在水產養殖過程中，由於疏於預防造成的疾病經常會給養殖者帶來巨大的經濟損失。因此，必須貫徹“預防為主，防重於治”的方針。所謂“預防為主”，就是要把預防水產養殖疾病提到主要日程，從而不斷加強水產養殖疾病的預防。
所以在魚病多發的秋季，我們更應該重視魚病的預防，而不是隻能做到“頭痛醫頭，腳痛醫腳”，治標不治本。
那麼，如何預防水產養殖中的疾病呢？預防疾病可不是簡單的多用藥的事，而是要從多方面改善環境才能有效預防魚病，要是真以為多用藥才能預防疾病，那也就怪不得掙不到錢了。
一、注重改善底質
部分養殖戶過分強調對水體本身的調節管理，而忽視了對池塘底質的改善。池塘底質直接影響著水質，底質的土壤種類，酸鹼度，營養鹽類，有毒有害物質，病毒細菌，淤泥厚度等，直接影響水體相應的各項指標。比方說淤泥少的沙土池，往往會出現水質瘦，肥效短，水質不穩定等情況;有的池塘長年施用糞肥，或多年沒有清淤，底質淤泥厚，有毒有害物質多，魚發病率高，水質怎麼調，都很肥，特別是在高溫季節，易發生翻塘現象，或是水肥藻相不好而致白鰱不長。
一般老池塘每年都需要清除池底淤泥，只保留底泥10～15cm即可。老魚塘致病因子較多，應注重清塘殺菌防病，這是控制養魚少生病的關鍵。應選擇晴好天氣進行清塘消毒工作。
二、改善養殖環境
進入秋季，在池魚未出現發病症狀之前進行新塘轉換，這是改善養殖環境的最佳方案。若條件限制，也可以把大量老化池水換掉，補充新鮮江河水來保持良好的水質，同時，早晚應適當多開增氧機，保證充足的溶氧。若已出現發病症狀或缺少換水條件，則可使用生石灰調水，過氧化鈣增氧和二氧化氯等化學方法處理，還可使用微生態製劑或中草藥製劑改良，總之，必須確保魚類有良好的生態環境。
EM菌在水產養殖中的使用效果被廣泛認可。但是EM菌發酵好的原液使用起來成本較高，而且經過廠家經銷商長時間儲存，菌的活力也會下降。近幾年市場上比較受到養殖戶歡迎的是EM菌菌種。養殖戶購買回去後可以自己擴培。自己發酵的EM菌菌液使用起來成本低，而且現發酵的的菌液數量多活性好。那麼在選擇EM菌菌中的時候大家要關注菌種的好壞。一般而言，判斷菌種好壞有一個最簡單的指標pH值。因為EM菌種的乳酸菌含量最多，EM菌菌液的pH值較低說明乳酸菌含量豐富，也就意味著整體的EM菌活性較高。一般而言pH值在3.5以下就算是好菌種，如果可以達到3以下就算是質量特別好的EM菌種了。
三、控制餌料肥料的投放
投餌工作在保持池塘水質方面起著重要的作用。投餌過多就會造成水體汙染，水質富營養化，有毒物質積累，水環境惡化，病原微生物繁殖，使魚生病。可以在計算魚體重測算投餌量的前提下，通過設置餌料臺，觀察魚類攝食情況，根據剩料多少來調整投餵量。餌料要求質量高。餌料及其原料絕對不能發黴變質，餌料的營養成分要全，特別不能缺乏各種維生素和礦物質，應是對環境汙染少的環保飼料。
在餵養中，部分養殖戶認為魚吃飽，生長快，魚的抵抗力就強，特別是在魚價上漲的年度或季節，養殖戶感到有利可圖，加大投飼量，促使魚體快速增長，結果往往事與願違。
魚類過飽攝食，必然會出現以下幾大不利之處，一是魚體表面上生長速度快，但抗病力卻下降，患肝膽綜合症;二是部分飼料沒能完全消化，餌料消化利用率低，飼料成本高;三是魚排出的糞便對池塘汙染大，水質過肥，易發生細菌性傳染病。鮰魚，草魚，青魚等魚類在二齡魚種階段，一旦因投飼過量而發病，帶來的魚的發病率和死亡率極高，有的近乎滅頂之災。
在控制餌料投放的同時，也要注意合理施肥。通過適度培肥，使浮游生物處於良好的生長狀態，增加水體中的溶解氧和營養物質，從而培育出良好的水質，輔助魚類生長。
四、增強魚類自身抗病力
秋季，池魚同時面臨上市和越冬的壓力，如沒有足夠的免疫力是很難抵禦各種病蟲害入侵的，因此，秋季飼養管理，除保持飼料營養均衡、科學投餵外，還應適當補充維生素Vc、Vb、Ve和微量元素等，還可適量添加保健性中草藥進行病害預防。
維生素是維持生命的必要元素，人類每天也需要補充大量的維生素。由於人類腸道的構造，消化能力較強，一般的維生素製造為普通的顆粒。但是水產動物，如小龍蝦、螃蟹和南美白對蝦等動物腸道較短、吸收能力較差，因此維生素的顆粒越小越容易吸收。國外最新的技術是將維生素製造為納米級別的顆粒，這樣水產動物的吸收率就大大提高。其次，納米級的維生素水溶性好，無論是拌料還是潑水使用效果都要好很多。
五、使用藥物防治
雖然藥物防止不是預防發病的全部，但也是其中的重要一部分。我們需要以防為主，做好消毒工作。做到定期、定時消毒預防。
但是我們也不能濫用藥物，要通過水質情況決定是否使用藥物，用什麼藥物，用多少藥物。部分養魚戶不論魚的健康情況怎樣，從清明節前後開始，對魚體定期喂藥，對魚池定期殺蟲殺菌，使用藥物劑量也大，這種情況下魚不發病則已，一旦發病，蟲體和細菌的耐藥性強，治療難度大，只有依靠更換藥物品類，加大藥物劑量，延長用藥時間等措施來彌補，這樣一來易產生藥害，藥物對魚體的損害，藥物對水質的破壞，造成惡性循環，最嚴重的後果是，魚不是病死的，而是藥害而死。
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