電影《大明劫》，故事背景是明末，孫傳庭在出擊李自成前，軍隊遭遇瘟疫，醫師吳又可治療瘟疫的故事。這部電影上映於2013年，可以在視頻網站上直接看。
大致的劇情如下：
李自成大軍勢如破竹，即將攻入開封，崇禎皇帝焦急萬分，重新啟用在監獄中的大將孫傳庭，孫傳庭率領明軍最後的精銳，準備出潼關往河南迎擊闖軍。
孫傳庭到潼關練兵，第一件大事就是奉崇禎皇帝之詔，斬殺了總兵賀人龍，"從此沒有賀家軍，只有大明軍隊"。
然後，孫傳庭視察軍隊，許多士兵們鳥銃火藥不足，大炮無彈藥，孫傳庭再去糧庫，一包糧食捅下來，裡面全是沙子。此刻，兵部又發來了急報，命令孫傳庭加緊出關，隻字未提軍餉事宜。
孫傳庭的軍營中，有個士兵生病了，找來了當地的醫師趙提領看病，過了幾天，軍營中陸續有士兵生同樣症狀的病，趙提領的藥方並沒有起效。
趙提領的學生吳又可從蘇州到潼關投奔老師，於是和趙提領一起入營給士兵看病，吳又可和趙提領給出截然不同的藥方，趙提領認為士兵的病是傷寒之症，吳又可認為："但凡寒症，發熱、惡寒，脈浮而數，但他們熱而不寒，實為瘟疫初起之症"，趙提領認為《傷寒論》歷經千年，為世代的醫家遵循，不能因為僥倖治好了幾個患者，就對醫聖不敬。於是，吳又可默默離開了老師。
可是，軍營中生病的士兵越來越多，馬車一車車的往外拉屍體，大軍即將拔營，而軍營之外，潼關的老百姓也因瘟疫大量死去，百姓開始做法驅瘟神。趙提領因為沒能治好士兵的病，自己也染上了瘟疫，被指揮使責問，他說："我不甘心嘞，醫家傳統、祖宗療法，就算不能救人，也不至於殺人"，然後，在絕望中自殺。
吳又可一路上見到許多人死去，他覺悟到瘟疫傳染的途徑：天地之間另有一種癘氣，它能讓人致病於無形，一旦有人患上瘟病，就能通過呼吸傳染。他返回潼關找師傅趙提領，告訴軍營指揮使，大軍已經染上了瘟疫，並解釋了傳染原理。隨後，他和趙提領的女兒將趙醫師安葬。
孫傳庭大軍即將拔營，軍中瘟疫盛行，如果不能得到有效控制，後果不堪設想。孫傳庭找到吳又可，請他治療軍中瘟疫，吳又可經過一番掙扎，決定去軍中治療瘟疫。
首先，每個人都要帶上面罩；其次，區別隔離與治療，染病的士兵按照生病的不同程度，胳膊上分別繫上不同顏色的布條，並且安置在不同的隔離區，區域之間不得走動。瘟疫漸漸得到了控制。
為了穩定軍心，孫傳庭下令，病死軍戶視同陣亡，所欠賦稅一律免除。於是，有人拿平民的屍體冒充士兵騙取撫卹。
由於缺乏軍餉，孫傳庭宴請潼關當地的大戶，籌集軍餉，以資明軍攻打闖軍，但是大戶們巨資孝敬孫傳庭，籌助軍餉卻寥寥無幾。明朝是屯兵制，二分守備、八分屯田，守屯結合、寓軍於農，但是現在屯田都到了地方豪強手中，軍隊沒有耕地，也就沒有糧餉。於是孫傳庭派經歷司調查當地大戶侵佔的屯田，當地大戶不想補交賦稅，于軍方勾結，一把火燒了經歷司和調查人員，死無對證，孫傳庭大怒，"該徵的不能徵，該殺的不能殺，投筆從戎十幾年，我到底為誰而戰！"
在崇禎皇帝的一再催促之下，孫傳庭大軍拔營啟程，但是染病的士兵他不能帶走，又恐引起譁變，因此趁半夜，將染病士兵全部燒死。吳又可道："督師控制疫情的方式確實比我有效"，吳又可對當今世道失落至極，帶著趙提領的女兒和孩子回到了蘇州，寫下了《瘟疫論》。
孫傳庭這裡，大軍浩浩蕩蕩開往開封，最後明軍大敗於李自成的軍隊，孫傳庭戰死。
《大明劫》以小見大的講述了大明朝滅亡的幾個劫難：
第一：瘟疫
電影的主角吳又可，是明末著名的傳染病學家。崇禎末期，全國瘟疫橫行，十室九空，"一巷百餘家，無一家僅免，一門數十口，無一僅存者"，張仲景的《傷寒雜病論》所載之法沒有效用，吳又可親歷疫病，潛心研究，根據治療經驗，整理了《瘟疫論》一書，並提出"癘氣"致病之說，是傳染病史上的偉大創舉。吳又可《瘟疫論》中的"達原飲"在"非典"期間也發揮了作用。
明末的鼠瘟橫行，從萬曆年間已開始，所以有"老鼠亡明"的說法，<strong>明末因瘟疫死亡的人口上千萬，李自成順利攻克北京城，也是瘟疫幫了大忙，當時，北京城裡每天死去的人口數以萬計，崇禎皇帝無法仿效于謙"北京保衛戰"那樣，因為無人可守。
<strong>明末的瘟疫時間長，影響範圍廣，又連連乾旱，於是百姓起義造反，為了應付農民軍，朝廷又要加重賦稅支持軍隊，惡性循環，直至滅國。
第二：土地兼併
電影中描述的潼關當地的豪族強佔屯田，實際上，當時整個明朝都面臨著這樣的情況。<strong>豪強地主大量的兼併田地，他們又只繳納極少的賦稅，百姓無地可耕，朝廷國庫空虛，無法供養軍隊。對內，沒有耕地的百姓同時又揹負著沉重的徭役，以致反叛起義；對外，軍餉缺乏，少兵少糧缺補給，眼睜睜後金崛起。
第三：黨爭
崇禎皇帝痛恨閹黨，繼位之後，剷除了魏忠賢為首的閹黨集團，然後大力扶持東林黨。缺少了閹黨的制衡，崇禎的皇權被東林黨架空。權力使人膨脹，東林黨再度崛起之後，並沒有能夠和崇禎一起，力挽狂瀾，扶大明於將傾，不過也是走上了閹黨的老路子，貪汙受賄、排除異已，為小團體的利益服務。<strong>顧憲成在無錫重修東林書院，後來，東林黨逐漸代表著江南豪族的利益，慫恿崇禎加重農業稅，但是免收或者少收商業稅，國庫的空虛與農民起義東林黨也有一部分責任。東林黨自詡忠君愛國，可惜崇禎到死才看清他們的真面目："朕非國王之君，臣皆亡國之臣"，"文臣個個可殺"，"君王死社稷"，但是東林黨黨魁錢謙益卻在清軍兵臨城下時變節，"頭皮癢、水太涼"，多麼諷刺。
第四：崇禎
電影中的另外一位主角孫傳庭，明末著名大將，也可以說是崇禎手裡的最後一張王牌，打好這張牌，崇禎有很大翻盤的可能，大明國祚也許會有所延長。電影中吳又可需要孫傳庭相信他，才能治好瘟疫，孫傳庭答應了，並且意味深長的說了句：<strong>"我能信你，可是誰又能信我呢？"孫傳庭領御新兵，加以訓練，打敗農民軍概率很大，但是崇禎性格多疑，他命令孫傳庭立即出關迎擊闖賊，否則就是有割據謀反之心，於是，孫傳庭不得不出關，然後戰死沙場，"傳庭死而明亡矣"。
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