清代遺留下來的奈曼旗與臨界旗檔案可以瞭解到奈曼旗牧地疆界。其中有一份《理藩院札翁牛特旗為會盟處理奈曼旗王與喀爾喀貝勒土地糾紛一事》，該檔案是一份康熙五十七年（1718）理藩院蒙古文文書，文書原件今藏於內蒙古自治區赤峰市檔案館。
這份檔案記載了奈曼旗扎薩克袞楚克、鄂齊爾、班第、吹忠時期的奈曼旗疆域變遷，並且詳細的記述了奈曼王班第與喀爾喀貝勒羅布藏時兩旗劃分旗界以及奈曼王額駙吹忠和喀爾喀貝勒準對時期兩旗之間的土地糾紛一事。該檔案中出現的許多地名均可補充《蒙旗遊牧圖》和清代官修史書，更重要的是可以理清奈曼旗與喀爾喀左翼旗的旗界，並瞭解形成兩旗邊界的原因。
康熙五十七年（1718）《理藩院札翁牛特旗為會盟處理奈曼旗王與喀爾喀貝勒土地糾紛一事》這份蒙古文文書可知，清太宗時期奈曼部袞楚克洪巴圖魯歸附了清朝後封為達爾漢郡王。清世祖時，察哈爾公主佔居了一半奈曼旗遊牧地。後平定察哈爾布爾尼叛亂後，康熙皇帝將奈曼旗臺吉鄂齊爾特封為王，看守察哈爾故地，奈曼旗鄂齊爾（第四任扎薩克）遷居察哈爾故地十三年後返回奈曼旗。康熙二十七年（1688）奈曼旗又遷居察哈爾故地三年後，喀爾喀貝勒羅布藏旗（第二任扎薩克）入居了察哈爾故地。
從康熙二十九年（1690）和康熙三十二年（1693）理藩院諮文得知，理藩院收回奈曼旗看守察哈爾故地之權，並將喀爾喀貝勒旗遷居此地，並沒有明確劃分給喀爾喀貝勒旗遊牧地。可是理藩院將察哈爾故地之北界什喇木倫河流沙到南界以西，西界至伯羅霍吉爾，伯羅霍吉爾以北、西北界至遼河額古得鄂洛木，遼河額古得鄂洛木以東，至之此處沙地劃入了奈曼旗疆域並編入至《大清一統志》。據乾隆《大清一統志》、嘉慶重修《大清一統志》記述了奈曼旗的臨界旗和距離，沒有明確記載到察哈爾故地劃給了奈曼旗。
康熙四十一年（1702）奈曼王班第（第五任扎薩克）請願理藩院解決兩旗土地糾紛一事，理藩院召集會盟，奈曼旗與喀爾喀貝勒旗協商明確劃分了兩旗旗界。兩旗以察哈爾故地察罕河、沙漠、西拉木倫之地劃界各自遷居。
到奈曼王額駙吹忠（第六任扎薩克）與喀爾喀貝勒準對（第三任扎薩克）時期又察哈爾故地產生了土地糾紛，奈曼王額駙吹忠請願理藩院解決兩旗土地糾紛一事，理藩院以先王班第、先貝勒羅布藏商定之例協商辦理，但是理藩院最終處理的兩旗土地糾紛一事部分缺乏檔案，不知其結果。西南界：伯羅霍吉爾，即今奈曼旗固日班花蘇木境內。西北界：遼河額古得鄂洛木，即今奈曼旗東北部，開魯縣南部。這說明，奈曼旗與喀爾喀貝勒旗糾紛地以今日通遼市庫倫旗西部、奈曼旗東北部和開魯縣南一部分。
綜上所述，清代奈曼旗界域清初至康熙五十七年（1718）發生了四次變化。清世祖時期，察哈爾公主佔居了一半奈曼旗遊牧地，以致奈曼旗疆域發生了變化，與清初劃分疆域相比變小了。康熙十四年（1675）平定察哈爾布爾尼叛亂後，奈曼旗鄂齊爾曾遷居察哈爾故地十三年後返回奈曼旗，康熙二十七年（1688）奈曼旗又遷居察哈爾故地三年。這十五年（1675-1687 年,1688-1690 年，其中一年奈曼王鄂齊爾遷回奈曼旗駐牧）奈曼旗疆域與之前清世祖時期疆域相比明顯變大。
康熙二十九年（1690）理藩院收回奈曼旗看守察哈爾故地之權，並將喀爾喀貝勒旗遷居此地，並且理藩院將察哈爾故地之北界什喇木倫河流沙到南界以西、西界至伯羅霍吉爾、伯羅霍吉爾以北、西北界至遼河額古得鄂洛木、遼河額古得鄂洛木以東、至 之此處沙地劃入至奈曼旗疆域，這樣奈曼旗疆域又發生了變化，與康熙十四年（1675）相比奈曼旗疆域有所變小。康熙四十一年（1702）奈曼王班第與喀爾喀貝勒羅布藏兩旗協商在察哈爾故地明確劃分了兩旗旗界。
這使奈曼旗旗界發生了變化由此可知，雍正十一年（1733）奈曼旗在西拉木倫河流域以南地區駐牧，這與康熙四十一年（1702）奈曼王班第與喀爾喀貝勒羅布藏兩旗遊牧地相比奈曼旗疆域有所變大，雍正十一年（1733）奈曼旗疆域中包括了奈曼王班第與喀爾喀貝勒羅布藏兩旗劃分的旗界和奈曼王額駙吹忠與喀爾喀貝勒準對兩旗糾紛地。
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