我國著名的民主革命家、教育家蔡元培，與魯迅同是浙江紹興人，他們兩家還是世交。1904年蔡元培組織光復會時，魯迅經朋友陶成章介紹加入，蔡元培對這個小老鄉很器重。他的提掖幾乎是重寫了魯迅的人生歷史。1912年初蔡元培被孫中山任命為教育總長。他接任後就廣納人才，對許壽裳薦舉的魯迅，當即發函請魯迅來京就職。後來教育部遷往北京，教育部次長趁機網羅親信，欲將魯迅除名。蔡元培察覺後任命魯迅為教育部社會教育司第一科科長。1916年蔡元培擔任北京大學校長後，聘請魯迅講授中國小說史，還請他為北大設計校徽，沿用至今。此外，魯迅被聘為中國大學研究員的特約著作員和加入中國民權保障同盟，也都是蔡元培推薦的。
魯迅對蔡元培很尊敬，不管當面還是書信，總是恭敬地以“先生”稱之。魯迅稱為“先生”的，除了章太炎之外，就是蔡元培了。蔡元培發現魯迅喜歡抄古碑，蒐集金石拓片，就將自己收藏的《贊三寶福業碑》、《高歸彥造像》、《豐樂七帝二寺邑義等造像》和《蘇軾等仿像老題記》拓片贈送給他。
蔡元培與魯迅的關係密切到愛屋及烏的程度。他對魯迅的弟兄也很關心。蔡元培得知周作人來到北京，就聘為北大人文科教授。周建人因受周作人夫人羽太信子排擠，蔡元培就將周建人薦舉到上海商務印書館工作。
蔡元培對魯迅思想的影響，最主要的還是他執掌北京大學後，倡導的“思想自由、兼容幷包”的“北大精神”。蔡元培聘任新文化運動的領袖陳獨秀為文科學長，隨之陳獨秀主編的《新青年》遷移北京，使得這所瀰漫著陳舊氣息的最高學府，開始呈現勃勃生機。為魯迅思想成熟提供了良好的環境和背景，使他的《狂人日記》、《阿Q正傳》等白話小說，得以由《新青年》面世。可見，蔡元培倡導的“北大精神”哺育了魯迅，為魯迅的大展宏圖提供了廣闊的舞臺。這是蔡元培對我國文化界的一大貢獻。
1936年10月魯迅病逝後，蔡元培參加了魯迅治喪委員會，舉行葬禮時，親自執紼送葬。《魯迅全集》編纂好後，蔡元培致函國民黨中央宣傳部部長邵力子，請求送審時開放綠燈。蔡元培為這部全集寫了序言。序言中對魯迅的創作和學問推崇備至。這些評價出於一位德高望重的長者之口，更讓人感到其分量之重，情感之真，至今看來仍令人感動不已。許廣平對蔡元培為魯迅所做的一切極為感激和崇敬，她曾撰文說：“蔡先生文章道德，海內傳頌，魯迅先生一生深蒙提掖，此次更承為全集作序，知何宗尚，魯迅先生有知，亦必含笑九泉，豈徒私人之感幸。”
