完全死絕之前，腐爛的屍體其實還生機勃勃。越來越多的科學家把屍體看作一個龐大而複雜的生態系統。“死”後不久，屍體便開始積極地自我分解。
分解剛開始的幾分鐘叫做“自溶”，或者“自我消化”。組織細胞失去了活性，受到酶的作用而發生溶解，如肝、脾、腎等臟器會變得質地柔軟、結構模糊，最後連細胞核一起消失。同時，體溫也開始降低，屍體從眼皮、下巴和頸部開始僵硬。
這一階段內，屍體的生態系統主要是由活躍在人體內外的細菌構成。身體的所有表面和角落都為細菌的繁衍生息提供了居所。目前，屍體內最大的微生物群落定居在腸道，那裡可能有幾千種不同的細菌。
當我們還活著的時候，人體內多數器官會抑制微生物的存在。死亡後，免疫系統停止工作，微生物就在體內自如地傳播開來。腸道細菌先是消化了腸，受損細胞裡溢出的細胞液是它們可口的雞尾酒，之後它們再侵入淋巴系統、肝、脾…最後進入心臟和大腦。
腐爛：失色的軀幹
研究人員觀察到，在溫和的正常環境中，屍體在死亡後三天左右即發生腐爛。這會導致身體進一步變色。由於受損細胞不斷崩解，從血管漏出，厭氧細菌將曾經帶氧的血紅蛋白轉化為硫血紅蛋白。這種分子在血管中流動時，會讓肌膚泛起大理石般的墨綠色。
接著，體內的氣壓漸漸增大。最後，氣體和液化氣會從肛門或者身體上的其他孔隙間排出。有時候，壓力會大到脹破腹部。因此，腹脹被經常用來標記分解早期和晚期的過度階段。另一研究表明，過度階段的特徵是屍體中細菌混合物的快速變化。
集群：亢奮的蛆蟲
當腐爛的屍體自我清除時，它就完全暴露在了周圍的環境中。到了這一階段，屍體生態系統成了微生物、昆蟲和食腐動物真正的集群“中心”。
每隻蒼蠅大約會產250只卵，會在24小時內孵化出第一批蛆蟲。它們依靠吃腐爛的肉、不斷地蛻殼進化成更大的蛆，直到化蛹後變成蒼蠅，就這樣循環往復，最後沒養料了就停止。
就像簇擁在一起行走的企鵝，這些蛆蟲也會聚集在一起，產生許多熱量，蛆群的內部溫度能提高超過10℃。但企鵝擠在一起是為了保暖，蛆群卻是為了散熱。
蒼蠅還會吸引昆蟲界的食肉系——甲蟲、蟎蟲、螞蟻、黃蜂和蜘蛛前來，它們都以蒼蠅的卵和幼蟲為食。禿鷹和其他食腐動物也不會錯過這場屍體的饕餮。但如果沒有它們在場，蛆群也能完美地清除軟組織。正如近代生物分類學奠基人卡爾·林奈所說：“三隻蒼蠅可以像頭獅子一樣迅速消化一匹馬的屍體。”
這樣看來，每個屍體可能都有個獨特的微生物簽名，還和當時死去的環境條件有關。更深入地瞭解這些菌落的組成、菌落之間的相互作用等，能夠輔助研究人員更好地確認屍體死亡的時間、地點和原因。
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