票違法行為時，會將案件移送公安機關，公安機關偵查後再將案件移送檢察院審查起訴，一旦檢察院決定起訴到法院，那麼納稅人很難擺脫"虛開增值稅專用發票罪"的罪名。但是仍然還會很多納稅人在檢察院審查起訴階段能夠通過積極補救稅款等途徑進行補救，最終檢察院決定不對其予以起訴，本文對幾個檢察院決定不予起訴的虛開增值稅專用發票罪案例進行總結分析：
通過以上幾個案例可知，對於虛開金額較小的行為，如果態度積極且能夠補繳稅款或者退還違法所得利益，如果是初犯、偶犯，檢察機關都會根據具體情節作出不予起訴的決定。
對於虛開金額較大的嚴重行為，檢察機關會傾向於證據的完整性，如果證據不完整，則也會不予起訴，但是此種情況的不予起訴並不意味著犯罪嫌疑人就一定無罪了，如果公安機關重新偵查調查到完整的證據鏈條，犯罪嫌疑人還是會有被起訴的可能性。
綜上，最為保險的方法仍然是規範公司內部的財稅制度和發票管理制度，從源頭上防範。
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