国家卫生计生委下发了《加强医疗卫生行风建设“九不准”》，严禁医院向科室或个人下达创收指标，严禁将医疗卫生人员奖金、工资等收入与药品、医学检查等业务收入挂钩，要求医疗卫生机构结合深化医改，建立科学的医疗绩效评价机制和内部分配激励机制。医院结合管理目标，对绩效分配制度进行了初步的改革实践。
针对全体员工的考评，医院首先建立基于岗位管理的全员绩效考核体系。做法是优先从 医生实施评价考核，然后是护理，再到药房、后勤、行政科室等部门。体系的目的是调动员工积极性，培养高素质人才，体现多劳多得，推动科学发展；基本原则是“保存量、扩增量、控制成本量”；特点是重技术、重难度、兼顾工作量，同时考虑成本控制和患者满意度。
医生的绩效考核被分为两个部分，包括住院单位和门诊单位。住院单位通过疾病诊断相关分类（DRGs）和病案难度系数进行考评，克服了以往考评只计工作量而不考虑难度系数的弊端，避免了医生在完不成工作量时只收治简单患者的情况。将疾病诊断相关分类和病案难度系数相加，就生成一个权重值，即考核权重，然后再由考核人员进行统计评分。而门诊单位注重考评医生的服务人次以及服务患者的复杂程度，从科室、处方、初诊、复诊、效果等9个维度完成综合评分，将所得分数乘以人数，再考虑修正系数，最终得出考核结果。
相比，护理考核较为简单。护理级别即指护理难度系数，将护理级别乘以护理数量，可得出护理的考核分数。 药师考评是从药物指导、物流规范、医嘱审核、处方点评等方面实施绩效考核。行政后期考核分为两类，一是程序化工作，即日常岗位职责；另一类是项目化工作，即根据不同项目难度，单独计算考评分值。
此外，在全员绩效考核体系的基础上，医院针对中层以上领导干部，建立了综合目标管理考核体系。原则是将医院考核指标与医院的实际情况相结合，建立可量化、统一、精简、高效的考核体系。在这一体系中，包含定量、定性、综合检测三个指标，考核分数与医院的管理津贴挂钩，每月考核一次。
在绩效考核实施过程中，医院管理者需特别注意四个问题。第一，考核要计算成本，包括水费、电费等。如果不计算在考核中，成本就会像匹脱缰的野马，必将带动医疗费用飞速上涨。第二，要对重点学科给予特殊的激励和照顾，使医院的强势学科通过绩效考核手段得到进一步强化。第三，要及时发现科室在绩效二次分配过程中的不合理情况，对于绩效分配中的违规操作给予惩罚和曝光，纠正二次分配的不合理行为。第四，绩效考核的评价方式和评价标准要根据医院实际情况，在实践中不断调整和完善，力争公平、公正、公开。
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