鱼的排泄物堆积会产生有毒的氨，而硝化菌主要是用来分解让水质恶化的氨，经分解后会变成亚硝酸盐及硝酸盐。硝化菌的培养应该是在过滤系统中培养的，而不是在水中培养，在过滤系统中滤材的放法很重要，不正确的方法，让事倍功半。
以上层过滤系统为例，陶瓷环与生化环放在最底部，其上层放一层生化棉，这就构成了简单的硝化菌培养温床，再上门才是一般所使用的白棉，每次滤材更换时，值更换最上层的白棉。而生化棉与陶瓷环、生化环，约半年清洗一次，以保水流畅通。生化棉、陶瓷环及生化环不要同时清洗，清洗完其中的一项后在太阳底下日晒三天在放入过滤系统才能清洗另外一项。切记硝化菌的培养温床是不宜长清洗或更换的。硝化菌的培养温床更换滤材时，不要将滤材一次换掉，要小部分小部分的换，而且没换一样，要等三天后再更换另外一样，较为妥当，否则硝化菌不够PH值一下变动太大， 是很危险的，
定期更换水，若过久没换水造成的影响，主要有下例三点
1硝酸盐及氨（阿摩尼亚）浓度易过高，水质恶化。
2电解质也容易偏高
3一旦换水就容易造成反溃（反水）现象，PH值急掉
若新缸养水时，放完消化菌后，建议加强打氧，加入闯缸鱼并大量投喂，让硝化菌（腐生类菌）能够有足够的食物繁衍
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