馬占山祖父馬萬龍籍貫河北豐潤，解放後劃為河北遵化南新莊村。據馬占山之女說：“嘉慶初年，那一帶遭水災，大批難民流入東北，我曾祖父馬萬龍和曾祖母黃氏也挑筐逃難來到東北。”馬萬龍定居吉林懷德毛家城子村西炭窯屯，後生一男名叫馬純，一家三口過著無依無靠的生活。馬純長大後長年給地主扛活，後在熱心人幫助下與本屯一家劉姓的女兒結婚，辛勤勞動多年，買了幾畝地，接著又從屯裡地主那裡租賃幾畝地，以維持全家生活，生一男一女。
又說，馬占山父馬四由河北省豐潤縣逃荒到東北，做小生意。後來拴了套勒勒車來往蒙古人聚居的遼西草原收置皮張。與蒙古姑娘結婚生下馬占山。馬占山的外祖父在熱河鏢局當過保鏢，武藝高強。他的舅舅也精通武藝，因此馬占山有一身蒙古族特有的騎射武功。
馬占山，字秀芳，1885年11月30日（光緒十一年十月二十四日)生於遼寧懷德縣毛城子鎮西炭窯屯。
馬占山的名字頗有講究。“佔山”，佔山為王，東北鬍匪常用的山號，什麼佔東山、佔三省、佔三江。馬占山年少時也是鬍匪頭目，可“馬占山”卻是正經的大號，也就是過去講的學名，這名並不是佔山為王的意思。馬占山從小也是苦出身，爹媽不識字，是求鄉里教書先生給起的名。馬占山，字秀芳，馬佔了山，就有草吃，字秀芳，聽這字又像個大姑娘，其實，那是“秀芳佔山”，意思是芳草滿山崗，圖個吉祥。這名字起得好，跟鬍匪沒關係。東北人稱馬占山為“馬小個子”。東北人多數身材高大魁梧，可是馬占山也就一米六五的身高，算是小個子。
過去人講究，佔山是自稱，表示謙虛；秀芳是他稱，只能別人稱他，表示激意。有的文藝作品出現“我馬秀芳。…”“我張漢卿…”，在當年會讓人笑掉大牙。
馬占山七八歲起，到蒙漢交界地的蒙族富有人家放牧，得到了學習蒙族騎射的機會。
十二歲那年，馬占山的母親得了重病，因家貧無錢醫治，不久離世。馬占山向財主姜大牙借了十塊大洋，埋葬母親。為抵債，馬占山到位於縣城西北角的姜崴子村給姜大牙放馬。
1903年12月，十九歲的馬占山放牧時走失一匹馬，姜大牙硬說是他把馬偷賣了，叫人把他綁送毛家城子鎮警察分局，讓他賠償。警察綁住馬占山兩手的大拇指吊在棚頂上，拷打逼供，馬占山不管警察怎樣毒打，總是說：“沒偷就是沒偷，打死我也沒偷！”父親馬純只好將自種的麥青全部賣掉，賠了姜大牙的馬錢，才算了事。幾天後，丟失了的馬跑回來了，姜大牙卻不肯將馬錢退回。
馬占山決心要報仇，瞞著父親和妻子，落草上了黑虎山。黑虎山，又叫哈拉巴喇山、哈拉巴山，共有七座火山錐，位於現在雙遼市。坐火車在鄭家屯就能看到山錐。山不高不大，林也不密，但是當年，也能藏些小股土匪。
1905年9月，日俄戰爭結束，馬占山一夥接受懷德縣衙的收編，成為地方游擊隊，負責維持地方社會秩序。馬占山任哨官，駐守懷德縣城。
1908年，馬占山所在的游擊隊劃歸清政府正規部隊，移駐昌圖。昌圖是大名鼎鼎的吳俊升吳督軍的老家。
吳俊升，學產權，升是量器，權是衡器，過去人的名與字意義是相聯的。有人將吳俊升的“升”寫成“陞”是不對的。
吳俊升雖不通文墨卻相人有術，知人善任，相中了身材瘦小的馬占山，看上的是他膽量與槍法。
時任奉天后路統領的吳俊升提拔馬占山為該部四營中哨哨長。哨長相當於今部隊排長。
1913年，吳俊升部改編為民國中央騎兵第二旅，馬占山被任為三團三連少校連長。1918年，升為營長。兩年後，隨督軍吳俊升到黑龍江赴任，升為二十九師一零六團團長，駐海倫。
1903年末到1905年9月，這一年多時間是馬占山的土匪經歷。說馬占山土匪頭子，有些牽強。一年多的小土匪，也就是燒火挑水乾雜活。
馬占山家上幾代都是老實的農民，想的是過安穩日子，這種農民最恨鬍匪。只是地主、警察所逼才落草為寇，並不是有“反骨”，想靠搶掠發財。官府一開始收編，馬占山就結束草莽生活。可見，骨子裡的並不是真想為匪。
當時東北遍地是匪，大大小小，多如牛毛，馬占山的綹子不過是十幾個人七八條槍，根本不上數。馬占山報號“老疙瘩”，東北話意思是“最小的”，這根本算不上是個“山號”，只是因為他歲數小、個子小，隨口叫的。東北土匪也是儘量講“正規化”的，有完善的組織系統：大當家的、二當家的、師爺、糧臺、“四梁八柱”、“底飛原練”……“老疙瘩”算不上正式鬍子山號。
馬占山當土匪時間不長，剿匪的時間卻很長。從歸順官府開始，就與土匪作戰。1911年，馬占山當連長，懷德（今吉林公主嶺）土匪蜂起，馬占山帶隊進剿，追擊“天下好”，親手將其擊斃。之後，多次參加剿匪。當過一年多小土匪，卻剿了二十年匪。
馬占山最恨搶老百姓東西。在陝北哈拉寨時，有兵搶百姓東西，被捉住，就在廟前敲鐘召集群眾，當眾宣佈罪行，然後用牛車將犯人送到刑場槍決。當地流傳一首民謠：“哈拉寨的牛車坐不得，大廟的鐘聲聽不得。”當時鄒韜奮主編的《生活週刊》刊載了徒然的文章《記馬將軍》，其中說：馬占山在一家糧米鋪子存了兩千塊錢，他出去剿匪，回來時鋪子倒閉，人去店空。手下的人要把鋪子裡的存糧搬來，充當賠償可馬占山不同意，他讓人調查這糧店都欠到多少人的錢，然後，將存糧折錢，每個債主平攤。
任何時代，任何政權，土匪都為社會不恥，都是反面的。馬占山從不以土匪自居，最忌諱別人說他這段歷史。
為什麼人們愛把馬占山與土匪聯繫呢？
馬占山有一身嫻熟的騎射功夫，性格豪爽，語言直白，文化不高，讓人覺得有些土匪“風格”，這是一個原因。其實，馬占山的馬上功夫是放馬時練的，馬占山的拿手活是“鐙裡藏身”，其實這是馬上的“花活”，重在表演，實戰意義不大。槍法，也不一定是當土匪時才有的。那年月，有錢地主家多有武裝，築的圍子、炮臺，稱之“響窯”，農閒時，勞金、夥計也要集中培訓，練習射擊。
奉系軍閥首領張作霖、馮德麟、吳俊升、張作相、張景惠、萬福麟都不是土匪出身，硬是讓好弄事兒的人給說成土匪，馬占山稍稍“有歷史問題”，自然不能倖免。
江橋抗戰的指揮官多是有文憑的科班出身：參謀長謝珂北京軍大畢業，步兵二旅旅長蘇炳文、衛隊團團長徐寶珍保定軍校畢業，苑崇谷東北講武堂畢業，騎兵二旅旅長吳松林在軍官培訓班學習過。
有人說馬占山也念過講武堂，可是沒有明確記載。
江橋抗戰，是馬占山等抗日將領率領的中國軍隊對日本侵略軍的抗擊，代表的是中國政府、中國人民。
當年國聯調查團到東北，調查東北人民對日本侵略軍、偽滿洲國的態度。日本人極力宣稱，在江橋遇到的是小規模衝突，反抗日軍的僅是土匪，是烏合之眾，並不能代表東北民眾。日本人極力將馬占山說成土匪，政治企圖明顯，用心極其險惡。國聯調查團的美國記者海米斯、瑞士記者林特冒死越過日軍封鎖，到海倫見到馬占山，澄清了馬占山部不是土匪，而是代表中國民眾的真正的中國軍人。
1916年，在日本帝國主義支持下的蒙古巴布扎布，糾集四五千人，由海拉爾一帶南下竄擾，企圖在東北建立所謂“滿蒙帝國”。馬占山受吳指揮，在突泉激戰中，以少勝多，斃匪徒五百餘人。剿匪有功，被提升為營長。兩年後，他跟隨督軍吳俊升赴黑龍江省駐防，升任團長。
1925年，第二次直奉戰爭結束，馬占山升任東北陸軍騎兵第十七師第五旅旅長。不久，爆發了第二次直奉戰爭，馬旅調至河南新鄉駐防。直奉戰爭結束，馬部回防東北。11月，郭松齡反奉，馬占山跟隨吳俊升討郭，在新民縣境的白旗堡附近，將郭軍擊敗，活捉郭松齡。馬占山於次年被張作霖任命為騎兵第十七師師長，後又提為騎兵第二軍軍長。奉軍的軍，是戰時編制，戰後解散，軍長迴歸原職。
1927年12月1日，駐安達站的黑龍江省剿匪司令馬占山接替石青山任東北陸軍騎兵第十二旅旅長，後第十二旅改為第一旅，旅長仍為馬占山。
馬占山生在窮家，還不懂事的時候，一天，村裡來了一對要飯的夫婦，筐裡挑一個男孩，手裡牽一個小姑娘。馬占山的娘劉氏，可憐這家人，給了他們吃的，還讓他們進屋休息。這家討飯的人姓杜，是關里人，關東沒有一個親戚朋友。馬家看這家人老實、可憐，就收留下他們幫家裡幹活。杜家小姑娘叫杜贊義，比馬占山大三歲，馬占山十五歲時與杜贊義成為夫妻。
杜贊義聰明能幹，又有主意，家裡大事多由她作主。馬占山當姐姐對待杜贊義。1929年，杜氏在海倫病逝，留下一男一女。馬占山為之哭跪，痛心至極。
正房杜氏生的一男一女，男的叫馬奎，女的叫馬玉文，四太太生的男孩叫馬復興。
馬奎曾任北京市政協委員，文革被迫害致死。
李秀芳是馬占山的二房夫人，是位不識字但很漂亮的農家女子。1932年5月，馬占山黑河誓師南下海倫，這之後，夫妻就再也沒有見過面。李秀芳改嫁做俄語翻譯的徐子平，女兒徐淑清再也沒有見過父親，隨繼父改姓徐。1957年李秀芳病故。
與杜氏為伴時，馬占山連娶了三個姨太太——這在東北軍高級軍官中也算常有的事。
1930年初，馬占山到黑河出任黑河警備司令、第三旅旅長。原警備司令巴英額將黑河興安大街自己住的俄式公館騰給馬占山。馬家三個太太各有住處，各有所安。
馬占山喜愛京戲，特別是武場。有人看出門道，介紹一個藝名筱荷花的評劇刀馬花旦，馬占山續了筱荷花，依先來後到，稱作五姨太。
元配杜氏是個標準農村女強人，後來那仨，論相貌還行，但沒文化，更沒有馬占山喜歡的武功。五姨太就不一樣了，身段婀娜，嬌眉嫩腮，戲唱得好，還有一身好武戲把式。馬占山視筱荷花為掌上明珠，閒散時，到筱荷花房裡；來氣了，也奔筱荷花那兒。英雄愛美女，兩個人成了黑河城裡街談巷議的佳話。
“九·一八”後，黑龍江省城齊齊哈爾告急，1931年10月10日，馬占山被任命為黑龍江省代理省主席，代理東北邊防軍駐黑龍江副司令。
馬占山到齊齊哈爾不久，戰火燃燒，江橋戰起，馬占山成為舉世矚目的人物。
(齊齊哈爾文史資料——江橋抗戰史)
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