一、《公告》出臺的背景
《財政部 稅務總局 海關總署關於深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部 稅務總局 海關總署公告2019年第39號，以下稱39號公告）出臺後，為方便納稅人辦理留抵退稅業務，稅務總局制發了《國家稅務總局關於辦理增值稅期末留抵稅額退稅有關事項的公告》（以下稱《公告》），就留抵退稅政策實施過程中涉及的相關征管事項進一步予以明確。
二、符合什麼條件的納稅人可以向主管稅務機關申請留抵退稅？
同時符合以下條件的納稅人，可以向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額：
（一）自2019年4月稅款所屬期起，連續六個月（按季納稅的，連續兩個季度）增量留抵稅額均大於零，且第六個月增量留抵稅額不低於50萬元；
（二）納稅信用等級為A級或者B級；
（三）申請退稅前36個月未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票情形的；
（四）申請退稅前36個月未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上的；
（五）自2019年4月1日起未享受即徵即退、先徵後返（退）政策的。
增量留抵稅額，是指與2019年3月底相比新增加的期末留抵稅額。
三、允許退還的增量留抵稅額如何計算？
納稅人當期允許退還的增量留抵稅額，按照以下公式計算：
允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%
進項構成比例，為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期內已抵扣的增值稅專用發票（含稅控機動車銷售統一發票）、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證註明的增值稅額佔同期全部已抵扣進項稅額的比重。
四、納稅人如何向稅務機關申請辦理留抵退稅？
《公告》明確，納稅人申請辦理留抵退稅，應在符合條件的次月起，在申報期內完成本期申報後，通過電子稅務局或辦稅服務廳提交《退（抵）稅申請表》，並對如何填寫該表進行了詳細說明。
此外，《公告》明確了留抵退稅申請和出口退稅申報的銜接問題，即納稅人適用免抵退稅辦法的，可以在同一申報期內，既申報免抵退稅又申請留抵退稅；當期可申報免抵退稅的出口銷售額為零的，應辦理免抵退稅零申報。
五、稅務機關是否需要對納稅人進行審核確認？如何審核？
在辦理留抵退稅過程中，稅務機關對納稅人是否符合留抵退稅條件、當期可退還增量留抵稅額等進行審核確認，並區分不同情形進行處理：
1.准予辦理留抵退稅。對於符合退稅條件，且不存在公告所列情形的，稅務機關應在一定期限內完成審核，並向納稅人出具准予留抵退稅的《稅務事項通知書》。
2.暫停（終止）辦理留抵退稅。對於符合退稅條件，但納稅人存在增值稅涉稅風險疑點，或存在未處理的相關涉稅事項等情形的，明確先暫停為其辦理留抵退稅。
（1）如果風險疑點排除且相關事項處理完畢，仍符合留抵退稅條件的，稅務機關繼續為其辦理留抵退稅；
（2）如果風險疑點排除且相關事項處理完畢後，不再符合留抵退稅條件的，稅務機關不予辦理留抵退稅；
（3）如果在進行風險排查時，發現納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法的，終止為其辦理留抵退稅。在稅務機關對納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法問題核實處理完畢後，納稅人仍符合留抵退稅條件的，可重新申請辦理留抵退稅。
3．不予辦理留抵退稅。經稅務機關審核，對不符合留抵退稅條件的納稅人，不予辦理留抵退稅，並向納稅人出具不予留抵退稅的《稅務事項通知書》。
六、在稅務機關准予留抵退稅後，納稅人應如何進行相關稅務處理？
《公告》明確，納稅人應在收到稅務機關准予留抵退稅的《稅務事項通知書》當期，按照稅務機關核准的允許退還的增量留抵稅額，衝減期末留抵稅額，並在辦理增值稅納稅申報時，相應填寫《增值稅納稅申報表附列資料（二）（本期進項稅額明細）》第22欄“上期留抵稅額退稅”。
七、如果發現納稅人騙取留抵退稅，如何追責？
納稅人以虛增進項、虛假申報或其他欺騙手段，騙取留抵退稅的，由稅務機關追繳其騙取的退稅款，並按照《中華人民共和國稅收徵收管理法》等有關規定處理。
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