1945年10月8日，赫斯與其他戰犯一起被五花大綁，押到紐倫堡進行審判。1946年10月1日，赫斯被紐倫堡國際軍事法庭判處終身監禁。1947年7月，赫斯被轉移到西柏林的施潘道盟國軍事監獄，編為第7號囚犯。隨著1966年10月施佩爾等人的釋放，作為施潘道監獄僅存囚犯的赫斯成為"世界上最孤獨的人"。施潘道監獄由蘇聯、美國、英國和法國各指派1名監獄長共同管理，各組織30名衛兵輪流看守。有關的經費全部由德意志聯邦共和國政府承擔。
從1960年10月到1984年，納稅人為此共付出2650餘萬德國馬克。赫斯的監獄生活是有規律的：早晨7點醒來，起床，洗漱，早餐，閱讀；散步，晚餐；大約在晚上22點，眼鏡被摘掉，同時熄燈。根據通信與探視條例，赫斯獲准閱讀指定的3份德文報紙，每月可由家人提供4本書籍作為讀物，1978年起室內備有1臺電視機。不過，赫斯對外部世界的瞭解仍然是有限的。因為赫斯不得收聽新聞廣播或收看有關當代歷史的節目，有關第三帝國、紐倫堡和施潘道的報刊與文章事先被刪剪。赫斯獲准每個星期與家人來往信件各一。篇幅均不得超過1300字，且來往信件均需經過監獄長檢查；每個月接受家人1名探視一次（12月份有兩次），時間不得超過1個小時，且每次探視必須提前2個星期向獄方提出申請，由監獄長審核批准或予以拒絕。沃爾夫·赫斯一家長期為爭取釋放赫斯而努力，赫斯則聲稱自己不會請求寬恕，因為“對我來說我的名譽比自由更為重要”。
赫斯
為了讓赫斯能夠在獄中“安享晚年”，各國政府還特別為他在施潘道軍事監獄的花園裡蓋了一間小的避暑別墅。屋子裡的陳設很簡單：幾把椅子，一張桌子，一張用來睡覺的木質長凳還有一盞可供赫斯讀報紙的油燈。
每天都有專門的醫生和護士來給他做身體檢查。由於那時的赫斯已經是高齡了，醫生們還為他制定了一個代碼為“自相矛盾”的應急方案。也就是在赫斯病危或遇到不測之時，就會啟動這套方案，對他進行特別護理。
赫斯所在的施潘道監獄由二次世界大戰的戰勝國美、蘇、英、法四國士兵輪流看守。1987年8月是美國士兵的執勤月，這裡所有的一切都平靜如往昔。8月17日這一天，赫斯吃飯午飯之後，要求看守他的獄卒讓他到別墅外面呼吸呼吸新鮮空氣，但沒過一會兒便獨自進了他的小屋。然而大概在下午3點的時候，監獄警報突然拉響，“自相矛盾”應急方案也真的派上了用場。
希特勒和赫斯
官方宣稱：1987年8月17日，赫斯在於柏林施潘道軍事監獄內的小別墅上吊自殺身亡，享年93歲。不過當時赫斯的脖子上有繩索多次纏繞過的跡象，勒痕呈平行狀，因此有不少人認為赫斯的死並不單純。赫斯死後，他的家人便要求律師讓施潘道監獄將所有赫斯的私人物品交出來，其中包括赫斯的筆記本。然而，施潘道監獄和赫斯呆過的小別墅早已被夷為平地，赫斯所有的私人物品也跟著消失的無影無蹤。據當時掌權的部門稱，他們是為了防止納粹勢力餘孽藉機興風作浪才把它們拆除的，赫斯的家人可以帶走赫斯的屍體。在對赫斯進行公開驗屍時，英國法醫詹姆士·卡梅隆證實了赫斯用電纜上吊自殺的說法。阿卜杜拉赫說：“這是絕對是一個謊言，因為我看見電纜繩當時仍然連在插座上面，赫斯脖子上的那根繩子絕對是別人從外面帶來的。”而赫斯的家人怎麼也不能接受這個現實。當赫斯的兒子強烈要求要對赫斯進行第二次驗屍的時候，於是赫斯的屍體被運到了慕尼黑。慕尼黑法醫學院在1987年8月21日對赫斯進行了第二次驗屍。專家發現：死者脖子上有繩索多次纏繞過的跡象，勒痕呈平行狀，沒有任何自殺痕跡，實屬謀殺。而赫斯的兒子沃爾夫-赫斯也說：“我對第二次的驗屍結果深信不疑。因為這年，父親可能被特赦出獄。在1987年春天的時候，父親曾告訴我：“蘇聯人準備放我出去，但英國人卻準備殺死我。”的確，多年來，國際社會一直呼籲四國政府以人道主義精神將赫斯釋放，但都遭到了蘇聯的反對。但是，1985年蘇聯新領導人戈爾巴喬夫上臺之後，莫斯科放出消息稱他們可能會將赫斯釋放。接著在1987年4月，德國的各大報紙紛紛報道稱，戈爾巴喬夫已經正式承認，赫斯即將迎來自由的人生。
赫斯陪同希特勒檢閱軍隊
在赫斯死亡之謎的調查上絕對有很多的顧忌。赫斯，作為一個納粹的創始人，在德國右翼分子當中的影響力非比尋常。1946年9月下旬，法庭繼續對赫斯進行審訊。當赫斯否認自己有罪時，一位美國律師站起來，展示了一張納粹組織的系統表，這張表表明：希特勒的指定接班人首先是赫斯，然後才是戈林。
報道稱，即使赫斯當時真的萬念俱灰，根本不可能將自己吊死。因為當時的他已患有軟骨病，根本就是一個手無縛雞之力的人，甚至連扣衣釦、繫鞋帶都要別人幫忙。所以，這樣的人怎樣怎麼可能拉斷一根粗長的電纜，再把它打結，把它套到自己的脖子裡去呢？慕尼黑法醫學院的病理學教授沃爾夫岡·史潘曾說：“如果死者是上吊死亡的，那麼繩子在拉緊之後，脖子上的勒痕的方向一定是朝上的，但我們發現死者脖子上的勒痕卻呈平行狀。我敢打賭，死者決不是因自殺而死亡。”
赫斯被關押了長達42年之久（1945年5月—1987年8月17日），他是關押時間最長，也是級別最高的發動第二次世界大戰的納粹戰犯。
赫斯墓地
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