從古至今我國種植業就採用畜禽的糞便用來作為種植的肥料來使用。糞肥的有機質含量非常之高，是生態種植的極好肥料，幾十年前糞肥處理都十分簡單，那個時候農民家裡養殖畜牧，沒有人會在飼料中添加大量抗生素和重金屬的添加劑，少量散養的畜禽產生不多的糞便也早就被再利用去肥田了。但隨著規模養殖的興起和發展，以及現代化畜牧業的不斷髮展，在過度追求經濟效益的前提之下，這種狀況，早已改變。
不進行發酵處理的糞肥具有以下危害：
一、燒根燒苗
使用發酵不徹底的雞糞後，將手插入土壤，會感覺土壤溫度較高。這是生糞在土壤中進行二次發酵。特別是在春夏季大棚內本來溫度就高，生糞進行二次發酵就會產生大量熱量，很容易導致燒根的現象；根系休眠前後，一旦燒根，將影響養分積累和來年開花結果。
二、造成土壤鹽漬化
連年使用畜禽糞便，土壤中會存留大量的氯化鈉鹽，例如平均每6方雞糞中含鹽35公斤，每畝地含10公斤鹽分就已經嚴重的制約土壤通透性和活性，固化磷肥、鉀肥、鈣鎂鋅鐵硼錳等重要元素，出現植株生長異常，，果實不開個等減產現象，明顯制約了作物產量和質量的提高。因此造成了肥料利用率直線下降，增加了投入成本一半以上。使用發酵不徹底雞糞，極易造成植株萎蔫，黃枯，萎縮不長，無花無果，甚至死亡。病毒病，疫病，莖基腐病，根腐病，青枯病都是使用雞糞最明顯的後遺症。
三、滋生根結線蟲
雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高5倍以上。線蟲對化學藥劑有極為敏感的趨避性，施藥後線蟲會迅速轉移到地下50公分-1.5米的深處躲避，所以很難根治。尤其對於3年以上老棚，根結線蟲是最致命的隱患之一。
四、帶入抗生素重金屬
抗生素的危害
現在規模化畜禽養殖中，大量使用各種抗生素以提高飼料利用率和促進動物生長。抗生素使用後大約有70%是不能被吸收的，通常大部分以藥物原形或其他代謝物隨糞尿排出，造成動物糞便中抗生素的含量普遍較高。調查顯示，目前蔬菜土壤中的典型抗生素類型主要有喹諾酮類、四環素類和磺胺類。
研究結果顯示，含有四環素的有機肥對小白菜葉綠素含量及根系活力受到抑制作用，且與四環素濃度呈負相關。土黴素能夠影響作物根系生理過程使其生長受到顯著抑制，且隨著土黴素濃度的增大葉綠素含量降低致使葉子呈現變黃的趨勢。因此，雞糞中若含有這些種類的抗生素，易引起蔬菜心葉發黃，生長不良，危害農產品安全！
●重金屬的危害
目前集約化養殖使用各種飼料添加劑，添加劑中多含有銅、鋅、鉛等重金屬元素，畜禽對微量元素的利用率通常較低，隨糞尿排出體外。重金屬含量隨著雞糞用量的增大而增加。
重金屬含量過高對蔬菜生長有明顯的抑制作用。當土壤中的銅、鋅、鉛濃度為50毫克/千克時，其對番茄根的伸長有不同程度的抑制作用，當銅、鋅濃度達到400毫克/千克時，番茄根的伸長不再生長。當鉛濃度達到2000毫克/千克時，番茄根的伸長受到嚴重抑制。
另外，鉛很容易取代鎂、鋅，抑制與葉綠素合成有關的酶活性，影響葉綠素的合成，葉片中的葉綠素含量下降，出現蔬菜苗心葉發黃，苗子不長。
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