《水形物語》除了以啞女和水怪的愛情為少數族群（黑人、同性戀等）發聲外，更把人類政治生活的荒謬和人類內心堅守的美好相比較，互相映襯，使得原本嚴肅的政治顯得荒謬，而人類對幸福的追求顯得更加美好。
這種對比是以不斷被強調的時間概念來表現的：啞女的鬧鐘是時間，計時器是時間，日曆時時間，工作場所的打卡器是時間，手錶是時間，約定好的營救計劃是時間，間諜博士說“我在美國學習十幾年了”是時間，保安隊長說“我在戰場上效力20多年”也是時間……在時間的長河裡，有的東西變了，有的沒變。
變了的，是有些人的初心。蘇聯間諜的上司已經淪為了公款吃喝的腐敗分子，他的初心變了；保安隊長買凱迪拉克，一心想著幹完這個差事就帶著妻兒去過好日子，他的初心也變了。這些變化，都可以理解，總結起來，就是“人們日益增長的對美好生活的嚮往，與國家過時的政治生活（冷戰等）之間矛盾”。
不變的，是另一些人的初心。啞女和老頭都喜歡看黑白歌舞片，時不時模仿一段踢踏舞。殊不知在冷戰時期，20、30年代的黑白歌舞片早就成為歷史，樓下的電影院都在放彩色片。老頭真的愛畫畫，對著水怪畫得不厭其煩，其實他的手藝早就被照相技術淘汰，丟了工作還傻傻地堅持送畫，一點沒看出來對方是在敷衍他。他的初心沒變。間諜博士來美國十多年，他說“要學的東西很多”，他本著人道的精神不願殺水怪，他對科學的執著和人道的初心沒變。
與《潘神的迷宮》一樣，《水形物語》再一次暴露了導演未泯的童心，導演頌揚了愛和執著，批判了勞民傷財的政治生活。他對政治的諷刺顯而易見：蘇聯間諜之間對暗號，尷尬到家；間諜頭子驕奢淫逸；胖胖的打手走到哪都忘不了吃，在博士家吃了蛋糕還想要牛奶。導演對他們是貶斥的。美國這邊也好不到哪去，保安隊長原本完美的職業生涯因為水怪的逃走幾乎要畫上失敗的句點，從前的功勞剎那間就要化為虛無。他是可憐的，頗有一些“狡兔死走狗烹”的意味。他也是可悲的，他全片最高光的時刻，僅僅在擊斃那兩個蘇聯間諜的時刻，“我從未失手”一句，更顯出從前的榮光和如今的無用。
啞女和水怪（同類）之間的愛情、啞女對歌舞的熱愛、老頭對同性的渴慕、老頭的對作畫的熱愛、科學家對學術和人道的執著，人之為人，要執著的事情太多，才不要那些冰冷、無情的政治生活。
然而可悲的是，即使放下政治，投身經濟浪潮，盡情享受物質生活的人們依然無法打破偏見的藩籬，邊緣人群被妖魔化，於是有了這幾幕：服務員不給黑人座位、保安隊長鄙視甚至猥褻啞女、將軍和部下一起嘲笑熱帶雨林的原始部落……歧視仍然存在，或許正是有感於現實的殘酷，託羅的童話裡，女主角總是死後才能得其所，《潘神的迷宮》裡小女孩如此，《水形物語》裡的啞女亦如此。
《水形物語》裡，唯一逆著時間的事兒是畫家的頭頂上重新長出的頭髮，沒錯，就像保安隊長所說，“水怪”是神，正是他的力量，撥弄了時間，讓我們又可以回到時間這條河流的另一端，看到曾經的美好。
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