病因不同
尖锐湿疣是一种由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，多由HPV6型、11型引起，具有传染性，主要有不洁性接触传播，潜伏期为3周至8个月，平均3个月，主要好发于性活跃人群。
珍珠样丘疹也称阴茎珍珠样丘疹病，属于一种正常的生理变异，包皮过长者其发病率明显高于正常者，可能跟局部卫生状况差、分泌物及包皮污垢的长期刺激或感染等有关，但没有传染性，不属于性病，多见于20-30岁左右的男性。
皮脂腺异位症是一种皮脂腺疾病，该病是由于皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致，与内分泌因素、局部刺激或创伤有关。多在青春期后发生，中年人较多见。
发病部位不同
尖锐湿疣男性多见于包皮、系带、冠状沟、龟头、尿道口、肛周和阴囊，女性多见于大小阴唇、尿道口、会阴、肛周、阴道壁、宫颈等，被动性交者可发生在肛周、肛管和直肠，口交者可出现在口腔。
珍珠样丘疹主要发生于男性龟头的边缘与冠状沟交界处或系带处。
皮脂腺异位症发生部位男性主要在其阴茎、包皮、系带，少见于龟头，女性主要在大小阴唇和会阴，其他部位如口腔黏膜等也常出现。
主要特征不同
尖锐湿疣皮损初期表现为局部细小丘疹，逐渐增多或增大，呈乳头状、鸡冠状、菜花状、菜花状或团块状的赘生物。可单发或多发，颜色可以是粉红色，或深红色，或灰白色，或棕黑色等，个别患者可以发生大体湿疣，可累及整个外阴、肛周和臀沟。
珍珠样丘疹是皮肤损害颜色多为珍珠状白色，少数为淡红色或肤色，部分可出现轻度红肿，无自觉症状。属于一种良性病症，有的人持续一段时间后可消退，有的人可持续数十年无变化。
皮脂腺异位症主要特征为无明显隆起，粟粒大小扁平丘疹状损害，群集分布，多呈淡黄色或少数为淡白色，部分可融合成密集不规则形斑片，表面多光滑，多无自觉痒痛症状。
检测结果不同
尖锐湿疣醋酸白试验呈灰白色，病理组织检查显示在棘层上方及颗粒层出现空泡化细胞。
珍珠样丘疹醋酸白试验呈阴性，无异常改变。
皮脂腺异位症在组织病理学上主要见到小而成熟的皮脂腺小叶包绕着皮脂腺导管，独立的皮脂腺腺体。
预后不同
珍珠样丘疹和皮脂腺异位症均无传染性，对身体健康一般不会造成影响，极少数皮脂腺异位症存在病变的可能。
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