元朝徹底的重農政策是從元世祖忽必烈開始的。1260年的三月忽必烈於開平稱汗即位。又在其年五月，取儒家經典《春秋》、《易經》，建年號中統，意為中華開統。
忽必烈由於長期管理漠南區域，其本人對農業生產有著深刻的認識，正如他對蒙古貴族說教道：“司農非細事，朕深諭此”，在他即位伊始，就採取了大量恢復農桑的政策。如在中統二年（1261年），設立勸農司，命令勸農使檢查各地的生產情況。又在至元七年（1270年），又提升司農司的地位，改為大司農司，讓四道勸農官推廣農業生產技術。其他如建立村社組織、興修水利設施，都對農業生產有著非常積極的作用。
忽必烈急於保護農耕的政策有其時代背景。
一、從1211年開始，蒙古南下攻打金國，北方中原地區經過50年的戰亂，殘破不堪。再加上前四汗時期，蒙古軍隊尚未擺脫殺戮的惡習，中原的農業生產破壞嚴重。就比如說1213年到1214年，成吉思汗南下攻打金國，就對黃河流域破壞非常嚴重。“凡破九十餘郡，所過無不殘滅。兩河、山東數千裡，人民殺戮幾盡，金帛、子女、牛羊、馬畜皆席捲而去”。
窩闊臺汗時期和蒙哥汗時期，雖然情況有一些好轉，但是由於長期與宋的戰爭，四川、兩淮、襄樊地區人口亦大量銳減。
二、蒙古貴族在進入中原後，仍然固守一畜牧業為主的經濟發展思路，這就勢必產生農、牧業尖銳的用地矛盾。蒙古貴族在戰亂後大片荒蕪的土地上，帶進了遊牧生產方式，在農業地區強行推廣，對社會生產力破壞嚴重。所以在中統四年的七月，忽必烈針對這一現象，下令蒙古軍不得圈佔耕田為牧地。“秋七月癸未，……，蒙古軍不得以民田為牧地”。
三、蒙古貴族把大量的農民擴充到工匠、和其他差役上，等到忽必烈即位時候情況已經非常嚴重，憲宗時期清查的百萬民戶，被蒙古被佔用了至少五十萬戶，這樣從事農業勞動的人口就大為減少，破壞了農業生產力。“初，憲宗時，括民戶百餘萬，至是諸色佔役者大半，天澤悉奏罷之”。
所以中原百姓不得不動用武裝鬥爭或者是大量逃亡的方式進行反抗。
上述殘破的亂局，嚴重威脅著忽必烈的統治，這就是忽必烈急於推行重農措施的原因。
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