“無瑕不成玉"，天然的東西是很少能達到完美的，和田玉的四類瑕疵主要有水線、棉、裂和漿。和田玉籽料經過億萬年自然形成，難免會存在一些瑕疵，也正是因為如此，無瑕的玉才十分的珍貴。
新疆和田玉籽料
和田玉水線：
水線中的透閃石晶體為細長纖維狀，具有明顯的定向性，較高的透閃石含量和定向緊密排列的顯微纖維構造是造成水線透明度較高的主要原因。
如果水線在玉表面並且粗獷的，用肉眼一般都可以看到。但是也有少部分的水線看不到，那是因為這種水線很細小，且在肉內而不浮於表面，皮色籽料上面還有皮色掩蓋，所以僅憑肉眼難以發現。不過用手電筒很容易看到。
一般來說，青海料裡的水線比較多，而且往往交叉縱橫分佈。這也是青海料的結構特徵之一。
和田玉中的棉：
棉是和田玉體內的白色結晶的聚集體，棉的成分為二氧化硅。在和田玉中，無論是籽料，山料，都存在棉絮。就算是潤度再好，再細膩的料子，都會有這種現象的，只是有些是肉眼可以看到的，有些是玉質裡面隱藏的。
棉不是區分各個料種的標誌，不過青海料的棉較多較普遍一些。一般青海料的棉是孤立較大的點棉居多，而新疆山料以極細小密集點棉居多。
值得要提的是棉點如果是穿的，那這樣的料是不選擇的，如果料整體比較渾厚，那穿棉可以根據料的情況決定要不要賭賭看。棉在籽料裡扮演的角色一般是減分的，如果玉石的料子、顏色非常上乘，那麼和田玉的綿點也並不會特別影響到玉石本身的價值。
和田玉的裂：
玉石籽料在惡劣的自然條件下由於撞擊、擠壓以及水冷凍膨脹等複雜因素的作用下，一般都會形成裂紋。其中指甲摳不到的稱為“紋”，摳的到的稱“裂”。不管是裂還是紋都有死的和活的之分。
一般來說，死裂和玉石的表面呈小角度分佈，較淺，由於形成的時間較長，這種裂傷往往帶有沁色。我們也把這種裂稱為“帶沁老裂”。帶沁老裂一般不會再發展，加之其帶有的沁色變化多端，往往被視作了籽料的特徵，個人認為是完全可以接受的。
需要警惕的是活裂。顧名思義，活裂是會長的，這個“長”指的是變長加重，不是癒合。其如同玻璃上的裂紋，縱、深、利，且不易察覺。日常佩戴的磕碰，甚至雕刻中的高頻振動，都可能讓情況進一步惡化，甚至完全斷裂開來。
和田玉的僵：
玉石裡“僵”也有“漿”的說法，和田玉帶僵的部分其實就是一種瑕疵，帶僵的和田玉外皮與其它地方有差別，帶僵的和田玉料子可以用手電筒鑑別：有僵的地方用手電筒照射，光線不能夠進入內部，淡從這點上就能夠判斷出玉石是否有僵。
和田玉帶僵一般分成兩種，硬僵與竄僵，帶有僵的和田玉價值不高，而人們在選擇時是比較願意選擇硬僵的玉料。因為和田玉具有硬僵說明玉料比較細膩。竄僵料通常都不是很好，因為竄僵料一般都是外表美觀，而內部非常差，表裡不一、不易收藏。和田玉竄僵料是最沒把握的料子，有可能從外面看著很美的一塊料，裡面質地很差，是儘量不碰的材料。
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