一般柴电潜艇潜水的时刻是靠着蓄电池的储备的电来实行深潜机动，不排出尾气。使用闭式循环柴油机/汽轮机或斯特林发动机的AIP潜艇，产生的废气需要在本艇进行专门的处理，从海水冷却吸取后排放艇外。紧急情况下也可以直接排除艇外，但这样会产生气泡航迹，从而暴露潜艇位置。
柴电潜艇通常也叫成常规动力潜艇，当位于海面或通气管航行状况通过柴油机驱动螺旋桨行进，并且柴油机还使得发电机工作来为蓄电池蓄能。当位于深潜状况柴油机不能工作时，就通过蓄电池提供的电给电动机来使得潜艇推进。蓄电池的电力用完后呢就重新浮起到海面或靠近于海面通气管的深度，开启柴油机发电。近年来比较先进的安装有不依赖空气动力装置（AIP）的常规潜艇，实际上属于混合型柴电潜艇，加氧气同氩气组生人工气体，使得柴油机等机器于关闭循环情况下正常运作。而带有这些二氧化碳海水经过相关处理设施后又排舷外。整套的机器经相关控制，能够习惯柴油机/汽轮机负荷、潜艇潜水深度的改变，确保潜艇的正常运作。
斯特林发动机是一型外面加热的持续运作发动机，加上要不断提供氧气反应发出热量，烧过后废气处理方式同闭式循环柴油机等机器相似。燃料电池由氢气与氧气反应产生水并发电，不产生废气。常规潜艇加装AIP系统后大大延续了的潜水运动时间，然而仍旧不能实行潜艇长时间高速运动。故此，有条件还要多生产核动力潜艇。
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