近年来，微生物肥料越来受农户们的欢迎，因为和传统化肥相比，除了能提高土壤费力外，微生物菌肥能调节土壤微生物的数量和种类，从而达到改良土壤的效果，还能减少病害发生。
所谓微生物肥料就是指含有特定微生物活体的肥料，使用这种肥料时，通过其中所含微生物的生命活动来改善土壤环境、增加植物养分的供应量，从而提高农产品品质和产量。
1、 微生物肥料的分类
微生物肥料主要分为两大类：微生物菌剂和微生物肥料。
（1） 微生物菌剂根据其内含的微生物种类或功能可分9种，分别是：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。
（2） 微生物肥料类包括两种：生物有机肥（微生物菌+有机肥）和复合微生物肥料（微生物菌+有机肥+无机养分）。
2、 施用微生物肥料的注意事项
（1） 微生物菌肥中有活性的菌种才有效，所以使用菌肥时活菌数很关键，市场上生物菌肥种类繁多，质量也参差不齐，购买时一定要看保质期和有益菌数量，选择质量可靠的大品牌或亲测有效的产品。
（2） 生物菌的生长和繁殖需要一定的温度和湿度，施用生物菌肥时要求地温保持在20~35℃，温度太低或太高都会影响生物菌的存；并保持土壤湿润，高湿环境适宜生物菌的生长繁殖。
（3） 可与有机肥混施，有机肥可作为有益菌的基质，为其提供营养，利于其生长活动；一般情况下不推荐与化肥同施，但如果土壤中磷钾含量低，施用磷钾肥的同时，可以添加多孢菌，以减少土壤对肥料中的磷钾的固定，让作物更好地吸收养分。
使用生物菌肥最好不使用杀菌剂，特别是杀细菌类的，杀菌剂一般分为杀真菌的和杀细菌的，而微生物菌剂一般是细菌性菌种，所以使用不慎就会将有益菌杀死。