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近年來，PPP被廣泛用於開發或經營多種多樣的基礎設施以及提供公共服務，例如高速公路、公用事業、廢物處理設施、住房、醫療保健和教育設施等。
政府處於稅收體系之外是PPP稅務問題複雜性的核心。
PPP項目設立、融資、設計、建設、移轉、運營、退出階段面臨不同的涉稅問題，需要全面統籌，做好規劃：
01、融資階段
PPP項目設立之初，除通過股東繳付出資進行股權性融資外，往往還會通過債權性融資獲取項目運作所需資金，不同的債權性融資方式對應著不同的稅務處理模式。
銀行貸款。在所得稅層面，通常而言，公司為支付銀行貸款所支付的利息，可以直接計入成本從當年的應納稅所得額中扣除；需要進行資本化處理的，計入資產價值，通過以後年度的折舊抵減應納稅所得額。在增值稅層面，“營改增”全面擴圍後，銀行提供貸款服務屬於金融業“營改增”的範疇，銀行應繳納增值稅。根據財稅〔2016〕36號文的相關規定，PPP項目購買貸款服務所取得進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
融資租賃。融資租賃分為直租型融資租賃和售後回租型融資租賃，兩類融資租賃的稅務處理並不相同。在所得稅層面，直租型融資租賃的出租人就取得的租金收入繳納所得稅，項目公司作為承租人將租入資產確定為己方資產，以租賃合同約定的付款總額和締約過程中發生的相關費用為計稅基礎，按年計提折舊。
融資性售後回租業務的所得稅處理略為複雜，根據《關於融資性售後回租業務中承租方出售資產行為有關稅收問題的公告》（國家稅務總局公告2010年第13號），出租人就取得的承租人支付的屬於融資利息的部分款項按貸款服務收入繳納所得稅，承租人出售資產的行為不確認為銷售收入，仍按出售前原賬面價值對出售資產計提折舊，同時，承租人支付的屬於融資利息的部分，可作為企業財務費用稅前扣除。
在增值稅層面，直租型融資租賃的出租人應按動產租賃服務稅目繳納增值稅，項目公司可就取得的進項稅額進行抵扣；而融資性售後回租業務的出租人卻應按貸款服務繳納增值稅，項目公司購買貸款服務取得進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
02、非貨幣性資產投資
企業以非貨幣性資產對外投資，應對非貨幣性資產進行評估並按評估後的公允價值扣除計稅基礎後的餘額，計算確認非貨幣性資產轉讓所得。同時，為
減輕股東繳付稅款的資金壓力，財稅〔2014〕116號文還規定了非貨幣性資產轉讓所得可在不超過5年期限內遞延納稅。此外，最新出臺的《關於完善股權激勵和技術入股有關所得稅政策的通知》（財稅〔2016〕101號）就技術入股的所得稅處理作了特別規定，選擇技術成果投資入股遞延納稅政策的，經向主管稅務機關備案，投資入股當期可暫不納稅，允許遞延至轉讓股權時，按股權轉讓收入減去技術成果原值和合理稅費後的差額計算繳納所得稅。在增值稅方面，根據《財政部 國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號），非貨幣性資產投資屬於增值稅意義上的應稅行為，股東應就非貨幣性資產出資繳納增值稅，相應的，公司作為增值稅服務的接受方，在取得股東開具的增值稅專用發票、予以認證後可以抵扣進項。
03、明股實債問題
大量PPP項目中，地方政府對社會投資者承諾固定回報、最低迴報，並承諾在一定時間內回購社會投資者所持有的股權。明股實債的PPP項目在外觀上符合權益性投資的形式，但從項目運作的全過程來看，其本質上更多體現的是債權性投資的特性。
在稅務處理上，稅務機關對於明股實債更多適用實質課稅原則。根據《國家稅務總局關於企業混合性投資業務企業所得稅處理問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第41號），若同時滿足固定的利息支付、明確的投資期限和本金償還、投資者對被投資企業的淨資產不擁有所有權、不享有選舉權與被選舉權、不參與被投資企業日常生產經營活動等五個條件，則股東的投資屬於混合性投資業務，股東所取得“分紅”按債權性投資繳納企業所得稅及增值稅，同時被投資企業應確認利息支出，按稅法和《國家稅務總局關於企業所得稅若干問題的公告》（2011年第34號）第一條的規定進行稅前扣除。對於被投資企業贖回的投資，投資雙方應於贖回時將贖價與投資成本之間的差額確認為債務重組損益，分別計入當期應納稅所得額；若相關投資並未同時滿足上述五個條件，則在稅務處理上仍按權益性投資進行處理。
04、積極爭取稅收優惠
根據《中華人民共和國企業所得稅法》第二十七條第二款、第三款、《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第八十七條、《財政部國家稅務總局關於執行公共基礎設施項目企業所得稅優惠目錄有關問題的通知》（財稅〔2008〕46號）、《國家稅務總局關於實施國家重點扶持的公共基礎設施項目企業所得稅優惠問題的通知》（國稅發〔2009〕80號）和《財政部 國家稅務總局關於公共基礎設施項目和環境保護 節能節水項目企業所得稅優惠政策問題的通知》（財稅〔2012〕10號）的規定，投資企業從事《公共基礎設施項目企業所得稅優惠目錄》規定的港口碼頭、機場、鐵路、公路、城市公共交通、電力、水利等項目，從事公共汙水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發利用、節能減排技術改造、海水淡化等符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免徵企業所得稅，第四年至第六年減半徵收企業所得稅。
根據《財政部 國家稅務總局關於公共基礎設施項目享受企業所得稅優惠政策問題的補充通知》（財稅〔2014〕55號）的規定：企業投資經營符合《公共基礎設施項目企業所得稅優惠目錄》規定條件和標準的公共基礎設施項目，採用一次核准、分批次（如碼頭、泊位、航站樓、跑道、路段、發電機組等）建設的，凡同時符合以下條件的，可按每一批次為單位計算所得，並享受企業所得稅“三免三減半”優惠：（1）不同批次在空間上相互獨立；（2）每一批次自身具備取得收入的功能；（3）以每一批次為單位進行會計核算，單獨計算所得，併合理分攤期間費用。
05、爭取地方政府補貼
除稅收優惠政策外，企業還可以通過稅收返還、財政性資金等方式獲得稅收減免。但是，由於地區性稅收返還或財政補貼政策通常僅停留在政策導向層面，對於具體的適用條件以及確切的稅收返還、財政資金髮放、稅收減免金額等的規定比較模糊。
以財政補貼為例，目前，財稅[2008]151號文和財稅[2011]70號文明確了財政補貼的企業所得稅處理。上述兩個文件規定，對於企業取得的符合特定條件的財政性資金，可以作為不徵稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除。然而，項目公司是否可以參照上述兩個文件將取得的政府付費和可行性缺口補貼作為不徵稅收入，仍然存在很大的不確定性。
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