萬曆十年對於明神宗來說是一個重大年份，這一年，張居正病逝，內閣大學士張四維繼任首輔，這年二十歲的他開始親自過問朝政，亦曾企圖有所作為。
司禮監太監總管馮保失去了張居正外廷強有力的支持者，明神宗由自小對其的懼怕到了現在都變成了憎惡，當權力在手時，他開始對“大伴兒”發起報復。他在言官彈劾馮保十二大罪的奏疏上批示：“馮保欺君蠹國，罪惡深重，本當顯戮。念系皇考付託，效勞日久，姑從寬著降奉御，發南京新房閒住。”神宗是個權力慾極強的人，親政以後，勵精圖治，一度形成“事事由朕獨斷”的局面。
在人事任命方面多有果斷，能啟用一些工作務實的官吏。有一回兵部奏調官吏，神宗看了不以為然，把首輔申時行招來談了一下這次人事調動的看法。神宗說：“鄭洛在邊鎮，節省錢糧，是好官，邊上該用他。如推他京營，放在閒散。孫光裕在任未久，如何又推升？”聽了申時行的回奏後，他繼續說：“既卿等所奏，朕已點用。今後但凡各處要緊事情重大的，不必以資格歷俸為則，必須推其堪任的用。”《明神宗實錄》
萬曆皇帝
有一回，有官員建議，從朝廷大臣中薦舉將才，加強邊防，兵部研究後覺得可行。神宗卻認為不妥，他說選拔一個將才實在太難了，不經過戰爭鍛鍊，怎麼去識別？所以他不同意從京官中空降，注重地方歷練紮實的官員是他用人的風格。
《明通鑑》講述了下邊的一個事情，萬曆十三年，明神宗到南郊步行祈禱，他當著群臣的面對內閣輔臣所說：“天氣乾旱雖然是由於朕沒有君德引起的，但也是由於天下官吏貪婪，盤剝坑害百姓，以至干犯天和，今後應當慎重地選擇官吏。”他的敬天法祖，拖著沉重的肥胖身體大汗淋漓祈雨，一度感動了在場的所有人。
不管怎麼說，此時的明神宗勵精圖治，處理政務也是有條不紊，與此同時親自提拔了申時行接替張四維出任內閣首輔，朝政大權牢牢掌控。他的執政風格相當強勢，對臣下的上疏相較溫和的諫言都予以排斥，任性自大的驕縱性格日益明顯。
萬曆十五年，神宗展開了一系列革新，要求“朝廷內外文武官員，冠禮、婚娶、喪事、祭祀、宮室、車馬、衣服，不得超過制度規定奢侈。 ”京師突發大雨，民屋傾倒，發生了傷亡，他聽到消息後，馬上下令順天府進行賑濟和撫慰。同年江南發生洪水，江北發生蝗災，山西、山西、河南、山東發生嚴重乾旱，於是下令免除各地不等的稅糧進行賑濟。
與此同時，神宗上朝，諭令內閣輔臣申時行等，說：“如今災害頻繁，實在是由於官員貪汙腐敗，不顧惜百姓所引起的，加上刑獄有冤案、錯案，以致傷害和氣，當今反腐和平反工作是第一要務。”《明神宗實錄》
打掉馮保、張居正後，神宗心裡有種突然的輕鬆和疲憊，“張居正病逝五週年，皇帝端坐深宮，往事又重新在心頭湧現。他降諭工部如實查報，張居正在京內的住宅沒收歸官以後作何處理：是賣掉了，還是租給別人了？如果租給別人，又是租給誰了？工部的答覆沒有見於記錄。大約史官人文記載了這道上諭，已經可以表明皇帝當時微妙的思緒。”《萬曆十五年》
明代官員畫像
之後的四五年內，他一展軍事氣魄，發動了著名的“萬曆三大徵”，親自部署，有一次召見申時行時說：“朕在九重之內，邊上事不能悉知，卿等為朕股肱，宜常為朕用心分理，如今邊備廢弛，不止陝西……最後他要求，軍伍有該補足的，錢糧有該措處的，著一一整頓。《商書》雲：事事有備無患。趁如今收拾還好，往後大壞，愈難收拾了。”這期間萬曆已經多次不朝，申時行特意調轉話題，關心詢問皇帝健康問題：“臣等半月不睹天顏，今日視事，仰知聖體萬安，不勝欣慰。”神宗說：“朕尚頭眩臂痛，下步不方便。今日特為邊事，出與卿商議。”
不管怎麼說，此時的萬曆除身體有病以外，性情變化不大，然而經過立太子等重大事宜發生衝突後，對抗逐漸加劇，怠工似乎成了他報復大臣的一種方式。
三
覆手為雨
權力的掌心翻過來整個社會都將受到巨大震動，明神宗的掌心往下一扣，整個朝政如同地震發生強烈震顫。與此同時不可忽視的文官集團也將發起對抗，帝國之間的交涉雖然只在幾張不經意的奏摺和批示，文字鬥爭往往殘酷於其它，“自殺式諫言”此起彼伏，前仆後繼，錦衣衛忙的不亦樂乎，所謂君臣吵鬧聲聲入耳；權力鬥爭步步驚心。
萬曆對龐大的言官肆意謾罵直接導致了他的逆反對抗，並且導致脾氣愈加暴躁難治。萬曆十六年的年末，有個叫李沂的言官上疏觸怒神宗，神宗說：“李沂不說貪官卻唯獨說朕貪婪，誹謗君父，罪行不可饒恕。”大臣反對無效，在這年的尾巴處理完李沂，神宗開始出現了元旦不上朝的節奏。
於此三月後，免除了被提拔和新授職官員的面謝，自此上朝次數減少。
南京李部侍郎趙志皋上疏懇請皇帝保重身體，上疏內容大概說：“臣在邸報中看見皇上免朝的旨意，又見批答大學士王錫爵的奏疏說：‘朕從去年以來，體內動肝火，頭暈目眩，不能經受繁重和勞累。想靜下心來調養，不是圖安逸而怠荒政事。’皇上現在盛年，稍有不舒服，休養一下就能恢復，何至延長如此，難道深宮就可以自我縱慾懈怠嗎？在日理萬機的閒暇想要娛樂，卻沉溺於女色而不節制嗎？……”這份奏摺言辭雖不激烈，卻字字見血，萬曆皇帝看到後，淡淡地批閱“知道了。”
神宗在此之間，被內閣大臣和言官們因為奏立他不喜歡的大兒子為太子極為惱怒，加之太后支持內閣，神宗既氣憤又無可奈何。用藏貓貓來跟群臣鬥爭，到了八月份，明神宗更加深居不出。有一個叫雒於仁的大理寺評事，上疏進獻《四箴》，大略說：“臣當官一年多，僅朝見陛下三次。此外只聽說皇上身體不適，傳旨免除一切活動，南郊祭天和太廟供奉，派官員代行，政事不過問，經筵長久停止。臣知道陛下之所以致病是有原因的。接著他總結了明神宗的病來源於無非酒色財氣。
奏疏遞入，明神宗大為震怒。沒幾天，特別召見內閣幾位大臣，把雒於仁的《四箴疏》給他們看。明神宗為自己做了詳細辯解，並要求對雒於仁處以重罰。申時行耐心地寬慰勸解，當看到明神宗的決心已不可挽回時，就說：“這個奏疏不能發到外廷，免得有人信以為真。希望陛下委屈一些，寬容赦免，臣等馬上傳諭大理寺，讓雒於仁離職。”
首輔申時行處事溫和低調，儘可能緩衝神宗和群臣的矛盾，然而在是否立太子問題上，他也罕見表達對抗立場，聯合群臣以集體辭職相威脅。神宗扔給他們兩個字“悖逆”，加上政治鬥爭失利，申時行這年辭職回家。這年明神宗的脾氣越來越壞，由於數次跟群臣在冊立太子問題上說了不算，算了不說，失信於整個官僚體系。
申時行畫像
光祿寺丞朱維京強烈反對他在冊立問題的立場，上了一份措辭極其強烈的上疏，總結他“欲愚天下而以天下為戲也”。神宗頓時反彈激烈說：“朱維京這廝，出位要名，的系組訓所言奸臣。”最後將他發配充軍。接著又是一個叫王如堅的大臣繼續上疏，措辭同樣激烈。批評他出爾反爾，還不是枕邊風讓皇上迷糊？神宗依舊用罵腔說：“王如堅這廝，逞臆圖報，巧詞疑君，惑亂祖法，好生可惡，正是奸臣。”於是跟朱維京一樣被髮配充軍。
然而首輔王錫爵在強大的輿論壓力下，被迫建議神宗收回“三王並封”，此事朱翊鈞再也不好意思為難他，對他頗有難堪地說：“朕為人君，恥為臣下挾制。今卿又有此奏，若自認錯，置朕於何地？”
然而經過兩天後，極端剛愎的神宗朱翊鈞不得不宣佈撤消“三王並封”的旨意。
巨大的挫敗感讓他惱羞成怒，愈來愈逆反朝政群臣。他這個時候脾氣極其暴躁，每次奏疏一上，勢必大怒，一個“怒”字佔據了萬曆二十年之後的所有光景。對待這些高級知識分子，他越來越沒有耐心，似乎這點他與太祖朱元璋比較相像的輕視儒生文官：“唐婦人，猶過今之儒者。”“讀書人用心歹毒，特擅譏訕，如不警覺，即受其愚弄。”從此這個皇帝越來越驕縱任性，用“靜”制洶湧的文臣集團，用“無為“對抗朝政紛繁。
不可否認，他的身體越來越不好，由於長期酗酒，精力日衰，眩暈症日益嚴重，性情愈發古怪暴戾。正如御史馮從吾痛心地說：“每飲必醉，每醉必怒左右，一言稍違，輒斃杖下。”這種近乎發瘋式的過度飲酒和宣洩，無疑加劇損害了萬曆的個人修養和形象。最後馮從吾總結他如此不理朝政都是酒色引起，與雒於仁結論一致。神宗對此毫不理會，把這些直言進諫的御史形容是“沽名賣直”。
萬曆皇后
他常對臣下說：“近日以來，溽暑蒸溼，面目發腫，行步艱難”。與此同時他的閣臣能力愈來愈差，大家死氣沉沉，不敢隨便進言，免得被打得家破人亡。神宗也親自承認脾氣不好，他曾跟王錫爵說：“朕也要與先生每常見，只是朕體不時動火”由於君臣互相對抗，他看見諸大臣難免生氣，大動肝火又不好發作，嚴重損害了他的身心健康。
朝中有能力的人不斷辭職，終期一朝，辭職位置最高、人數最多，也成了萬曆一大特色。
萬曆二十九年，神宗終於不得以，在半夜發佈重大決定，冊立皇長子為太子，這種罕見動作，可見做出來的時候極其艱難。與此同時他還不忘把這個消息傳達給前任首付申時行、王錫爵，畢竟他們二人為此付出太多，可以想見，他們君臣的拉鋸終於以此告終。
然而明代政治生命由此進入快速滑坡階段，距離滅亡時間越來越近。君臣互鬥傷害的不是彼此，而是重如泰山的朝政和歷史責任。萬曆三十年的一天，神宗忽然招來沈一貫：“沈先生來，朕恙甚，虛煩享國亦永，何憾？佳兒佳婦今付與先生。先生輔佐他做個好皇帝，有事還鑑正他，講學勤政。”
末了還悽傷地說：“朕見生生這一面，舍先生去也！”只不過這次只是一個虛驚一場。然而在很大程度上，神宗早已形同死去，剩下一個空蕩蕩無人負責的漂泊大船。
明末有人評論說：“其始天子靜攝，聽臣工群類之自戰而不為之理，所謂鼠鬥穴中，將勇者勝耳。故其時其血玄黃，時勝時敗。”
明朝怠政是一大傳統，甚至成為“特色”，從正德皇帝算起，到萬曆皇帝將這項“工作：推向了最高峰，二十八年不上朝。
權力的掌心翻來覆去，明朝就在這種情況下，逐步走向了噴發的火山口。
總而言之，他對朝政的的基本態度就是“不”字， 很大程度上繼承了嘉靖御政的風格。
第一，不郊。不親自郊祭天地。
第二，不廟。不親自祭祀宗廟、太廟。 第三，不朝。不上朝。
第四，不見。不接見大臣。
第五，不批。對大臣的奏章不做批示。
第六，不講。不參加經筵講席。
萬曆三大徵
許多人認為朱翊鈞長年“不朝”，是萬曆怠政的一個重要表現，也是國事艱難的原因。事實上，不上朝和不理政是完全不同的兩個概念，“萬曆三大徵”的勝利就是在不上朝的時期取得的。萬曆中期後雖然不上朝，但是不上朝之後並沒有宦官干政，也沒有外戚干政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控制，日本入侵朝鮮、女真入侵和梃擊案朱翊鈞都有反應。表示奏章還是有在看，並透過一定的方式控制朝局。 然而，看似有著政治手腕的“幕後操控”其實並不能真正影響明代政治發展大局，這種非正常理政手段，無疑加劇了君臣矛盾，這種扯皮式政治運作，大量消耗了國力，明代最終在沉默中走向了滅亡。
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