團滅石之海
19歲的空條徐倫剛剛交到男友，兩人駕車在高速公路上兜風，結果發生了交通事故。事發後，徐倫的男友及其律師設計將責任完全推到了徐倫身上。
無辜的徐倫就這樣被關進了監獄。空條徐倫在查看母親送來的物品的時候，被能製造替身的箭刺破了手指，從此擁有了替身能力。
承太郎前來幫徐倫逃獄，但他們受到攻擊，承太郎被抽出包含記憶和替身的光盤，成為了生理上的植物人。通過在監獄中一系列的調查，徐倫等人發現這一切為監獄裡的神父恩裡克·布奇一手操縱。
為挽救父親，徐倫與布奇鬥智鬥勇，在卡納維拉爾角，空條徐倫及好友與神父恩裡克·布奇戰鬥，布奇融合了綠色嬰兒之後將替身進化成為新月，一度重創空條徐倫一行人。後被趕來的艾梅斯和空條承太郎擊退。
神父利用替身的能力反轉自身的重力，找到了所需的新月時的重力，使得替身進化為天堂製造並獲得了加速時間的能力。在加速的時間中，安娜蘇、艾梅斯、空條承太郎、空條徐倫被布奇殺害。
加速時間使得舊世界結束，受到徐倫保護的安波里歐倖存，和布奇來到了平行世界。安波里歐利用其替身能力將布奇包圍在純氧中致其死亡。
由於布奇的死亡，天堂製造所引發的時間加速停止，世界並未到達神父所希望的“天堂”。
醫療兵仗助
假如仗助加入第六部，而此時仗助已經是28歲，他已經讀完了大學和研究生，因為受到SPW財團的資助，他來到美國留學深造。
當他得知承太郎博士變成了植物人時，他立刻趕到了弗洛裡達州，承太郎先生無意識中在胳膊上劃出“徐倫”時，仗助明白了承太郎的意思，於是立刻去找尋徐倫。
此時的徐倫已經越獄，在路上仗助突然發現許多cosplay一樣的人物跑到了路上，白雪公主、超人、Tom貓等等，自己的母親打電話告訴自己家小鎮出現了一個活著的蒙娜麗莎。
仗助立刻意識到這個是替身攻擊，但是自己無法判斷敵人的方位，因為混亂他被堵在了路上。但幾個小時過後，亂象消失了。他駕車碾死一大堆蝸牛之後，自己漸漸開始蝸牛化，仗助大叫一句：“fuck,伊藤潤二誠不欺我！”。這時不遠處巷子裡，一個人胸口被打了一個大洞，一個神父模樣的人狼狽的跑開。
仗助立刻下車，瘋鑽進行了修復，但男子已經氣絕身亡，同時一個光盤從他頭上掉了下來，這時四周的蝸牛瞬間消失了。同時他發現一個女孩十分眼熟，是照片上的徐倫。
徐倫看著“天氣”的屍體大哭起來，仗助向旁邊的艾美斯問清了情況，他後悔沒有留下剛才的神父，仗助表明了自己的身份，而在得知仗助是自己的叔祖父後，徐倫大為吃驚，仗助說道：是承太郎先生讓我來保護你的。於是仗助加入了主角團，一起向著卡納維爾角前進。
茸茸的到來
此時的喬魯諾已經25歲了，他的黑幫已經越做越大，福葛回到了組織，還學會了游泳。
米4達成為喬魯諾的得力助手，喬魯諾卻最近一直在做夢，夢見父親、卡納維爾角和一個厚臉皮的神父。
在飛往弗洛裡達的飛機上，他驚奇的發現飛機窗戶外面是一群花仙子，喬魯諾心想不妙，這是替身攻擊，正當自己召喚出黃金鎮魂曲的時候，一切異象突然消失。
在機場，喬魯諾見到了一個精神崩潰的男子躺在機場椅子上，感覺十分熟悉，他猛然間瞥見了他肩膀上的星星，結合夢境喬魯諾明白了什麼。
於是一把抓住了那個人，質問：你為什麼會有星星標誌？神父是誰？他在哪？喬魯諾知道了了這個男子和自己身世相同，而神父是自己父親的信徒，他希望到達天堂。
在去往卡納維爾角的路上，喬魯諾有了一個奇怪的感覺，自己的父親就在不遠處。此時的卡納維爾角上，因為新月的出現，造成了群眾的大量傷亡，但主角團在仗助的幫助下毫髮無損，然而神父的引力導致眾人動彈不得，仗助想到：“要是康一在就好了。”
這時徐倫正和新月打得難分難解，一邊的仗助利用手機告訴了承太郎自己的具體位置。終於一根長矛帶來了艾美斯和承太郎，承太郎用時停救下了徐倫，歐拉了神父，然而神父臉皮太厚，接下了所有攻擊，承太郎遭到了新月的重創，好在有安娜蘇的分擔和仗助的治療。但神父已經找到了那個“點”，天堂製造誕生了。
挫敗神父陰謀
神父藉助自己的加速度直接重創了仗助，讓他召喚不出替身，JOJO一行人利用艾美斯的能力和安波里歐的子彈逃到了大海，然而失去了瘋狂鑽石，並且承太郎顧忌著自己的女兒，最終承太郎的頭部被神父切開。
艾美斯被切開雙臂，徐倫絕望的看著自己的父親，神父說道：“承太郎你最大的弱點就是你的女兒！”正當神父要對徐倫痛下殺手時，背景樂突然改變。
神父以為自己換錯了光盤，突然一陣“木大木大木大木大”打了神父和安娜蘇一頓，安娜蘇倒入血泊，神父差點暈了過去，一陣金光閃過，躲在礁石下的喬魯諾瞬間治好的承太郎、艾美斯和仗助，徐倫一陣詫異。
神父回過了神：“木大？你是迪奧的兒子，你是幫我上天堂的人，這樣全人類就可以得到幸福！”喬魯諾說道：“雖然不知道，你的天堂是什麼，但是我感覺到這是說謊的味道。
我父親的理想不是對於人類的，他不會在乎麵包的幸福。”說完一陣木大攻擊了上去，神父立刻閃避，“既然這樣，我就讓你們相信命運，你們JO家人會簇擁著我上天堂。”
神父加速了時間，妄圖利用加速時間到另一個世界殺死他們，而黃金鎮魂曲也同時啟動，時間受到了加速和倒退同時作用，一陣黃光之後，時間發生了扭曲，此時遠在意大利的米斯達。
承太郎一行人暈了過去。不久之後仗助被凍醒了，他在一片荒野中，四周下著大雪，這裡似曾相識，不遠處一輛汽車陷在了雪地裡，那輛車那麼的熟悉。
他看到一個女人焦急的在駕駛座上打著電話，遠處是杜王町一樣的小鎮，此情此景，仗助立刻明白了過來，他回憶起了一切，他幫助女人推開了汽車，目送著車子離去。
此時的承太郎也醒了，他發現四周是時一個英式大別墅。
但別墅卻十分眼熟，是姥爺牆上掛著的老家別墅，不遠處一輛馬車駛來，承太郎躲了起來，一個黃髮少年跳下了車。
“Konon dio 噠”男孩大叫，緊接著是長得和高祖父一樣的男孩走了出來，然而迪奧並不關心他，反而踢了高祖父的狗。“伊奇”承太郎心裡想著，“那麼這裡是200年前？那麼只要殺死迪奧，女兒就可以活下來，還有花京院”。
承太郎一直監視著迪奧，他看到了迪奧毆打高祖父，強吻高祖母，當迪奧將狗裝到袋子裡扔到焚化爐時，承太郎啟動了時停，將迪奧打暈與袋子裡的狗交換。
然而自己開始變得透明，承太郎明白了時間線已變，自己的家族將會重組，自己可能不會出現。不久後人們在焚化爐發現了變成灰的迪奧，喬納森感到極其悲傷，他失去了一個兄弟。
而大洋的彼岸，一個為了自己國家的大總統上任了，新的時間線就此開始。
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