攻占国府首都南京在战术上是日本侵华的一个重要胜利，但从战略角度来看则是一个巨大的错误。
这一军事行动一方面使得日本政府和大本营不得不放弃相对稳健的逐步蚕食的策略，转而发动具有极大风险的全面侵华战争；另一方面改变了战争轴线，放弃了已经多次被中国北方游牧民族验证的自北而南的扩张路线，而采取由东向西推进的策略。
--------------------
蚕食还是鲸吞
中国对日不惧鲸吞，乃怕蚕食。故对日不应步步后退，而要主动地实施全面抗战，.....，使其无暇消化占领区，从而使日本无法利用占领的地区提高战力。--- 蒋百里
领土扩张可以采取鲸吞和蚕食两种策略。鲸吞可以快速推进占领敌方领土，在短时间内取得辉煌战果。这一策略需要强大的军事实力和后勤保障，能够坚持到彻底摧毁对方战争能力。但如不能在一定时间内瓦解敌方战争意志，迅速结束战争，则容易陷入战争泥潭。大量的军事力量被部署在占领区以保证有效的行政管控，镇压反抗势力，使得前线进攻乏力。同时由于没有时间对占领区进行消化，无法有效从占领区获取资源，支撑战争所需要的物资必须从本土补给。随着军事推进，兵力和补给将变得捉襟见肘，进退两难。
蚕食则是相对稳健的做法。以政治手段为主，控制战争规模，逐步推进，占领并消化对方国土，建立起高效行政机构，使得占领区成为战略物资和军事力量的来源。随着占领区的不断扩大，己方军事力量也随着不断增强。但蚕食的缺点是进度太慢，需要数十年甚至数百年的时间。
日本在1937年以前一直采取蚕食的策略。一方面是因为没有足够的战争能力可以一举占领整个中国核心区，另一方面则是由于国际势力的干涉。当时日本的“新大陆政策”是：“欲征服支那，必先征服满蒙，欲征服世界，必先征服支那。......（获取中国的资源后）就可以进而征服印度、南洋诸岛、中小亚细亚以至欧洲。”
这一战略成功的关键在于以政治手段为主，控制战争规模，建立有效防线，稳扎稳打，逐步压缩国民政府的力量。在占领华北平原后，日本所控制的土地已经和中国核心区不相上下。此时日本已经掌控了战争的主动权，可以在蚕食和鲸吞之间做出调整。（具体分析附后）
七七事变后，石原莞尔提出“不扩大”方针，希望通过停止冲突换取中国对伪满洲国的承认。即使扩大派，最初的目标也是黄河至淮河一线，不扩大到上海。为了缓解华北压力，展示国府抗战决心，一个月后中国军队的精锐力量进攻上海日本驻军。日本从华北战场和日本本土抽调大量部队至上海，使得这一作战行动最终演变为上百万军队参与的淞沪会战。3个月后，中国军队惨败，日本军队越过大本营规定的制令线，攻占国府首都南京。
针对一国首都和核心区的军事行动不可能只是局部战争。南京大屠杀使得任何可能的中日和谈破灭。日本无法按照既定战略逐步蚕食中国，不得不发动全面战争。同时战争的轴线也由日本设想的南北方向改为中国设想的东西方向。南京政府放弃了保有江东平原的幻想，改为向西部战略转移，保存军事实力，以云贵川为大后方进行长期抗战，使得中国抗战局面绝处逢生。
--------------------
南北还是东西
中国又是一个很大的国家，地大、物博、人多、兵多，能够支持长期的战争，……日本就是把中国沿海封锁，中国的西北、西南和西部，它是无法封锁的。--- 毛泽东 《论持久战》
中国历史上，北方民族入侵从来都是由北往南推进的。为了应对北方威胁，华夏政权设置了两道防线（阴山-燕山防线和江淮防线），进行逐级抵抗（为什么抗战时期国民政府要将陪都定在重庆？ - Diffractioner 的回答）。中国这种分级防御的地理构造和无与伦比的大纵深可以很大程度上保证北方民族无法占领全部核心区。历史上只有两次全面失守（元，清）。前者华夏族迅速组织了反击，而后者则接受汉化，成为最后一个古典王朝。
日本显然对中国历史有着充分的了解。从日本的地理位置看，从东方海岸线入侵中国是最容易想到的策略。日本强大的海上军事力量可以沿长江西进，瓦解中国南北防线和地缘纵深，另一方面可以快速占领上海（金融中心）、南京（政治中心）、武汉（交通枢纽）等长江沿岸城市，削弱中国抵抗力量。但这将使得中国军队得以保存有生力量，向西退却。中国将具有云贵川至青藏高原、陕甘宁至新疆中亚、山西河套至蒙古高原、东北至外东北四个方向上无以伦比的战略纵深。即使中国核心区被占领，苏联和英美可以通过中亚和缅甸源源不断地为中国军队提供资源，日本并不能快速摧毁中国战争能力。日本可以将战线推进至中国第三防线，但并无法达成地缘平衡。处于高地的中国军队可以随时居高临下发起攻击。由于缺乏必要的安全边界，日本的统治并不会稳定，无法消化占领区，战争的巨大消耗无法得到弥补。战争将进入痛苦的相持阶段，日本将陷入战争泥潭之中不得脱身。
因此日本在初期还是采取了由北向南逐步蚕食的方法。中国的政治格局是从南往北中央政府控制力逐渐减弱，日本可以采取政治手段辅以有限战争的手段步步为营。若按照上文所分析的策略，中国军队将一直被迫往南退却，并无可以依托的大后方。日本强大的海上军事力量使得中国历史上构建的长江防线成为虚设，同时可以占领广州，实现对中国军队的南北夹击。
即使日本决定采取全面战争的手段，也需要尽量将中国军队拖在江东平原以达到快速聚歼的目的。一个可能的方案是华北方面军由北往南沿平汉线，海军由南向北沿粤汉线同时推进至武汉，切断中国军队向四川盆地退却的路线。只要不进攻上海和南京，国民政府并无可能在抗战初期即下定决心放弃其核心板块和首都，中国军队必然会留在江东平原。在中国军队损失殆尽的情况下，西部诸省是否还会和国民政府保持一致就很难保证。日本可以通过政治手段迫使其倒向自己，即使保持中立也可以接受。但中国南北纵深几千公里，日本很难彻底截断中国军队向西退却的路线（徐州会战中日本也未能拦截第五战区的军队向南阳盆地退却）。在全面战争中日本并无把握能够赢得最后的胜利。相比之下，由北往南逐步蚕食就成为了日本政府在三十年代早期奉行的策略。
--------------------
战略误判
胜也罢，败也罢，就是不同它讲和！--- 蒋百里，《日本人——一个外国人的研究》
我们希望和平而不求苟安；准备应战而决不求战。……如果战端一开，地无分南北，年无分老幼，无论何人，皆有守土抗战之责，皆应抱定牺牲一切之决心。--- 蒋介石，1937年庐山演讲
既然日本政府采取了由北往南逐步蚕食的策略，那么为何日本在37年还是选择了全面战争这种硬突破的方式，以至于最终深陷战争泥潭呢？
表面上看是由于日本军部和日本政府之间的矛盾造成的。逐步蚕食以政治手段为主，军事手段为辅。在占领区建立有效行政控制依赖于政府的内政能力，这将使得军队的影响力下降。日本军部需要扩大战争以巩固自己的政治地位。日本30年代军队和政府的矛盾层出不穷，226兵变后军部正式控制国家政权，军事解决大陆问题的声音开始占据主流，全面战争似乎不可避免。
而日本军队进攻上海导致战争轴线改变，直接原因是由于日本海军和陆军的不和造成的。日本海军和陆军的矛盾贯穿于整个日本近现代史。东北和华北是陆军的功劳，海军并无法染指。为了宣泄旺盛战力，日本海军渴望扩大战争，进攻中国海岸线（青岛、上海、广州），并溯长江而上进攻中国腹地。
但从深层次上看，这是由于中日不同的民族特性导致的战略误判。日本在整个侵华过程中都采取了『以战逼和』的策略，即通过不断攻占中国核心区，迫使国民政府坐下来谈判，并在谈判中取得最有利的条件。南京大屠杀也是希望能够瓦解中国战争意志，使中国彻底屈服。这从日本的民族特性来看是合理的。但中国和日本不同。日本的民族精神是刚性的，可以用山来形容。日本人的军事反抗精神非常强烈，至死不屈，而一旦被征服就会死心塌地完全归顺。中国大唐王朝和美国都实现过这种降服。而华夏民族是一个柔性的民族，可以比作水。抽刀断水水更流，中国人在战争中的抵抗意志不如日本，但要从心理上彻底征服中国人却完全不可能。华夏民族的精神可以比作是弹簧，外力越大，反抗力越大。日本对民族特性的误判，使得日本大本营并未严力约束侵华部队，中日战争不断升级。攻陷南京以及南京大屠杀并未能够使中国屈服，反而大大激发了中国人反抗的民族情绪，使中国空前团结起来。在这种形势下，无论主观上有任何想法，国民政府都不可能和日本和谈，签订停战协议。南京陷落后中日谈判彻底破裂，日本宣布『不再以国民政府为谈判对手，期待能与帝国合作的中国新政权的建立和发展』。以此为标志，日本正式陷入中国战争泥潭