魚的排洩物堆積會產生有毒的氨，而硝化菌主要是用來分解讓水質惡化的氨，經分解後會變成亞硝酸鹽及硝酸鹽。硝化菌的培養應該是在過濾系統中培養的，而不是在水中培養，在過濾系統中濾材的放法很重要，不正確的方法，讓事倍功半。
以上層過濾系統為例，陶瓷環與生化環放在最底部，其上層放一層生化棉，這就構成了簡單的硝化菌培養溫床，再上門才是一般所使用的白棉，每次濾材更換時，值更換最上層的白棉。而生化棉與陶瓷環、生化環，約半年清洗一次，以保水流暢通。生化棉、陶瓷環及生化環不要同時清洗，清洗完其中的一項後在太陽底下日曬三天在放入過濾系統才能清洗另外一項。切記硝化菌的培養溫床是不宜長清洗或更換的。硝化菌的培養溫床更換濾材時，不要將濾材一次換掉，要小部分小部分的換，而且沒換一樣，要等三天後再更換另外一樣，較為妥當，否則硝化菌不夠PH值一下變動太大， 是很危險的，
定期更換水，若過久沒換水造成的影響，主要有下例三點
1硝酸鹽及氨（阿摩尼亞）濃度易過高，水質惡化。
2電解質也容易偏高
3一旦換水就容易造成反潰（反水）現象，PH值急掉
若新缸養水時，放完消化菌後，建議加強打氧，加入闖缸魚並大量投餵，讓硝化菌（腐生類菌）能夠有足夠的食物繁衍
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