南京大学是教育部直属的副部级的重点高校，该大学有多个知名标签分别是“985工程”“211工程”和“双一流”A类的高校。该校有国家级的一级重点学科11个；国家级的二级重点学科13个；该校截止2014年有13个学科进入ESI全球排名的前1%。
东南大学是教育部直属的副部级的全国重点性大学，该校也是“985工程”“211工程”和双一流的A类高校。该校是著名的四大工学院之一。该校拥有国家级的一级重点学科5个；国家级的二级重点学科5个，国家培育学科1个。该校截止2017年有11个学科进入ESI前1%。
在教育部发布的第四轮学科评估中，南京大学有3个学科进入A+；11个学科进入A；7个学科进入A-；A类学科一共有21个学科（含A+、A、A-），在高校的A类学科总量中排第6名。东南大学有5个学科进入A+；1个学科进入A；6个学科进入A-；A类学科一共有12个学科（含A+、A、A-），在高校的A类学科总量中并列第19名。
在第四轮的学科评估中，东南大学的A+学科是江苏省内最多的，超过了南京大学的A+学科，在全国排名并列第8名。
根据历年的校友会全国高校排名，南京大学一直排名全国前十。而东南大学一直排名在全国高校的23名左右。
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