距离《反贪风暴》第一步部的上映已经过去四年了，导演林德禄将贪污界的细枝末节几乎全部都灌输在了“反贪系列三部曲”中。这一次的《反贪风暴3》依然香港天王古天乐主演，并且著名香港歌手邓丽欣也参演了。
《反贪风暴3》与前两部有了一个新的较大的跨越，那就是把视觉移到了大陆。
影片主要围绕着大陆的一个位高权重的区长将贪污的100亿元人民币交给他的情妇招美欣到香港洗钱的全过程展开，起先招美欣拿着1000万现金找到了一个洗钱团队，这个洗钱团队的老大是徐有才，但是在交易快完成的时候却被一个神秘人物破坏了。
原来这个神秘人叫王海禾，是刚从国外回来的心狠手辣的洗钱团队的主脑。在中断招美欣和徐有才的洗钱后将徐有才及其他的一个手下杀死，转而跟招美欣谈合作，因为他知道招美欣有100亿元的贪污款要洗白。
于是他对招美欣承诺，他能在三天之内将100亿元洗白，并且只收取她15%的手续费，比徐有才的20%的洗钱手续费要低，并且招美欣急着将这笔数额巨大的贪污款项洗白，只好跟王海禾合作。
另一边，王海禾的手下游子新为了不让廉政署的署长陆志廉妨碍他们洗钱，于是设法将1200万打进他的个人账户，陆志廉被怀疑贪污受贿，无奈被迫辞职。
在被怀疑贪污后，被联合财富情报组的组长程德明多次逼问，并且险些被他逮捕，幸好在身为警察的好友刘保强出手相救才得以幸免。
因为王海禾承诺过将在三天之内将100亿元洗白，所以招美欣打算让他的情夫过来香港与他见面，因为涉及的金额巨大，他们双方都不想有任何闪失。于是双方约好在一条大船上见面。
陆志廉知道自己是被人故意陷害的，所以悄悄的跟到了船上，并且利用窃听设备窃听到了招美欣及其情夫和王海禾的洗钱交易，并录了下来作为证据，而且还在窃听中得知是游子新将1200万打进了他的账户陷害了他，这段证据足以让他的名声恢复。
不料，陆志廉窃听一事被发现，王海禾的手下开始在船上找他，并在监控中找到了他的位置。无奈寡不敌众，最终被他们抓住，关进了船舱地下。
幸好他早就已经将录下来的音藏起来了，并将位置发给了他的手下。王海禾为了逼他交出录音，折磨的他半死不活。
王海禾将他留在船上关着，就带领手下和招美欣一同回到陆上，开始洗钱。他们不愧是专业的洗钱团队，手法非常高超。开空壳公司炒股票、拍卖文物珠宝等手法运用自如，而且拍卖地点遍布在全世界，手下的游子新又有过人的电脑技术，而且还是一家大银行的高管。
仅仅两个小时，100亿现金就成功被洗白了，也就是说王海禾在短短的两个小时之内就赚了15亿，其间的暴力可想而知。
但是也就是这个时候，刘保强已经带着警员正在往他们洗钱的地点赶来。
早在与招美欣的情夫在船上会面时，王海禾就因为游子新讲错话而对他不满了，所以打算在这次洗钱结束后就将他杀掉。而游子新也看出了他的阴谋，所以偷偷将那15亿的手续费转到了自己的账户内。在洗钱结束后，游子新借上厕所离开了大厅，而王海禾这时就派自己的另一个手下去杀他。
没想到游子新早有准备，不仅没有被杀反而将对手杀死在厕所里，然后逃走驾着船出海了。王海禾这时发现15亿元已经被游子新转走，刚好这时刘保强们到了，王海禾值得想法离开。
却在楼下大街上双方相碰，于是展开了一场枪战。最终招美欣和王海禾被抓获。游子新也在出海的过程中被抓了。
在大陆那边，招美欣的情夫知道事情败露了，正当他准备出国的时候，在边境被中国公安捉获，正所谓法网恢恢疏而不漏啊。
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