生物進化論不是憑空而來的，早在達爾文之前，就有很多人發現了人類是進化而來的證據了，在現代社會，之所以還有一些人接受不了進化論是因為大家無法想象身為萬物之靈的人類，怎麼可能是遠古時代的一隻猴子或者是一條魚進化而來的呢？這裡涉及到的是人類的智慧是如何起源的問題，人們無法想象智慧也是進化的產物。
達爾文
老子說：“道生一，一生二，二生三，三生萬物。”道家學派的宇宙起源學說，實際上就是“無中生有”，現代物理學則認為宇宙是由一個奇點爆炸而來的，同樣也是“無中生有”。為什麼沒有人質疑老子和愛因斯坦的觀點呢？因為他們在解釋宇宙起源的問題時，並沒有直接涉及到人類起源的問題，而達爾文的進化論涉及到的是人類起源，解釋萬物起源的學說一旦涉及到人類自身的事情，其本身的合理性就受到極大的質疑。
第一：生物進化思想史
人類的身上保留了動物的一些特點，我們在日常生活中也能夠看得見，比如：人走路，雙手總是來回擺動，而且左右手的擺動必然是一前一後的，為什麼會出現這種情況呢？因為人類是從四足行走的動物進化而來的，地球上四足行走的動物在用四肢行走的時候，前肢和後肢的兩條腿，總是一前一後的，人類雖然是直立行走的動物，但是，兩隻手仍然保留一前一後的運動習慣，所以，我們在走路的時候，左右手的擺動總是一前一後的。人類是靈長類動物，靈長類動物是林棲動物，在樹上生活，需要靈活的四肢，否則容易從樹上掉下來，手指的大拇指與其他的手指頭能夠對握，才能有效地抓住樹枝，因此，人類、黑猩猩、猴子的手指都能夠對握，人類雖然已經離開森林了，但是，我們仍然喜歡樹木，把大量的樹木搬進了城市和村莊，用來建設綠化帶，並且人類的小孩走到樹木前，總想搖晃樹枝，這其實都是人類天性的反應，因為我們的祖先是林棲動物。
黑猩猩
物種與物種之間儘管外部特徵迥異，但是，仍然可以發現一些相似的特點，因此，當人類的文明發展到一定的程度的時候，發現生物進化這一科學現象是必然的，即使沒有達爾文，也會有其他的科學家提出進化論。實際上，以自然選擇為基礎的進化論，是由兩位學者同時提出來的，這兩位學者就是查爾斯·達爾文和阿爾弗雷德·拉塞爾·華萊士。達爾文和華萊士共同發現了“自然選擇”這一自然現象，於是，就提出了以自然選擇為基礎的進化論，達爾文在1859年出版的《物種起源》一書中系統闡述了這一科學理論，所以，後世之人才誤認為進化論是由達爾文一人提出來的，甚至誤認為達爾文發明了進化論。
華萊士
達爾文提出的進化論，是以自然選擇為基礎的進化論，自然選擇通常稱之為“天擇”，並且達爾文還找到了支持這一理論的科學證據，為什麼在19世紀的中葉能夠找到進化論的證據呢？因為我們人類僅僅觀看自己所生活的區域的動植物只能發現個別的特例來證明人類源於動物，而無法找到規律性的現象，19世紀的中葉，環球旅行已經變得非常便利了，科學家能夠在地球上的各個島嶼中發現更多的古老的動物，與此同時，地質學也在發展，人類還發現了埋藏在地層中的動物的化石，有了更多的觀察對象以後，就能發現普遍性的和規律性的現象。
達爾文和華萊士提出進化論之前，進化論已經不是一個新概念了，只是缺乏科學證據而已，1809年，法國博物學家拉馬克在《動物哲學》一書中提出了“用進廢退”與“獲得性遺傳”的概念，並且認為這兩個法則主導了生物的變異，生物變異的過程也是生物適應自然環境改變的過程。拉馬克認為當環境發生變化時，物種相應的器官也會出現常用和不用的現象，常用的器官會越來越強大，而不用的器官會逐漸退化，並且這一改變會遺傳給下一代，這就是“用進廢退”與“獲得性遺傳”的理論，拉馬克只是在哲學層面討論他的學說，並沒有找到證據，但這一學說為自然選擇理論的提出奠定了基礎。
拉馬克
在拉馬克之前，中國明朝的醫學家、藥物學家李時珍就提出了初步的進化論思想，李時珍認為“鳥產於林，故羽似葉”，動植物在適應環境的過程中，會產生相似的遺傳變異，鳥類需要在氣流中振動翅膀，植物的葉子需要在氣流中搖曳，所以，羽毛和樹葉的形態非常相似，都是為了適應空氣的流動。
達爾文提出“天擇”理論之後，很多人提出了質疑，原因就是自然選擇所導致的物種變異往往是緩慢的，其時間尺度往往是萬年、千萬年。但是呢，人工選擇的速度卻要快很多，並且人們能夠觀察得到，於是，達爾文在出版了《物種起源》一書之後，又出版了一本鉅著，名為《動物和植物在家養下的變異》。因此，我們從家養的動物身上也能找到生物進化的蛛絲馬跡。
狗是由狼馴化而來的，家豬的祖先是野豬，家牛的祖先則是野牛，然而，人類發明農業的時間是在1萬年前，大部分家養的動物都是在1萬年前至8000萬年前馴化的，而人類的文明則誕生在5000年前至6000年前，人類是史前時期馴化了家畜和家禽，在文明史階段沒有觀察到這些動物的變化，因此，我們在很長一段時間以內並不知道家養的動物都是被人類馴化的，不知道人工選擇的作用，金魚的馴化則比較晚，是人類在文明史階段馴化的動物，金魚的演化史足以說明生物進化現象的存在，金魚是由野生鯽魚馴化而來的，中國人開始大規模飼養金魚始於西晉時期，野生魚類當中有一些魚的顏色是色彩斑斕的，但是並不普遍，鯽魚就是紅色鯽魚，總體而言，魚類的皮膚不宜呈現出彩色，因為這樣的話，就很容易被天敵發現，自然界總是有一些鯽魚因基因突變而變成彩色鯽魚，然而在生存上卻不佔優勢，很快就會被其他動物吃掉。彩色的或者紅色的鯽魚，在中國古代被稱之為“文魚”，《山海經》中記載道：“睢水出焉，東南流注於江，其中多丹粟，多文魚。”西晉時期，人們經常集中收養紅色的鯽魚，最初金魚的顏色以紅色為主，由於這些鯽魚在人工環境下能夠很好地生長，並且繁育出更多的後代，後來，人們有意篩選出色彩斑斕的鯽魚，於是，在宋朝的時候，金魚的皮膚就進化出了不同的顏色和不同的花斑。金魚在人工飼養的環境下，因基因突變而產生眼球突出的現象，由於人們喜愛這樣的鯨魚，於是這種鯽魚就獲得了遺傳優勢，到了明朝時候，已經出現了眼球突出的金魚了，並且還出現了雙尾金魚，一般的魚類尾鰭只有兩葉，雙尾金魚的尾鰭是四葉。眼球突出，色彩斑斕、雙尾的金魚在自然界是很難生存的，但是，它們滿足了人類的審美需求，金魚的生存目的就是為了給人類觀賞的，純粹的是靠臉吃飯的，於是，這種在自然界很難生存的魚類就發展壯大了。金魚儘管與它們的祖先鯽魚相差很遠，但是，仍然可以與鯽魚交配，孵化出下一代。金魚的馴化，說明只要時間足夠，生物就會發生進化，並且進化還會使得它們的形態與它們的祖先完全不同，以致於人們很難分清楚它們與它們的祖先之間的區別。
中國古代繪畫作品裡的金魚
人工選擇從本質上來講，也是自然選擇的一部分，當然性選擇也可歸類為自然選擇，它們都是廣義上的自然選擇，動物的雄性之間往往會因爭奪雌性而發生競爭，受到雌性偏好的帶有某一類特徵的雄性就會產生更多的後代，因此，動物的性選擇也會促進物種的進化，比如：雄獅擁有鬃毛、雄孔雀會開屏、公雞的羽毛非常的亮麗等等。
第二：我們為什麼擁有五個指頭？
人工選擇引起的物種演化，我們人類可以觀察得到，那麼，藉助古生物化石，我們仍然可以看到進化的蛛絲馬跡。形成化石的條件是非常苛刻的，地球上並不是每一個物種都會留下化石，化石仍然會出現中間環節的空缺現象，比如，科學家認為雞的祖先是恐龍，但是在恐龍與雞之間只能找到有羽毛的恐龍和始祖鳥的化石作為證據，而無法找到更多的化石來證明恐龍是如何一步一步演化為雞的；人類是由古猿進化而來的，人類學家找到了南方古猿、匠人、能人、直立人、尼安德特人的化石，但是，這些化石仍然不是很全面。化石出現的中間環節空缺的現象，也是進化論受到質疑的一個原因之一。
儘管化石的證據不是很全面，但是，我們仍然可以運用人類的智慧去聯想，使得化石證據構成一個鏈條就可以了。生物進化論的觀點，常說人類在3億年前是一條魚，乍一看，我們每個人都無法接受這樣的表述，可是呢？我們仔細觀察自己的手指，再結合古生物的化石，就能看出人類身上還保留了魚的痕跡。
人類是由魚進化而來的，這裡的魚並不是指我們現在在海洋裡看到的那些魚類，而是一種非常古老的魚類，稱之為肉鰭魚類，在現在的地球上絕大多數的肉鰭魚類已經滅絕了，只留下來了少數的種類生活在深海的某個角落裡，這些為數不多的魚類被稱之為魚類當中的活化石。兩棲動物、爬行動物和哺乳動物都是四足類動物，四足類動物的祖先就是肉鰭魚類，在3.75年前至3.65億年前，一些生活在淺水環境裡的肉鰭魚類嘗試走向陸地，從而進化出了後來的兩棲動物、爬行動物和哺乳動物（四足類動物）。
硬骨魚根據魚鰭的特徵可分為兩類，一類是輻鰭魚，另外一類是肉鰭魚，現在地球上的魚類絕大多數都屬於輻鰭魚，輻鰭魚的魚鰭呈現出放射狀，肉鰭魚的魚鰭中有一箇中軸骨，且有明顯的肌肉組織，這是肉鰭魚區別於輻鰭魚的一個顯著特徵，而我們的四肢就與肉鰭魚的魚鰭在生物進化上則有著明顯的繼承關係。肉鰭魚的魚鰭擁有中軸骨和肌肉組織，能夠支撐住自己的身體，並走向陸地。生活在3.75億年前的提塔利克魚是魚類和早期四足類之間的過渡物種。我們根據提塔利克魚的化石可以復原它們的原貌，仔細觀察提塔利克魚魚鰭化石，就會發現魚類的魚鰭與我們手掌之間的關聯。提塔利克魚的魚鰭上有原始的趾頭和腕骨。
提塔利克魚的魚鰭
現在的地球上，為什麼絕大多數魚類都是輻鰭魚呢？可能是因為放射狀的魚鰭更有利於在水中生活，而肉鰭魚的魚鰭更適合在陸地生存，在海洋裡，肉鰭魚競爭不過輻鰭魚，就被迫走向了陸地。從這個意義上來講，得到進化的物種往往是不適應環境的，因為不適應環境，所以才要改變自身的遺傳性狀，這也可以解釋大部分的魚類為什麼不再進化為兩棲類動物和爬行動物了，因為這些魚類已經適應了環境了，不需要再進化了。
最初，肉鰭魚走向陸地時，它們魚鰭上的原始趾頭並不是五個，有的是六個、七個或者是八個，甚至是多個。為什麼後來都變成了五個呢？因為擁有五個趾頭的早期四足類動物，在競爭中更有優勢，於是，擁有五個腳趾的四足類動物就成為了四足動物的主流，而擁有其他數目的腳趾頭的四足類動物都滅絕了。
肉鰭魚
第三：我們的手指還會進化嗎？
現在地球上的爬行動物、鳥類和哺乳動物，都是擁有五個腳趾的早期四足類動物的後代，所以，所有的爬行動物、鳥類和哺乳動物都是擁有五個腳趾頭的，但是，為什麼我們在日常生活中卻發現一個奇怪的現象：鳥類的腳趾頭只有四個，馬的腳趾頭只有一個，蛇甚至連大腿都沒有。因為進化不會停止，四足類動物的腳趾仍然在進化，鳥類的腳趾頭實際上是五個，只不過其中有兩個嚴重退化了而已，我們在鳥類的骨骼上是可以看到五個腳趾的痕跡的，鳥類需要飛翔，在空氣中飛翔，需要減輕重量，三個腳趾緊緊抓住樹枝就足夠可以掌握平衡了，於是，鳥類的腳趾頭有兩個就嚴重退化了。馬的腳趾頭實際上也是五個，但是，馬是偶蹄類動物，偶蹄類動物需要在草地和沼澤中進行跳躍式的奔跑，於是，馬的中指特別發達，其他的腳趾頭與中指合併為了一個腳趾；海豚、鯨魚原來都是四足行走的動物，後來，為了適應海洋生活，它們的四足都嚴重退化了，反而演化出了鰭。人類以及大部分的哺乳動物、爬行動物，因為需要四足行走，並且仍然依靠五個趾頭來支撐平衡，所以，前肢和後肢都是五個趾頭。人類因為需要在森林中攀爬，所以，前肢的大拇指與其他四個指頭甚至可以對握。人類的手指非常的靈活，今天的我們才能有效地滑動手機的屏幕，而在3億多年前，這手指只不過是一個魚鰭而已。
黑猩猩的腳指頭
人類直立行走之後，我們的手指因為需要握住工具，所以，變得越來越靈活，手指的大拇指和其他四個指頭不僅可以對握，而且還可以抓住不同的形態的工具，但是，我們的腳趾已經不是很靈活了，黑猩猩的後肢，其大拇指與其他的指頭仍然可以對握，而我們的腳趾的大拇指與其他的指頭都已經不能很好地對握了，也無法抓住樹枝，因此，人類爬樹，如果雙手沒有抓住樹枝，很容易從樹上掉下來，而黑猩猩不僅前肢可以在樹枝上攀爬，後肢也能緊緊抓住樹枝，只是相對於前肢來說，後肢更傾向於運動，而不是抓住樹枝。人類實現直立行走之後，前肢是更加傾向於抓住物體，行走的功能逐漸退化，而後肢則更加傾向於運動，抓住物體的功能則逐漸退化。
