優缺點
優點
成本優勢
支付平臺降低了政府、企業、事業單位直連銀行的成本，滿足了企業專注發展在線業務的收付要求。
競爭優勢
第三方支付平臺的利益中立，避免了與被服務企業在業務上的競爭。
創新優勢
第三方支付平臺的個性化服務，使得其可以根據被服務企業的市場競爭與業務發展所創新的商業模式，同步定製個性化的支付結算服務。
在缺乏有效信用體系的網絡交易環境中，第三方支付模式的推出，在一定程度上解決了網上銀行支付方式不能對交易雙方進行約束和監督，支付方式比較單一；以及在整個交易過程中，貨物質量、交易誠信、退換要求等方面無法得到可靠的保證；交易欺詐廣泛存在等問題。其優勢體現在以下幾方面 ：
首先，對商家而言，通過第三方支付平臺可以規避無法收到客戶貨款的風險，同時能夠為客戶提供多樣化的支付工具。尤其為無法與銀行網關建立接口的中小企業提供了便捷的支付平臺。
其次，對客戶而言，不但可以規避無法收到貨物的風險，而且貨物質量在一定程度上也有了保障，增強客戶網上交易的信心。
第三，對銀行而言，通過第三方平臺銀行可以擴展業務範疇，同時也節省了為大量中小企業提供網關接口的開發和維護費用。
可見，第三方支付模式有效的保障了交易各方的利益，為整個交易的順利進行提供支持。
（1） 比較安全，信用卡信息或帳戶信息僅需要告知支付中介，而無需告訴每一個收款人，大大減少了信用卡信息和賬戶信息失密的風險。
（2） 支付成本較低，支付中介集中了大量的電子小額交易，形成規模效應，因而支付成本較低。
（3） 使用方便。對支付者而言，他所面對的是友好的界面，不必考慮背後複雜的技術操作過程。
（4） 支付擔保業務可以在很大程度上保障付款人的利益。
缺點
1．風險問題
在電子支付流程中，資金都會在第三方支付服務商處滯留即出現所謂的資金沉澱，如缺乏有效的流動性管理，則可能存在資金安全和支付的風險。同時，第三方支付機構開立支付結算賬戶，先代收買家的款項，然後付款給賣家，這實際已突破了現有的諸多特許經營的限制，它們可能為非法轉移資金和套現提供便利，因此形成潛在的金融風險。
2.電子支付經營資格的認知、保護和發展問題
第三方支付結算屬於支付清算組織提供的非銀行類金融業務，銀行將以牌照的形式提高門檻。因此。對於那些從事金融業務的第三方支付公司來說，面臨的挑戰不僅僅是如何贏利，更重要的是能否拿到將要發出的第三方支付業務牌照。
3.業務革新問題
因為支付服務客觀上提供了金融業務擴展和金融增值服務，其業務範圍必須要明確並且要大膽推行革新。到為止，全球擁有手機的人多於擁有電腦的人，相對於單純的網上支付，移動支付領域將有更大的作為。所以第三方支付能否趁此機遇改進自己的業務模式，將決定第三方支付最終能否走出困境，獲得發展。
4.惡性競爭問題
電子支付行業存在損害支付服務甚至給電子商務行業發展帶來負面衝擊的惡意競爭的問題。國內的專業電子支付公司已經超過40家，而且多數支付公司與銀行之間採用純技術網關接入服務，這種支付網關模式容易造成市場嚴重同質化，也挑起了支付公司之間激烈的價格戰。由此直接導致了這一行業“利潤削減快過市場增長”，在中國，慣用的價格營銷策略讓電子支付行業吞下了利潤被攤薄的苦果。
5.法律、法規支持問題
在保護電子支付指引（第二號）》法規的頒佈，將一定程度解決這個問題。
風險與安全
2014全國兩會之後，央行進一步加大了對於互聯網金融的監管力度。業內專家指出，在當前支付革命性創新的時代大潮下，央行對於互聯網金融的監管，有利於市場糾偏，平衡權益，降低風險累積。同時也是進一步強化第三方支付企業完備自身風控和安全體系的有效措施。
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