《鬼子來了》故事取材於作家尤鳳偉的小說《生存》，拍成電影后改動較大，原著著重描寫"軍民奮勇抵抗侵略"，而影片則提煉農民愚昧、戰爭荒誕一面，筆鋒直指國人弱點，將更多憂患意識注入影像化的故事中。尤鳳偉打官司時曾指控"電影對原小說的創作主題、故事細節、人物性格等方面都做了扭曲篡改、、、、、這種行為破壞了原作完整性"，廣電總局也說電影"不僅沒有表現出在抗日戰爭大背景下，中國百姓對侵略者的仇恨和反抗，反而突出展示和集中誇大了其愚昧、麻木、奴性的一面。"可事實上，正是因為姜文一番大刀闊斧的改動，影片才有了開掘人性的深度。
在以往中國傳統的抗戰題材影片中，大致已形成了以下幾種公式化、類型化、圖解化的情節、人物以及視覺特徵：戰爭是一場人民戰爭，而領導戰爭的是偉大的共產黨，至於身處抗日戰爭中心地帶的農村一定會表現出非凡的堅定、積極參與以及視死如歸的精神等，而這一故事的反面主人公則大多兇殘、毫無人性同時又色厲內荏，但最後一定會自覺與人民戰爭的汪洋大海之中。
當這些基本因素構成一個故事或者英雄傳說所必須的核心，不用說在今天，即便在當時，也會立刻被傳頌開，成為人民宣傳抗戰、弘揚愛國精神的一個極好的負載。並且，這些傳說在經過不斷傳頌後，還可以成為神話，愛國農民們的行為則成為這類神話的起源或受益者。
因為是神話，也就有了選擇的餘地和可能，一方面它將抗日戰爭塑造成全民參與的、神聖的民族戰爭；另一方面，戰爭過程中那或許佔更多數的自私的事實，如怯懦、狹隘、愚昧、背信棄義和自私、親日登，都沒有也不可能在這類神話中得以反映。
這一點，在《敵後武工隊》、《平原游擊隊》、《烈火金剛》、《鐵道游擊隊》等書或電影中可以得到充分的佐證，而且絕不會出其右。最為突出的特點就在於對戰爭根源的控訴，對國仇家恨的宣洩於報復，以及對敵人的惡魔化描寫等。但到了《鬼子來了》一片中，這一切幾乎完全被推翻、被顛覆。
故事在一個名叫掛甲臺的地方展開，在那個被日軍牢牢把持的地方，因為沒有國軍和共軍的爭奪而顯得相對寧靜，小日本對當地人進行著和平的奴役。習慣了被壓迫的老百姓已經對於尊嚴之類的事情麻木了，為了生計這樣的眼前利益而過分樂觀的活著。小鎮上唱曲的在集市上宣揚著皇道樂土，教育眾人"八百年前是一家"，村落里老百姓見了鬼子一口一個森賽地叫著。
這些村民，既沒有充當民族激情澎湃的抗日英雄，也沒有成為貪生怕死、助紂為虐、賣國求榮的漢奸，他們只是麻木而又真實的活著。
由此可見，這些村民的行為品性已經完全不同於以往的同類題材電影，無論從表面看還是深層次看，影片中人物所呈現出的東西都與一向與主流意識形態理想化的民族品性相距甚遠。但是不管我們願不願意看到，願不願意承認，這樣的寫法，卻是寫出了我們民族性格中更為真實的一面，有寫出了那個時代最客觀的一面。
應該說，在任何時代裡，社會結構都呈現出金字塔的形狀，是有一部分人站在了塔頂，成為了振臂一呼的英雄，但那只是極少數，更多的還是處在底層，他們成了"沉默的大多數"。而戰爭中更為普遍的生存狀態恰是這"沉默的大多數"，《鬼子來了》描寫的也正是這"沉默的大多數"。
在所有"沉默的大多數"中，馬大三是極具代表性的一位，作為掛甲臺的一個光棍漢，他與屯裡最漂亮的寡婦魚兒相好。在"相好"之夜，被"我"用槍頂著腦門子接受了兩個俘虜，自此以後，便生活在了擔驚受怕與水深火熱之中。
在馬大三身上，我們看不見傳統作品中的激情與豪勇，看不見家仇與國恨，更看不到奮起的反抗，甚至連"敢愛、敢恨"這四個字都談不上。馬大三以及描寫馬大三的這部作品與我們司空見慣的主流文化相比，可謂變得十分陌生。
不過話說回來，馬大三這個人，並非沒有一點剛性和血性，只可惜這些剛性和血性主要傾瀉在了女人身上。劇中，當馬大三抽到了殺人籤卻遲遲不動手，結果遭來人怨的時候，他也一度憋紅了臉，嘴裡說著："把我逼急了，我就···我就···"之類的話，此時我們和他身邊的人一樣，都以為他會拿出點男子漢或英雄式的舉動，然而接下來聽到的卻是"我就跑了"這樣的話語，真是令人失望至極。還有更令人失望的，馬大三說完這話以後，竟然哭了，哭得很痛，一邊哭一邊說"我殺不了人啊，我殺不了人"，沒錯，正如四表姐夫所說，讓馬大三殺人，"這是使錯了勁，找錯了人，"正像磨豆腐時不能放高粱一樣，"你擱的高粱越多，它出來的就越不是豆腐。"馬大三從骨子裡說，就是那"高粱"，想借刀殺人，還真不能使這杆槍。
無奈之下，固執地不肯殺人的村民們為了結果被俘虜的鬼子，費盡周折請刀斧手，最終得到的結論是這鬼子命不該絕。再後來他們同意了鬼子用人換糧食的建議，於是便有了這如唱詞般的契約：
"日人花屋小三郎，去年臘月來吾鄉。挾風帶雪，神色驚惶，衣容不整，兼有槍傷，何人送之，我等不祥。六月有餘，寒來暑往，我等村民，仁義心腸，鼎力相幫，節衣縮食，悲苦難當，著急上火，沒齒不忘。花屋感恩，允我口糧。兩大車整，報答有方。我等笑納，各得所償。花屋漢臣，歸還日方，自此之後，兩不相傷。立下此約，中日兩方。"
其結果是，日本人果然照約而行，只是在酒宴上本來還相談甚歡的日本人，"遇到特定的歷史環境一瞬間就會變成大屠殺的劊子手。這種兩面性是很好的重疊在日本人身上的。"於是乎，轉眼間，掛甲臺變成一片火海，聯歡會變成了屠殺場，雖然這時日軍已經宣佈無條件投降。
難怪魯迅先生說"中國的老百姓，向來不憚於反抗的。只要你給他們地種，讓他們活，他們就像陷入沼澤的人，只要鼻子還露在外面，能喘氣，就不願意動一動。中國人，只要坐穩了奴隸，就知足了，真是萬劫不復。"他的這段話，把中國普通民眾那種遇事推諉、善良軟弱、愚昧無知、有時還自大膨脹的劣根狀態一針見血地描繪出來。應該說，這就是在亂世當中的一種中國普通民眾最真實的生存狀態。作為最淳樸、最安於現狀的中國農民，他們被諸多的勢力欺壓了兩千年，形成了溫順賢良的秉性。所以當小鬼子沒沒有進行燒殺擄掠的時候，老百姓雖然會心有不甘，但真的沒有到奮起以命相搏的地步。《鬼子來了》明晰這一點，不粉飾，不拔高，給觀眾展示了一個獨屬於那個時代的原生畫卷。
好在，殺戮過後，馬大三從"東郭先生"的錯誤中猛醒，隻身一人闖入日軍俘虜營報仇。只是結局有一次顛覆觀眾的期待心情：馬大三竟被國軍以"違背停戰協議"的罪名要被處以極刑，且讓當初他救下的花屋小三郎執行殺戮的命令，這可真是一個天大的諷刺。當初，該殺的時候不去殺，等想殺的時候已經晚了，這是民族的悲劇呢，還是馬大三的個人悲劇？
就這樣，馬大三顛覆了我們在孫犁的《荷花澱》、徐光耀的《小兵張嘎》、馮德英的《苦菜花》等作品中見到的所有以往抗戰題材中的農民形象，成為了獨一無二的"這一個"，為中國乃至世界影壇添加了一道新風景。
除了馬大三，在《鬼子來了》一片中，同樣被顛覆的還有那個"我"，"我"是誰？在這個故事中並不重要，重要的是"我"竟然在後來的情節發展中失信和缺席，結果，無辜的村民只好被動地、擔驚受怕地將自己置於與鬼子的緊張對立關係之中。度過了一段難熬的日子之後，成了日本人的刀下之鬼。這一方面說明了這個"我"與其他抗日題材類型片中的同類形象早已不可同日而語；另一方面，只聞其聲不見其人的表現方式也把傳統意義上的哥們（抗日）力量給徹底地邊緣化了。
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