話說天下大勢，分久必合合久必分，生物分類亦復如是。在分子生物學這一利器介入分類學之後，過去基於形態的生物分類逐漸顯露出嚴重不足，有些生物類群的分類被拆的七零八落，甚至被顛覆。
大熊貓，熊科大熊貓亞科大熊貓屬
獵豹，貓科貓亞科獵豹屬
有了分子生物學，長期在孤獨的大熊貓科和熊科大家庭之間遊移徘徊的國寶大熊貓，終於找到了最佳歸宿----它就是熊科的一員，與之親緣關係最近的熊是生活在美洲的眼鏡熊。貓科的分類則廢黜了獵豹亞科，獵豹被歸入貓亞科，因為根據分子生物學的研究成果，獵豹和美洲獅是最近的親戚。這樣的例子不勝枚舉，不服不行，DNA證據勝於雄辯。
犬科亦不例外。犬科分類原本就存在很大爭議，按照學界較為主流的看法，犬科分為三個亞科：犬亞科、藪犬亞科和狐亞科，分別代表狼類、豺類和狐類三個類型，共13屬36種。
狼
黑背胡狼
犬亞科以犬屬為主，包含7個物種：狼、紅狼、郊狼、亞洲胡狼、側紋胡狼、黑背胡狼 和埃塞俄比亞狼。狼包括世界各地的狼亞種、新幾內亞歌犬、澳洲野犬以及所有的家犬，家犬不算獨立物種，只是狼的馴化亞種。犬屬的狼、紅狼、郊狼、亞洲胡狼和埃塞俄比亞狼之間沒有明顯的生殖隔離，其中紅狼本身就是狼和郊狼的雜交產物，而側紋胡狼和黑背胡狼卻顯示了與其它犬屬動物的高度不親和性，這說明原犬屬內部也是親疏有別。
鬃狼
小耳犬
除了犬屬之外，犬亞科還有3個屬：鬃狼屬、南美胡狼屬和小耳犬屬，其中南美胡狼已因人類捕殺等原因而滅絕，就剩下鬃狼和小耳犬，均生活在南美洲。鬃狼以身體高挑大長腿著稱，喜歡獨立獨往，是犬科動物中唯一一種以植物性食品為主的種類，而小耳犬則名聲不響，是很低調的犬科物種，動物園中也難得見到。
豺
非洲野犬
藪犬
藪犬亞科門丁不旺，只有3屬3種，分別是豺（亞洲野犬）、非洲野犬（現在改叫雜色狼）和藪犬。豺即豺狼虎豹之豺，在我國有產出，因毛色棕紅而被呼為“紅狼”；非洲野犬分佈於非洲大陸，毛色斑駁，故名“雜色狼”；藪犬是最怪異的犬科成員之一，小頭小臉小耳朵，在加上小短腿，乍看貌似和犬科沒什麼關係。
赤狐
北極狐
藏狐
貉
狐亞科比犬亞科和藪犬亞科都要興旺的多，所有以狐為名的物種都在這裡，比如赤狐、藏狐、北極狐、耳廓狐、和灰狐等等。俗名為“狸”的貉也是狐亞科的成員。話說這個一丘之貉的貉，長得低矮臃腫，臉上又化了浣熊似的彩妝，一般人還真有可能分不清它和浣熊。
上面說的是犬科的傳統分類方法，但現在犬科的分類發生了重大變化。藪犬亞科已經不復存在，因為根據分子生物學的結論，豺（亞洲野犬）、非洲野犬和犬屬之間的差異並非像之前想象的那麼大，而高挑的鬃狼卻被證實和小短腿藪犬有著最親的親緣關係。和其它犬屬物種格格不入的黑背胡狼和側紋胡狼被踢出了犬屬，因為它倆和犬屬的關係，比豺、非洲野犬和犬屬的關係還要遠。
按照最新的分類，犬科動物有三條主要支系：狼型犬科動物，包括犬屬、豺屬和非洲野犬屬等（黑背胡狼和側紋胡狼已經獨立成屬）；南美犬科動物，包括鬃狼、藪犬、小耳犬、阿根廷狐等南美洲原生犬科動物；狐型犬科動物，包括紅狐、北極狐、耳廓狐在內的絕大部分南美洲以外的狐狸。狐亞科的多半成員仍然屬於狐型犬科動物，只有少部分被調整。
灰狐，雖然它很像狐狸，但不是真正的狐狸
除了上述三個主要支系之外，還有兩個物種位於分支的基部：灰狐和島嶼灰狐，這倆貨在狐亞科的一堆狐狸精中本來就顯得格外孤立，分類學家對它們一直就很撓頭。作為犬科動物，它們居然會爬樹！現在塵埃落定，分子生物學的證據說明，灰狐和島嶼灰狐在犬科動物屬於另類的小支系，它們的遠祖在犬科動物分化之初就已經另立門戶了。
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