黃瓜幼苗從育苗穴盤移栽到大棚土壤中，其生長環境發生了很大的變化，再加上幼苗期的蔬菜其抗逆能力還比較低，這段時期就成了作物根部病害高發的一段時期。一旦根部病害發生，可能當時不會有所表現，但是當蔬菜進入開花坐果期，必然會表現出來，嚴重影響蔬菜的整體效益。
導致黃瓜苗期死棵的病害，主要有四種：
黃瓜疫病
黃瓜疫病是一種土傳病害，對黃瓜生產威脅很大。主要危害莖、葉和果實，幼苗期、成株期均可發病。幼苗期發病，多從嫩尖發生，初期呈暗綠色水漬狀萎蔫，最後乾枯呈禿尖狀。葉片上產生圓形或不規則形，暗綠色，水漬狀病斑，邊緣不明顯，擴展很快，溼度大時腐爛，乾燥時呈青白色，易破碎，莖基部也易感病，造成死苗；莖蔓發病在莖節部產生暗綠色水漬狀病斑，病部顯著縊縮，其上葉片全部萎蔫，最後全株枯死；瓜條發病，形成暗綠色圓形凹陷的水浸狀病斑，很快擴展到全果，病果皺縮軟腐，表面長出灰白色稀疏的黴狀物。
黃瓜根腐病
黃瓜根腐病分為鐮刀菌根腐病和擬莖點黴根腐病，主要侵染根部。 鐮刀菌根腐病的發病初期，植株主根或鬚根變黃，地上部無明顯症狀，以後病部明顯擴展，地上部的葉片在中午時下垂，早、晚恢復。幾天後，根部呈黃褐色溼腐，地下部呈青枯狀萎蔫、死亡。擬莖點黴根腐病的症狀基本同鐮刀菌根腐病相似，只是有時可見灰白色帶狀菌絲體塊，在根皮細胞可見密生的黑點，為病菌的分生孢子器，發病初期黃瓜的葉片失去活力，晴天中午葉片萎蔫，早晨、傍晚或陰天恢復正常，如此反覆數日後下部葉片開始枯黃，逐漸向上擴展；造成整株枯死。
黃瓜根結線蟲病
根結線蟲是為害黃瓜的重要土傳病害之一。根結線蟲主要發生在植株根部，以側根和鬚根更容易受害。根系受害後形成大小和形狀不同的瘤狀根結，有的呈現串珠狀、初為白色，後變為淡褐色，表面有龜裂。發病後，一方面根系吸收、輸送水分和養分的能力下降；另一方面根系合成內源激素的能力下降，從而使葉片變小，葉色變淺、變黃，似缺素症；落花落果，果實小畸形多；植株生長緩慢、矮小瘦弱，中午萎蔫，早晚恢復，至全株枯死。
黃瓜枯萎病
黃瓜枯萎病從幼苗到成株都可發病，以開花到結瓜期發病較重。 幼苗受害時，有的不能出土即腐爛，有的出土不久頂端呈現失水狀，子葉萎蔫下幼莖基部變褐色縊縮，萎蔫猝倒而死。土壤潮溼時，根頸處產生白色絨毛狀物。多數病株均從結瓜期出現症狀，病株生長緩慢，葉子出現黃色網紋狀，下部葉片變黃逐漸向上發展。發病開始時，葉片萎蔫不顯著或中午萎蔫，早晚恢復正常。反覆數日後，全株萎蔫枯死。潮溼時幼莖基部病斑處表面長出白色至粉紅色黴層，剖開根莖部可發現維管束已變黑褐色，乾枯時縱裂如麻，造成大量植株枯死。
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