故事發生在上個世紀七十年代，一幫有文藝才能的青年男女從大江南北被挑選出來進入文工團，身上肩負著軍隊文藝慰問和文藝宣傳的重大使命，她們舒展著美好的身體，在為這個時代舞蹈和歌唱。
故事聚焦在一對年輕男女身上，一個看似無所不能到被集體無數次謳歌的“活雷鋒”，一個是身世悽慘從未被世界善待過的女青年。活雷鋒把女青年帶進了文工團，女青年以為能改寫自己的命運，不料捲入了另一場宿命的輪迴。
劉峰是集體主義盛行下被反覆吟誦的“活雷鋒”，他因為人好而被大家團團包圍住，被追捧、被拔高。大家在享受他的好的同時削尖了腦袋渴望成為他，卻又一面暗地裡譏笑他的愚笨，劉峰在這樣的環境裡幾乎忽略了自己的個性發展。直到一首鄧麗君的情歌激發他的荷爾蒙。
他一直暗戀文工團裡的林丁丁。聽完情歌深情擁抱了林丁丁。不料被團友撞見，團友暗諷林丁丁“腐蝕”了他們的“活雷鋒”。丁丁憤懣、難堪，回宿舍大哭一場，說“活雷鋒”耍流氓。劉峰的愛被認為是低劣的、淫穢的、可恥的，他爆發了，試圖凸顯自己的個性，很快被掐滅了苗頭。
他被髮配去前線，昔日人人敬仰的活雷鋒轉瞬淪為人人喊打的臭流氓。但他還是試圖將集體的榮光與善意發揮到最大，他帶隊與敵軍作戰，遭到突襲，他率先指導部下運送屍體回去，把手臂大動脈被打穿的自己留在戰火紛飛的環境裡。
他的胳膊斷了，他再度成為了英雄。但英雄的日子並不好過。戰爭結束後他為了養家餬口，獨自去到海南，靠給書店運送書刊為生。送書的車被扣押了，就連聯防辦都要勒索他的錢。沒人在意這個昔日的英雄老兵究竟為這個國家，為這個集體付出些什麼。
何小萍是被劉峰帶進文工團的，劉峰幫她隱瞞了父親在接受勞改的身份。她從進入這個集體的第一天起，就變成了這個集體的笑話。
她因為偷偷拿舍友的軍裝去拍照而被唾罵，因為愛出汗被大家嫌棄，就連和她伴舞的男生，都當眾羞辱她。她夜裡偷偷躲在蚊帳裡給父親寫信，沒料到父親有一天老死在牢裡。她那個要靠把自己凍三天活生生把自己凍發燒才肯抱著她睡一夜的媽，自然也不會管她。
她雖然不好受，但似乎也習以為常。畢竟從小到大她也沒有人善待過她，除了劉峰。因而她對這個世界而不至於太失望。
可是她親眼見證了好人沒好報，她徹底對這個世界失望了，內心萬念俱灰。劉峰被髮配走，她去送他，抱走了一箱子他作為“活雷鋒”的獎品，好笑又可憐。她憤恨、同情、不捨，於是一句“你能抱抱我嗎”穿越漫天硝煙，在舌尖縈繞了長長的十幾年。
她放棄曾經夢寐以求領舞的機會，以假裝發燒來進行無聲的抗爭，最終被髮配去前線救死扶傷，每天看到一車車的屍體浮現在眼前。她挽救了無數傷兵的性命，終於做了一回英雄。
可是當了英雄的她，卻精神失常了。時隔多年，文工團進行最後的彙報演出，她卻以病人的身份坐在了觀眾席裡。熟悉的音樂響起來，她坐在原地，手指跟著節奏舞動，最後索性跑到了外頭的空地裡，完成了一段屬於自己的獨舞。
每個人都在同自己的青春芳華告別。
《芳華》像是一面鏡子，折射出他們曾經滿載夢想和愛的最好年華。這片芳華被恣意投擲在時代的熔爐裡，燃燒，摔打，揉碎，最終隨著時代一同變成灰燼，再被人踩上幾腳，疼到心尖上。
那個實現了民族夢想，盛產唯大英雄的年代，看起來光輝又明亮，但終究還是難以迴避明晃晃的日光下也有陰影的事實。
陰影下有渺小的人物，渺小的人物有屬於他們的芳華。我們在這個美好的年代裡虛度光陰，看他們曾在最壞的年代裡洗盡鉛華。
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