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一、雜交子的鑑定
對異宗結合的食用菌而言，單孢萌發的菌絲體沒有鎖狀聯合結構，通常也不能形成正常的子實體。當2個可親和的單核菌絲相互交配之後，能形成異核的雙核菌絲，這種雙核菌絲在顯微鏡下常可以看到鎖狀聯合結構，並能正常結實。同宗結合食用菌具有自交可孕的特性，雙核菌絲沒有鎖狀聯合的結構，不能依據鎖狀聯合結構有無來鑑別雜交子真偽。一般而言，屬於次級同宗結合的雙孢蘑菇每個擔子上著生2個擔孢子，1個擔孢子含有2個不同的細胞核，但極少數擔子上著生3個或4個擔孢子。1個擔子上產生4個擔孢子時，意味著它們萌發的菌絲可能都是同核體，可以利用單核擔孢子萌發的同核體菌絲進行雜交育種。
食用菌栽培
當1個擔子上著生3個擔孢子時，其中1個擔孢子為雙核，另外2個擔孢子為單核，雙核的擔孢子萌發後形成異核體菌絲，單核擔孢子萌發後形成同核體菌絲，而同核體菌絲可以用於雜交育種。由於雙孢蘑菇同核體菌絲生長速度通常較異核體菌絲生長慢，且同核體菌絲無法結實，可以通過菌落形態和栽培試驗鑑別真正的雜交子。但對於雙核擔孢子萌發的菌絲，只能通過原生質體再生分離鑑定再生同核體，才能進一步進行雜交育種。
雙孢蘑菇栽培
對於食用菌雜交子鑑定而言，僅觀察鎖狀聯合有無或菌絲生長情況鑑定雜交子是不夠的。但結實週期太長，在雜交子鑑定中難以應用。某些異宗結合擔子菌的雙核體菌絲鎖狀聯合不明顯或者較稀少，顯微鏡下難以觀察。因此，常採用拮抗試驗、酯酶同工酶酶譜和DNA分子標記技術進行雜交子鑑定。拮抗試驗是基於食用菌菌絲體細胞不親和性的特性，觀察雜交子與2個雜交親本菌株菌落之間是否產生拮抗反應，但某些食用菌體細胞不親和反應並不明顯。雙孢蘑菇、黑木耳等食用菌酯酶同工酶酶帶比較穩定，在雜交子鑑定中應用效果較好，但在許多食用菌中酶譜穩定性較差。
黑木耳栽培
分子標記技術在雜交子鑑定中應用日益普遍，隨著分子生物學技術的發展，雜交子鑑定可以通過特異性引物擴增進行分子指紋鑑定原生質體融合育種一般用於同宗結合食用菌或者遠緣雜交育種中，但首先必須對親本加以特殊的遺傳標記，才能利用遺傳標記鑑定雜交子。常用的遺傳標記為營養缺陷型標記和抗藥性標記，也可以採用熒光標記、同工酶標記或DNA分子標記。例如，採用抗藥性標記篩選鑑定雜交子時，如果一個親本對藥物A敏感而對藥物B不敏感，而另一親本對藥物B敏感而對藥物A不敏感，當一定濃度的A、B2種藥物同時加到培養基中之後，親本的原生質體細胞會被藥物殺死，但融合子因同時具有兩種藥物的抗性，因而能夠存活下來。
食用菌栽培
食用菌原生質體融合技術還存在許多問題，如親本標記非常困難、融合子難以鑑定或極不穩定、遠源雜交的融合子難以形成子實體或子實體缺乏所期望的優良性狀等。原生質體融合機制、融合子細胞核行為和融合子遺傳穩定性等方面缺乏深入系統的研究，但原生質體技術在細胞壁合成機制、遺傳轉化體系構建及誘變育種等方面都有著廣泛的應用前景。
食用菌栽培
二、優良雜交子的篩選
獲得一定數量的雜交子之後，必須經過初篩和復篩，再進行多年多點的示範性栽培，檢驗雜交子的豐產性、抗逆性和穩定性，最後才能在生產中應用推廣。首先將大量經過初步鑑定的雜交子菌株在栽培料中培養，觀察菌絲定植能力和吃料速度，淘汰無法定植或生長速度非常緩慢的雜交子，然後進入初篩試驗。在初篩試驗中，從吃料能力、抗雜性、出菇期、菇蕾數量、菇形、產量和商品性狀等方面對雜交子進行綜合考核，篩選出表現較好的雜交子進入下一輪復篩試驗。對復篩獲得的雜交子，需要進一步擴大栽培規模，並選擇不同的地域或生產者進行示範性栽培，明確雜交子適宜栽培範圍和優缺點。對於通過了初篩、復篩和示範性栽培的雜交子，最好進一步對雜交子真實性進行再檢驗，確定其特異性。一般而言，任何一個雜交子適宜的栽培方式和區域都是有限的，必須經過試驗和示範，才能逐步明確其適宜推廣區域及栽培方式，切忌盲目推廣。
