根系生長在黑暗條件下，是果樹的重要器官，對土壤條件的變化反應相當敏感。通過調節水、肥、氣、熱和土壤強度等因素可直接影響根系的生長、發育、吸收、代謝等生理機能，間接達到調控地上部的發育進程的作用。根系修剪在果樹生產中的作用越來越引起人們的重視。
一、根系修剪作用
1、根系修剪可以顯著影響根系的發生及功能的發揮。當果樹結果量過大時，對剪根後的新根再生有抑制作用，否則抑制減輕。以3年生盆栽蘋果為試材研究表明，重剪後新根發生量大且粗壯，輕剪新根發生量少且較為細弱。
2、對蘋果幼樹根系修剪可使地上部生長量減少30%，同時根系修剪後蘋果樹枝類組成發生變化，中長枝比例減少，短枝比例增加，利於幼樹提早結果。根系修剪後地上部營養生長受到抑制，以後迅速恢復，而已經成熟的部分並未受到斷根的影響。雖然地上部營養生長對根系修剪的反應因樹勢、樹齡、修剪時期、修剪位置及修剪程度等有所不同，但總的來看營養生長減少，修剪越重，距離主幹越近，越接近生長階段的前期，減少營養生長的程度越大。
3、根系修剪顯著改變樹冠枝類組成，短枝比率和質量明顯提高，同時樹體氮素營養水平下降，碳素營養水平提高，提高了植株的碳/氮比值，誘導蘋果花芽分化而利於成花。根系修剪時期對蘋果開花與結果的影響較大，“六月落果”前根系修剪易造成果實脫落，並使當年成花短枝增加4倍。一般來說，後期根系修剪坐果率高但新根形成少。5月末根系修剪雖可促進花芽分化提高翌年產量，但對當年坐果率、果實發育及果實品質均有一定的影響。
二、根系修剪時期
果樹根系修剪通常在春季和秋季進行。春季進行根系修剪利於促發旺根，對提高果樹長勢有利，可以達到壯樹目的。而秋季進行根系修剪則易於促發細根，利於緩和樹勢，實現豐產目的。生產上結合秋施基肥進行根系修剪是目前主要的修剪時期。根系修剪後發生新根的時間因樹種不同而異，一般木本果樹在根系修剪後20天左右發生新根。
三、根系修剪方法
果樹根系修剪方法主要包括疏根和短截兩種；通過疏根可使果樹新根分佈均勻，而對鬚根少的部位進行短截，使新根發生部位集中，增加鬚根數量，對地上部樹體營養生長和擴大冠徑在一定程度上起到促進作用。
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