如果真的有神存在的話，必定會向我降下天罰的吧
貞德被火刑後數天覆活作為黑化Ruler迴歸奧爾良，取得聖盃並召喚出六騎再強行加上狂化屬性，企圖用他們和用聖盃召喚出來的龍毀滅整個法國，被人稱作「龍之魔女」。
順帶一提，因為遊戲設定的關係，跟他們戰鬥時只有弗拉德三世不符合他被召喚出來的職階（非Lancer而是Berserker）。
主角一行人在途中遇見了貞德，貞德〔Alter〕稱她為自己所捨棄的東西。
這個貞德雖然也是Ruler，但失去了控制和遠距離探知Servant的能力，另外還相當純情的樣子。
在拉沙裡泰（ラ・シャリテ）被貞德〔Alter〕、穿刺公和卡米拉攻擊時得到本應幾百年後才出生的瑪麗·安託瓦內特和沃爾夫岡·阿馬德烏斯·莫扎特的幫助，羅曼醫生推測當地的聖盃為平衡聖盃戰爭而召喚出另外七名Servant。
根據瑪爾達的情報到里昂（リヨン）尋找出現的傳說屠龍者，在尋找期間成功擊倒在當地的劇院魅影，但在救出他的過程中被貞德〔Alter〕帶領蘭斯洛特、夏爾·亨利·桑松和邪龍襲擊。
貞德〔Alter〕命令夏爾和蘭斯洛特攻擊主角群，他們被主角群擊退後蘭斯洛特毫不意外地誤認貞德為亞瑟王而瘋狂攻擊，被主角群再次打倒後消失。
而齊格飛為對抗邪龍使用幻想大劍後用盡氣力，面對卡米拉和龍群的攻擊，在千均一發時主角群得到當代在生的吉爾·德·雷的支援。但當吉爾·德·雷叫住原版貞德的時候，貞德顧慮到吉爾的名聲而選擇不回應他離開。
為尋找能進行洗禮詠唱解除齊格飛身上詛咒的「聖人」來到蒂耶爾（ティエール），跟隨莫扎特所說「可怕的聲音」發現到正在爭吵的伊麗莎白和清姬，花了一些力氣(戰鬥)才令她們冷靜下來。
根據清姬的情報，主角們終於找到「聖人」——喬爾喬斯，在貞德和喬爾喬斯進行洗禮詠唱時瑪麗選擇自己拖延追擊的夏爾、貞德〔Alter〕和法夫納，成功令齊格飛身上詛咒解除，但也犧牲了自己，而齊格飛和主角群成功擊倒邪龍法夫尼爾。
休息一晚後，主角一行人攻向充滿魔王城感覺的奧爾良，途中消滅騎士迪昂、弗拉德三世、夏爾、卡米拉和阿塔蘭忒後衝進城堡，齊格飛、喬爾喬斯和莫扎特則守在城堡外。進入城堡後，在伊麗莎白·巴托里和清姬拖延著Caster吉爾時，主角、瑪修和貞德與貞德〔Alter〕和她緊急召喚的黑影Servant對決。
消滅貞德〔Alter〕後的貞德和主角一行才發現真正擁有聖盃的是Caster吉爾·德·雷，他向聖盃許願貞德復活加上他自己對背叛貞德的法國的仇恨創造了本來不可能存在的貞德〔Alter〕以及召喚了與龍相關的各Servant。
所以主角們遇到非貞德〔Alter〕控制的Servant其實本身是中立Servant，這也能邀請他們加入看來主角被選中的原因是他/她的潛在攻略能力。
消滅Caster吉爾後，現世的吉爾趕進城堡裡。面對出現 在眼前的聖女，吉爾高興的不知道說什麼好，但是得知只是“泡沫一般的再會”時候，吉爾對貞德表示了最大的歉意，認為是法蘭西背叛了貞德，最後貞德表示這場戰爭會成為夢境，帶著一點悲傷和主角們道別。
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