賢者之石
在劇中，它是被賦予了無視“等價交換”原則並可以煉成任何物質的法術的增幅器。
可以充當施術者開啟‘真理之門’的“通行費”。
等價交換：鍊金術的基本法則，如果要得到某樣東西，就必須要付出同等的代價。
製作材料狀態
賢者之石其實是由活人的靈魂經過煉成陣而煉成的紅色石頭，根據煉成方法，被煉成人數，和煉成者的技術，賢者之石會以不同的形態出現，可以是固體，也可以是液體。
需大量的人柱，並參雜那一刻爆發的怨恨、仇恨和憤怒才能精製出來，否則是成為不完全品“血紅之石”。
人柱：煉成賢者之石所需的活人祭品，不只是靈魂、連肉體也一併當成材料。
霍恩海姆
馮·霍恩海姆，被時間遺忘的鍊金術師，愛德和阿爾的父親。心中懷著深沉的過去離開自己所深愛的家人。當他看到自己所追尋的願望時，卻發現已失去與自己立下的重要約定和自己最珍惜的人。與黑暗勢力有著深切的關係，並且知道一切內幕。
瓶中小人用詭計誘導他，得以讓瓶中小人逃出燒瓶，自已也被賦予了長生不老的能力。他本身就是賢者之石，也是第一個享有長生不老的人類。
但他很佛系啊，根本不會打架。
姚麟
眯眯眼、無底大胃、動不動就餓昏在地，是姚麟的三大特徵。平常是眯眯眼（眼睛睜開時殺氣十足），有野心，愛蹭飯（用愛德華的錢蹭飯後，會被愛德華狠狠踢飛），動不動詭異地從窗口出現並打斷愛德華與阿爾馮斯的談話。
頭腦派，樂觀，貌似傻氣可愛，實則聰明腹黑，關鍵時刻頑強可靠。野心勃勃，想要坐上王位。為了得到王位而來到亞美斯多利斯尋找長生不老之術，希望能借此提升地位而獲得皇帝的賞識。相當重視自己的臣子，認為“沒有人民就不會有王”。
新國第十二皇子，年僅十五歲，但長得英俊挺拔。從小生長於明爭暗鬥的險惡環境，由此獲得了不凡的身手、超群的洞察力與極強的應變能力。為了提升姚氏一族的地位，親自帶領隨從橫穿大沙漠，來到亞美斯特里斯尋訪能取悅皇帝的不老不死之方。由於揹負了保護五十萬族人的責任，他對王位和權力有著極深的執念。
為了提升姚氏的地位，來到亞美斯多利斯瞭解到賢者之石的存在或許可以長生不老而想得到，一直幫助著主角一行人，後來被強行注入了貪婪的賢者之石，沒想到和貪婪成為了生死夥伴，動漫的最後他也帶著賢者之石回到了自己的國家。
金普利
手掌上有煉成陣，只要把兩隻手放在任何物體上就可以引起爆炸。喜歡穿白色西裝，舉止優雅，是個價值觀獨特的炸彈狂人，斯卡頭上的傷疤即拜他所賜。金布利有著完美主義式的偏執，尊敬所有能貫徹自己信念的人。他認為所有人都處於世界的博弈之中，並期待看到世界究竟會選擇哪方。伊修瓦爾殲滅戰結束時將五名長官炸得支離破碎，入獄監禁七年，出獄後被遣往布利古茲北壁刻下血之紋章。漫畫最後被合成獸獅子咬中脖子，後來被人造人傲慢（普萊德）吞食，但意志並沒有消散，最後阻止普萊德侵佔愛德華身體，揮揮手而去。
基本上一直帶著賢者之石，而且經常把玩，喂喂！有賢者之石也不能這麼得意啊！
不過這個角色的人格是動漫中最崇高的，也無法定義他是好是壞。
提姆·馬可
是一位出色的國家鍊金術師，做過許多將鍊金術用於醫學方面的研究，因為曾以活人為材料大量製造賢者之石而一直都感到內疚，想盡力做一些事情來贖罪。
製造賢者之石的專家，動漫的最後也會用賢者之石來做好事，比如救治馬斯坦上校的眼睛和救治哈勃克少尉的腿。也算是真正的在贖罪吧。
瓶中小人/父親大人
遠古克塞爾克爾斯的鍊金術師抽取奴隸23號（馮·霍恩海姆）的血液做實驗，在燒瓶中做出擁有一切學問的“人”（一團黑球）。後來克塞魯克國王問“燒瓶中的小人”（父親大人）求取長生不老的方法，他便教國王在國內的城鎮各處畫下了國土煉成陣所需的“血的紋章”，並在五個地方進行大屠殺；但實際上他的計劃是以全國國民生命作為代價，以使自己和霍恩海姆的身體一起煉成賢者之石（即人類外貌，事實上身體已重新由賢者之石所構成），藉此脫離燒瓶，且利用當初霍恩海姆供應的血液訊息而獲得與他一模一樣的外表。後來製造了以七原罪為名的人造人，並建立亞美斯多利斯國，以實現其“讓神墜落成為完全的存在”的目的，成為該國地下的操控者－“父親大人”。
賢者之石擁有最多的角色，也是第一個製造賢者之石的，但由於其慾望太大，最後被反噬了。不過動漫在角色塑造上非常成功，最後那段被吸入真理之門的場景差點看哭我。
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