摩诃菩提佛寺以摩诃菩提大塔闻名于世，又译为大菩提寺或大觉寺，建于释迦摩尼成佛后约两百五十年左右，孔雀王朝的阿育王来此朝圣，他在菩提树下安置了一块金刚座，并于菩提树旁建了一座塔寺。
到了公元四世纪，据“大唐西域记”记载；由于当时锡兰国王王弟到印度朝礼圣地时，倍受冷落与羞辱，因此锡兰国王主动兴建摩诃菩提寺，供养来自锡兰的僧人使用。但是到十二世纪时，回教徒的入侵却将其破坏毁尽。直到十四世纪，缅甸国王又在阿育王的塔寺遗址上，出资护持重建。在缅甸浦甘(Pngan)的一座十三世纪建筑的寺院，就是它的缩影。然而，重建没有多久，这座寺庙就遭遇了严重的洪水，随着洪水而来的大量泥沙又将它埋在沙土中达数百年，直到1861年，印度考古研究所的总指挥－亚历山大。
玄奘西行求法时，曾拜谒摩诃菩提寺，那个时候的它非常宏伟，《大唐西域记》里，玄奘对它的记载如下：
“菩提树东有精舍，高百六七十尺，下基面广二十余步，垒以青砖，涂以石灰。层龛皆有金像，四壁镂作奇制，或连珠形，或天仙像。”
可是，百余年前，当鹿野苑与桑奇大塔的发现者——亚历山大·康宁汉姆（Alexander Cunningham）来到这里时，他看到的只是两座破败不堪，临近倒塌的砖塔，标志性的四方小塔年久坍塌，那颗知名的菩提树早已垂垂老矣。而且，这里是当地印度教婆罗门的地盘，院落里摆着祭祀湿婆的林迦，佛教徒的影踪几乎无处寻觅。
康宁汉(Alexander.Cunninghan)拜访此地，建议进行挖掘，为大塔的重生燃起了一线希望。1870年代末，在缅甸佛教徒与当时的孟加拉国政府协助下，终于将摩诃菩提寺修复完成，从此这座雄伟的大塔才得以重见天日。进入摩诃菩提佛寺之前，必须脱掉鞋子，赤足进入，这是对佛的尊重。
作为那个年代印度考古学界最牛的腕儿之一，康宁汉姆深刻了解这座寺院的价值。在当时殖民政府的支持下，他组织人手，开展考古工作，并参照寺庙残存的构件与古代留存的记录，修复了这座可能是世界上最重要的佛教建筑。
虽然从现在的角度来看，康宁汉姆做的修复似乎有些用力过猛，我们仍然要感谢他保护并认真研究了这份世界遗产。
此后，摩诃菩提寺也再次被全世界所知晓，佛教徒纷至沓来，朝拜圣地，千年古寺重新焕发生机。
经历殖民时期与独立后的一系列修复，现在的摩诃菩提寺大塔非常漂亮：灰白的身躯，高耸入云的主塔。密布的神龛，交错着异兽、连珠、装饰柱，不过，它们绝大多数都不是古代遗存，而是英国人与独立后印度政府修复后的产物，真品则在各个博物馆收藏。
主殿面积不大，里面供奉的是一尊金灿灿的释迦牟尼佛像。现在中文网络上习惯将其称为佛陀得道时的等身像，有种说法却是，最初的等身像，在很久之前就已无影无踪。19世纪初期，英国人见到的是缅甸人增补的，用灰泥制作的粗糙佛像，后来他们从其他寺院找来了现在这尊佛像，将前者替换。
摩诃菩提寺西侧，即是佛陀成道处。护佑菩提树的围栏真迹，已经被移至加尔各答的印度博物馆（Indian Museum）保管。
现存围栏是修复后的产物，上面挂满了善男信女祈福的旗幡花环。
印度的菩提迦耶（Bodhgaya），是佛祖释迦牟尼悟道之处，也是佛教信徒心目中最神圣的地方。据传，佛祖释迦牟尼（乔达摩·悉达多）生于公元前560年，其母母亲摩耶夫人在蓝吡尼生下他7天后就离开人世。悉达多自幼就在父亲净饭王呵护下成长，丝毫不知人间疾苦。后来，悉达多与表妹成亲，并育有一子。29岁时，悉达多在一次出游时目睹了世间的生老病死，因而引发出家修行的念头。一天夜晚，悉达多抛弃了王子的宝座，离家出走，开始云游四方，追求人生真谛。
树下是有名的“金刚座”（Vajrasana），由4根柱子搭成的布幔覆盖，篷内堆满了信徒的鲜花供品。目前这颗树是1870年重建时，从斯里兰卡移植过来的，不过据称树的祖先仍是当年释迦牟尼打坐悟道的树。至今，在金刚座前面仍能看到向佛陀曾经坐过的地方虔诚朝拜的僧侣和人们行礼的身影，那真是超越时空的信仰的力量。菩提树下的金刚座被铁栏杆围起来，那便是佛陀当年悟道的地方。相传金刚座位于三千世界之中央，下彻金轮，极为坚固，故诸佛选此地为成道之座。
如今菩提树下的金刚座，乃后代仿制，真迹金刚座已被埋于塔下。金刚座紧邻大觉塔的后壁，传说底下是金刚所造，贤劫中千佛出世，都会在此菩提树下金刚座入金刚定、证无上果。我们来此献上迟到的礼拜，而仰起头来却似乎感觉到世尊静默中的安慰－－忆佛、念佛，现前当来必定见佛。寺周围还有许多黑色小塔，在小塔群中，不少佛教徒或是打坐沉思，或是五体投地行着大礼。四方参道上，经常也可见各国佛教徒在此膜拜、禅思或聆听法师讲述佛法。
摩诃菩提佛寺周围林立着各式各样的佛塔。每座佛塔上雕刻着精致的小佛和图案。佛塔上精致的小佛和雕刻。环绕在摩诃菩提佛寺的佛塔和僧塔，形成了一个环形的朝圣路，许多僧人和信徒在此可以打坐、礼拜、绕佛。佛塔周边菩提树下，放着很多简易的大礼拜板。不时看到僧人在大礼拜板上不停地对这寺庙方向磕长头，做大礼拜，也有些僧人在菩提树下静心养心。
一种历生累劫的愿望，一下子会在那一刹那突然迸发，这便是信仰的力量。金刚座与菩提树，在静静地重播着当年佛陀成道时的感言：“奇哉！奇哉！大地众生皆有如来智慧德相，只因妄想执著不能证得。”菩提伽耶满大街都有卖菩提叶的，可是谁又能肯定那是真正的菩提树叶。菩提树的附近，有许多来自各个国家、地区的佛教徒在这里诵经、打坐、礼拜。还有许多人绕塔、经行。大经堂四周有许多来自各地的喇嘛放了大礼拜板，虔诚的做大礼拜。其中最引人注目的是来自中国西藏的僧侣，他们身着暗红色袈裟，一看就明白是来于何方。
塔的西侧是著名的菩提树，佛陀即在此树下得道成佛。《修行本起经》说：“高雅奇特，枝枝相次，叶叶相加，花色蓊郁，如天庄饰。天幡在树顶，是则为元吉，众树林中王。”菩提树受到佛教徒敬仰，其枝也曾多次代表佛陀被送往世界各地的佛寺供养，繁衍滋生。阿育王时代，他的女儿僧伽密多折下一段菩提树枝，带往斯里兰卡种植。菩提伽耶现存的菩提树是从斯里兰卡再移植回来的。1870年又被大风刮倒，现在的树据说是原树的“曾孙”。菩提树依然茂盛，圆圆的树叶是佛教徒心中的圣物，多么希望自己在礼拜时，突然有一片菩提叶刚好掉在头上，因为那代表佛陀的启示与加持。
佛教典籍记载，释迦牟尼与跟随他的五比丘，在苦行林中修苦行6年，忍受饥饿痛苦。释迦牟尼体力不支昏倒，幸得牧女施舍乳粥救他一命。从此他意识到苦行无法达到解脱，应采取“中道”，便前往菩提伽耶，在菩提树附近悟道七七四十九天，最终觉悟。摩诃菩提寺院落里，留存有许多纪念佛祖这七周言行的遗迹。
第一周，佛陀在菩提树下修行。
第二周，佛陀在西北方向站立观望菩提树，后世人们在佛陀站立处修建一座小塔，即“Animeshlocha Stupa”，摩诃菩提寺院落中第二高塔。
第三周，佛陀在菩提树与观望处之间徘徊，步步生莲花，信徒们在此修建了莲花基座（Ratnachakrama）。
第四周，佛陀在菩提树西北处冥想沉思，这里现有一座小的寺院——Ratnaghar Chaitya存世。
第五周时，佛陀在菩提树以东一棵榕树下回答了一个婆罗门的提问，佛陀指出，得道只凭果业，与出身无关。现在留存一根石柱——Ajapala Nigrodh，以示纪念。
第六周时，佛陀在菩提树南面冥想，忽降大雨，此时龙王目支邻陀（Mucalinda）赶来，为佛陀遮风挡雨。这里现在是一处池塘，中间还建有龙王护佑佛陀的塑像。
最终在第七周，佛陀在菩提树下觉悟。根据一些记载，之后他在附近另一棵树冥想时，收下了他最初的两位弟子。
这里宗教人文气氛浓厚，又些许少了弥漫在菩提伽耶的市侩氛围，闹中有静。
其实佛教在印度次大陆起起落落，中世纪起归于沉寂，现在印度本土佛教徒占比极少，摩诃菩提寺内的朝圣者，多数来自东南亚与东亚，以泰国人居多。
然而近百年来，随着印度与邻近佛教国家交流增多，以及反种姓运动的开展，佛教在印度略有复兴之势，或许佛陀的教诲就像那颗菩提树，虽历经生死，仍能重新枝繁叶茂，庇荫它的信众。
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