在日常養殖過程中，及時有效地對養殖水體進行消毒，可減少龜病的發生及藥物的使用，降低養殖成本，提高品質。
消毒對水產養殖主要起到預防的作用，利用消毒劑的氧化性及對病原體滲透壓的改變，破壞水體中病原微生物的膜結構，使病原體中酶和蛋白質失去活性，進而致其死亡。
一方面，消毒可殺滅水體中的病原微生物，降低龜類感染的風險，減少龜病的發生，並能調節水質。另一方面，消毒產品都具有一定的氧化性和刺激性，對水產動物具有一定的損傷，加之水體是一個變化的、複雜的系統，某些化學物質對水體環境易造成負面影響。所以，選擇合適的消毒時機以及合理控制用量非常重要。
消毒前需考慮的因素
1、消毒時間。視實際情況而定。全池潑灑消毒劑，一般常選在晴天上午9:00～11:00，或下午15:00～17:00時間段給藥。
2、水溫。一般情況下，藥物的藥效與水溫呈正相關，藥物作用強度隨著水溫升高而增強，作用速度加快，如含氯消毒劑等。
3、酸鹼度。陽離子表明活性劑會隨水體pH的升高作用增強，常用消毒產品如生石灰本身具有強鹼性，使用前要清楚其作用與禁忌。
4、有機物。養殖水體有機物種類與含量在一定程度上會干擾消毒劑的使用效果。主要有以下原因：
（1）有機物會在病原微生物表面形成一層保護層，阻礙藥物的滲透；
（2）有機物與藥物作用後形成溶解度比原來更低或消毒效果更弱的化合物，並且這些化合物對病原體起到一定保護作用；
（3）有機物直接與藥物作用，降低藥物濃度影響藥效。
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