在早稻田大學畢業後，朱希祖同樣成功出師，回到國內。這時候的朱希祖已經擁有三樣拿得出手的名頭了:國外留學、名師弟子、家傳儒學。這三樣幾乎就是民國大部分大師的標配了，一旦擁有這三個履歷，幾乎不必找工作，只有工作找你的份。
一回國，就到了浙江兩級師範學堂做老師，意味著什麼呢？相當於現在一畢業就去北京大學做老師了。畢業肯定是一個年紀畢業的，所以，也有一些同學跟他一起前往任教，包括魯迅和許壽裳。
這時候，魯迅也蓄起了鬍子
這時候，學校來了個新校長，頑固守舊，自然而然地就好朱希祖他們這些出過國的先進青年意見不合，直接起了衝突，最終學生罷課，老師罷工，沒辦法，只好換了校長。至此，木瓜（傻瓜，比喻校長）戰役大獲全勝。
這裡，就體現了團隊和傳承的重要性。要是朱希祖等人毫無背景，自然就不會得到重視，戰役也會失敗了。
當然了，這些只是小打小鬧。清帝國倒臺後，政府認識到開啟民智的重要性，成立了全國讀音統一會。朱希祖這時候已經是浙江省教育司的成員，作為音韻大師章太炎的弟子，當仁不讓地作為浙江省的代表前往參加會議。
作為音韻大家的章太炎自然受到了邀請，但他本人沒來，而是寫了一篇文章了反駁會長吳稚暉用羅馬字母拼音的建議。作為弟子，朱希祖自然站在老師一邊，當時還有魯迅、許壽裳、馬裕藻、陳濬都是章太炎弟子，一起力挺恩師。
朱希祖雖然專攻歷史，但作為必修課的音韻他可不弱，只是被其他人掩蓋了。他結合章太炎所創的……（就是一堆專業術語，總而言之，從老師的研究總結出一套注音符號），然後拉上錢稻孫（錢玄同的侄子）一起聯名提出議案，最終以四十五人得二十九票贊成得到同意。
此次事件，也表現出有一個好老師的重要性，這次活動，朱希祖收到了老師的先進表揚一次。由此，朱希祖被北大校長聘請為北大預科教授。
後來政府打算統一標點符號時，朱希祖因為擁有項目相關經驗，也被推選為北大代表之一前往參會。北大派出的六個代表就有四個的章太炎的弟子，除朱希祖外，還有馬裕藻、錢玄同、周作人，還有胡適和劉半農兩人。
從左到右，從上到下:朱希祖、周作人、錢玄同、馬裕藻、胡適、劉半農
讀音統一會事件過後，章太炎因為大罵袁世凱，造成社會極大影響，袁世凱認為其擾亂社會秩序，判處拘禁在家。
老頭也不好惹，就絕食，他要是出了什麼問題，絕對沒袁世凱好日子。絕食期間，感覺好像大限將至，就叫朱希祖到身邊:自己各方面的傳承已經有後人了，你不用傷心，好好消化好的的傳承，光復我的學說，就是諸子學問和哲學思想沒有傳承。
這就相當於臨終遺言了，雖然大弟子沒在身邊，但朱希祖也是作為他的真傳弟子之一聆聽他的遺訓，繼續發揚他的學說。
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