肥料發酵過程中，要注意從以下幾個方面進行控制：
1、合適的C/N比。肥料的發酵過程，就是微生物對有機物的分解過程。其中主要是好氧型微生物的活動。
微生物進行活動的最合適的C/N比為25-30，在這個範圍內各種有益微生物活動效率最高。隨著肥料發酵進行，C/N會逐漸下降，發酵完成後，下降到15-20左右。
2、水分。肥料發酵過程中，以水分含量60%左右比較合適，低於40%，生物菌會因為水分含量不足而休眠，從而停止活動；如果超過80%，好氧型微生物就會因為氧氣不足造成火星下降，厭氧型的腐敗菌會開始活動，造成發酵物腐敗。
含水量60%，我們在具體操作過程中，以物料用手一握能從指縫有水，撒手能散開為標誌。
3、溫度。有機物的分解速度隨著溫度的升高而加快。
有機物的分解，是從易分解的糖、蛋白質等開始，再到纖維質，最後才是難分解的木質。
在發酵初期，是低分子的糖與發酵溫度較低，30-50度，主要分解糖、蛋白質，這個時期細菌、線狀菌最活躍；
發酵中期，主要分解纖維物質，這時的發酵溫度一般在60-75度，這個時期放線菌、細菌、線狀菌最活躍；
發酵後期，主要是分解木質物質，這段時間發酵溫度一般在30-40度，這個時期擔子菌、放線菌、細菌、線狀菌等微生物最活躍。
4、氧氣。
發酵過程中的氧氣調節一是通過合適的含水量，在含水量60%左右時，含氧量充足，可以滿足好氧型微生物的活動及增殖。另一個是通過對發酵物料進行翻堆，從而達到散熱及增加氧氣的目的。
5、發酵時間。
決定肥料發酵時間，主要是物料的組成，如果是易分解的有機物，則時間短；含纖維質多的次之；需要發酵時間最長的是木質物料。另外，與物料的狀態及使用的菌量C/N比等都有關係。
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