永徽六年(公元655年)十月，高宗以“阴谋下毒”的罪名，将王皇后和萧淑记废为庶人，并加以囚禁，还削去她们的父母、兄弟等人的官职，将他们流放岭南。七天后，唐高宗再次下诏，将武媚娘立为皇后。高宗决定为武媚娘举行隆重的封后大典，并让她在肃仪门的城楼上接受百官朝贺，令朝臣真正接受武媚娘为后。这一举措出乎众臣的意料，因为皇后受朝贺还真属罕见之事。不过皇命难违，众臣即使不情愿也只能按要求跪拜，高呼“皇后万寿无疆”。第二年，又废掉了原来的太子而改立武后之子李弘为太子。
至此，32岁的武媚娘终于完成了自己的理想，在她从一名普通民间女子走上皇后之位的过程中，经历了许多坎坷与磨难，同时也付出了很大的代价。
高宗生性多愁善感，性格优柔寡断，有一天，他突然怀念起王皇后与萧淑妃，便让宦官领路，打算去别院看望她们。当他看到王皇后与萧淑妃的悲惨境况之时，心中顿时升起无限怜悯，并且答应过几天再来看她们。
武后知道此事，心中大怒，打算抢在高宗因恻隐之心放她们出来之前处死这两个心腹之患。几天后，武后派人来痛斥二人无心悔过，还要迷惑皇上，罪加一等，罚二人各杖责一百，直打得她们皮开肉绽。最后，武后命人将二人手脚砍掉，浸入酒缸，直至她们死去。
据《资治通鉴》记载，王皇后死前向皇帝的方向拜了两拜，祝皇帝长命百岁、万寿无疆，并且非常平静地说:“昭仪承恩，死自吾分。”意思是，现在武昭仪正承恩泽，所以死是我分内的事情。这句话看起来很普通，但她身为贵族女子的骄傲在其中表现得淋漓尽致。她说这话就意味着，她至死也不承认武媚娘是皇后，认为她没有资格当皇后，永远只是一个昭仪而已。 而萧淑妃临死之时则大骂武媚娘，说自己憎恨妖妇武媚娘，希望来世将变成一只猫， 让武媚娘变成一只鼠， 自己就可以咬断武媚娘的喉咙，让她痛苦地死去。
从此以后，武后禁止在宫中养猫，而且常常夜梦王、萧二人披头散发，在宫中作祟。所以，她在执掌朝政以后，就常住东都洛阳，终生不归长安。而且给王皇后改姓蟒，说她是蛇，心如蛇蝎;给萧淑妃改姓枭，是一种恶鸟。 武后通过这样的手段来侮辱二人，以平复自己的心理。
等除去这两人，武后开始向朝中大臣动手。之前对于废后一事，长孙无忌万分阻挠，武则天的第一个目标就是除去长孙无忌这颗眼中钉。
显庆四年(公元659年)，武后等到了这个机会。韦季方跟李巢卷入了谋反案，此案武后派她的心腹大臣许敬宗去审理，力求将长孙无忌也给卷进来。韦季方不想做出伤天害理之事，面对严刑便欲了结自己，以免遭受更多折磨。许敬宗抓住机会，又编排了不少关于长孙无忌的供词，作为韦季方的供述向高宗转达。高宗原本并不相信长孙无忌有谋反之意，但许敬宗一再强调此事的严重性，再加上武后也适时向高宗力陈其危，唐高宗原本主见就不强，听了他们的话便法决定削去长孙无忌的官位，将其流放到黔州。不久之后，武后又派人前往黔州，逼长孙无忌自自缢而死。至此，长孙无忌与武后的斗争终于以武后的胜利而告终。
武后不但心肠狠毒，而且手段也非常高明，为的就是登上后位以及排除异已，让自己获得更多的权力。武后在朝廷里广植党羽，培植自己的势力。最初的愿望只是做皇后，等真正成为皇后之后，接触到了更大的权力，这才明白，自己原来还可以要求更多!于是，新一轮的战争又要打响了!
