中藥材通過發酵技術處理以後，可以達到一下的目的：
1、 提高有效成分
中藥材原料很廣泛，很多都是家鄉隨處可見的小草。實際上，起關鍵藥效的有效成分主要存在於植物細胞的胞漿中，胞漿被細胞壁、細胞間質包裹在植物細胞的內部，而細胞壁為植物細胞特有的細胞器，是由纖維素、半纖維素、木質素、果膠質等物質組成的緻密結構。如此堅實的結構，致使在提取中藥材的有效成分時，需要突破細胞壁和細胞間質的雙重阻力才能溶解於提取介質中。
2、 減輕毒副作用
中藥經發酵後，其毒性成分如生物鹼類、內酯類、苷類、蛋白質類、重金屬等被微生物分解轉化，或對有毒成分進行修飾，可達到降低毒性或毒性消失的效果
3、 通過產生新的有效成分
例如李國紅等人採用枯草芽孢桿菌對三七進行發酵後，對發酵後的皂苷成分檢測，發現了生品中從未檢測到的人參皂苷Ｒh4，表明這種新的成分是通過發酵轉化而來。
4、 提高中藥資源利用率
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