現實中，我們每個人都有主觀意識，那麼，人為什麼會有意識呢？意識是從哪裡來的？動物有意識麼？對這些問題的探討，需要從生命的進化，尤其是大腦的進化談起。
意識與大腦
在雷電的作用下，甲烷等無機物可以通過化學反應形成有機小分子，比如氨基酸。它們隨雨水落入原始海洋之中，並逐漸聚合形成有機大分子。某些有機大分子具有特定的功能，比如其一端可以在光照下分解水產生氫氣和氧氣，從而能夠在氣體的反推作用下定向移動，表現出所謂的“趨光性”或“避光性”。
有機大分子還可以組合成多分子體系，穩定的多分子體系最終被一層膜包圍，形成原始細胞，這是最初的生命形式。單個細胞聚集成多細胞，形成特定的組織。並且，在適應環境中，細胞間產生了分工，有些細胞負責感應光線壓力，有些細胞負責運動，有些則負責吞噬和分解有機物，還有一些，是負責協調各部分功能的，這就是腦結構的雛形。
腦起源
最簡單的腦結構便是脊椎索，它的核心是幾個神經細胞，比如膝跳反射便是在脊椎索的指揮下完成的。多條脊椎索勾連而成的複雜結構，便是最初的大腦。但此時的大腦類似於計算機，它並沒有意識，而是固定地執行各種預設的命令。但大腦與計算機不同，大腦的命令不能被精準複製，在自然選擇下，一些預設命令被繼承，一些則被遺棄，原始腦緩慢地積累著經驗。
隨著預設的命令增多，命令間不可避免地出現重複和衝突，重複表現為慣性，衝突表現為選擇性。一個生命，無論什麼原因，在對峙世界的時候猶豫了，沒有立即作出反饋，這便是意識的誕生。它們與石頭等無生命的物體表現截然不同。比如，我們對著石頭踢一腳，石頭就沿著踢的方向去了，然後停止，再踢一腳，依然如此；而一個小動物則不然，世界給它一個刺激，它會有各種不同的表現，這次向左動，下次向右動，這代表它面對世界有多種不同的應對模式，其中有一個選擇的過程。
選擇導致意識的誕生
最開始的時候，應對模式的選擇並不是清晰的，它沒有主宰，是不自覺的。而且，選擇的無效性也並不能被很好的記錄下來，所以動物很容易上當。上當的次數多了，相應的應對模式便逐漸失效，直至類似的模式全部失效，這時，便剩下遠離或躲避模式，這是恐懼心理的來源。
在不斷逃避傷害的基礎上，不自覺的潛意識產生了一個判斷的主宰，它進一步延緩了我們應激反應的時間，卻也通過比較給出了更加精準的應對模式。這個主宰的一部分運行模式被準確記錄，並在適當的觸發下可以重複運行，就好像我們能夠主動感知一樣，這便是真正的意識，它是自覺的。
意識與潛意識
其實，這個主宰就是人們通常說的我，我是大量不自覺的潛意識的主宰，具有永恆，唯一，自在的特性。我一經產生，便不僅僅要主宰自身，還要主宰一切。自覺意識的邏輯叫形式邏輯，它是抽象的，清晰的；不自覺意識本身也有邏輯，它是具象的，拓撲的。通常，前提的正確性需要具象的邏輯，而抽象的邏輯可以保證結論與前提的正確性等同。
