受《三國演義》的影響，今天的許多史學家也大都認為，華佗不僅醫術高明，而且醫德高尚，時刻心繫天下百姓的疾苦，不肯服侍權貴，專門為曹操一個人看病，於是藉口妻子病重離開了曹操，曹操屢次催他回來他都不肯，最後曹操一怒之下把他給殺了。其實仔細研讀三國志就會發現華佗之死是另有原因的。
華佗與張仲景，董奉並稱為“建安三神醫”雖然名聲很高，但是其地位遠遠低於普通的官宦子弟，當時讀書人竇看不起學醫的，雖然那個時候沒有科舉制度，做官必須是舉薦的，又稱“舉孝廉‘’。華佗才氣比較大，但是很自負。同大多數人一樣，華佗讀書也是為了入仕為官，學醫只是他的業餘愛好。當時沛國的尹相陳珪舉薦華佗為孝廉，太尉黃宛批准他做官，而華佗認為自己才氣很大，不願意去做小官，要做官，那就要做大官才可以，頗自負，認為陳珪、黃琬薦舉的官職都不大，不肯為之。二是他已經迷戀上醫學，不願為此小官而拋棄所喜好的醫學。 走上從醫道路後，華佗深以為恥，經常後悔，時刻等待入仕為官的機遇。 《三國志》的作者陳壽在該書的《方技傳》中寫道，“然本作士人，以醫見業，意常自悔”，一語道破了華佗走上從醫道路以後的心態。在行醫的過程中，華佗深深地感到醫生地位的低下。他的醫術是高明的，名氣越來越大，前來請他看病的高官權貴越來越多。和這些達官貴人比起來，自己作為一名醫生那是太掉價了，心裡落差太大，性情變的怪異起來，慢慢的就變的很難和人相處了，所以對當初嫌棄官職微小而放棄感到很後悔，只能期盼著機會的再次降臨。
後來曹操得了頭痛的病，有人留舉薦了華佗，華佗認為機會來了，就興沖沖的來到曹營，對曹操說：你的病比較頑固，我雖然是名醫，你的病在短期內很難徹底治好，即使長期治療，也只能苟延歲月。，這就是明顯帶有點威脅恐嚇之意，就是希望曹操能夠懇請他，以此來重用他，可是華佗的這個想法被曹操看穿了，曹操後來說，“佗能愈此。小人養吾病，欲以自重”,意思是說，華佗能治好這病，他為我治病，想借此抬高自己的身價。這說明曹操當時是明白華佗的言外之意的。但是他並沒有立即滿足華佗的要求。在曹營到了一段時間，見沒有得到重用，便藉口妻子生病，稱自己要回家治療妻子的病，告假回家了，結果一去不回來了，曹操多次去信催促華佗回來，還命令當地的縣令遣送華佗回來，可是華佗就是找藉口不回去，曹操沒辦法，只好派人前來查看，臨行前，曹操吩咐，要是華佗妻子確實有病，那就送給40兜小豆作為慰問品，要是沒有病，就把華佗給抓回來，。這就說明曹操已經對華佗失去耐心了。可華佗壓根就不知道，還以為曹操離不開他呢。事情結果可想而知，華佗被曹操給抓了回來，投進了監獄，不就就被處死了。
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