甲醛是一種有毒物質，可與蛋白質結合使其變性，極大傷害細胞 ；易與細胞親核物質反應，致DNA損傷，被列為可疑致癌物質。我國禁止甲醛作為添加劑應用於食品，農業部標準《無公害食品、水產品》規定水產品中甲醛含量應小於10mg/kg。
水產品中甲醛的來源可分為外源和內源兩種。
外源性主要有：1人為添加，不法商販利用甲醛防腐、固色、增持水性等功能，追求水產品感官性狀，延長保鮮時間。2包裝容器等的汙染，甲醛是合成樹脂、塗料及粘合劑等的重要原料，可在包裝材料中溶出。3漁藥或消毒劑殘留，甲醛對車輪蟲病等原生動物性魚病有較佳防治效果，甲醛溶液有消毒效果。
內源性甲醛是水產品自身產生的，嚴重困擾著許多企業。其最主要的生成途徑有二：一是水產品在低溫保藏時，自身的酶(特別是氧化三甲胺酶)和微生物，將氧化三甲胺分解為二甲胺和甲醛；二是水產品在高溫加工中產生(CH3)3N·自由基，最終導致甲醛生成。另外，有研究發現脂質的氧化、過氧化，一些氨基酸的代謝，以及一些脫甲基反應都可產生甲醛；它還是嘌呤、胸腺嘧啶合成的中間產物。
目前水產品中甲醛的控制可從兩方面著手。一、使用甲醛捕獲劑/抑制劑，使它們與甲醛反應或抑制酶活。如麥芽糊精能顯著抑制凍藏鱈魚魚糜中甲醛的產生，茶多酚在魷魚加熱過程中能有效降低甲醛量，植酸和醋酸可抑制水產品中氧化三甲胺酶活。二、可通過優化食品加工工藝，主要是加熱溫度和時間來控制甲醛的產生。
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