有機大蔥在育苗期間，最容易發生猝倒病，這與土壤、種子以及管理水平有直接關係。首先，苗床應選擇3年內未種過蔥蒜類的土質育苗，疏鬆肥沃、地勢平坦、排灌方便的沙壤土最好。大蔥生長適宜的pH為7.0-7.4，當土壤pH在5以下，不利於大蔥苗期生長。
種子消毒是防治苗床病害的有效手段，有機大蔥可用0.2%高錳酸鉀溶液浸種25分鐘，再用清水衝淨，可殺死種子表面的病原菌;也可用乾淨的紗布把種子包好，放在 50℃的溫水中浸泡30分鐘。浸泡時要不斷搖動，使種子受熱均勻。浸泡結束後，隨即用清水洗一遍，再放在20-30℃的水中泡2小時，澇出後即可播種。播種前用美國普利登液體有機肥均勻噴撒苗床，播種後覆土。
陰天或雨天容易發生霜黴病或疫病，有機大蔥主要表現症狀是幹尖黃葉，為防止病害發生，可直接用美國普利登液體有機肥噴淋苗床和噴施蔥苗，5天一次，連噴2-3次。對發病較重的，用美國普利登液體有機肥200倍液+72.2%霜黴威(72.2%普力克)水劑600倍液或惡黴靈800倍液噴淋根部，連續使用2-3次，可控制病情發生。
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