防腐劑體系設計好以後，在生產過程中也需要採取嚴格控制措施，防止化妝品在生產過程中的汙染（一次汙染）。化妝品成分複雜，含有的許多營養物質是汙染微生物生長的良好培養基，在化妝品的整個生產過程中，從原料進廠，經過多道工序製成產品，各種各樣的因素均有可能導致微生物汙染。分析化妝品生產過程中微生物汙染的來源，採取相應的預防和控制措施，對於保證產品質量是非常必要的。
一、防止原料的汙染
化妝品原料種類繁多，主要包括各種表面活性劑類、動植物油脂類、動植物蠟類、脂肪酸及其酯類、醇類、烴類、膠質類、糖類、澱粉類、蛋白質類、纖維素衍生物類、維生素類、無機鹽類和粉劑填料類工業品。這些原料進廠前，大多未經滅菌處理，並且具備微生物生長繁殖的條件。許多革蘭氏陰性菌在多數表面活性劑的媒介中均能很好地生長，革蘭氏菌特別是單胞菌經常出現在多數化妝品原料中。另外，化妝品生產中使用大量的水，也有可能將微生物帶入成品中。一般來講，原料的質量在很大程度上決定成品的質量，所以，在化妝品的生產過程中必須建立原材料的檢測程序，制定原料的微生物指標，採用嚴格的殺菌、除菌方法。原料貯存時容易汙染，應採用防潮容器，按規定的溫度和使用期限使用。對受到微生物汙染的原材料，一般採用熱殺菌、紫外線殺菌及過濾除菌、沉降除菌等方法。熱殺菌方法對滅殺一般的微生物均十分有效。化妝品用水一般採用去離子水或蒸餾水，貯存幾天後會產生各種雜菌。為保證用水的質量，應每日檢測水中的微生物，如果沒有明顯問題出現，可減少測試頻率，但這必須建立在已證明的有效系統基礎上。但對水處理系統中微生物控制裝置及各用水點，每星期至少進行一次微生物檢驗，假如有某一取水點測試結果超標，必須進行全面分析，直到找出原因並採取果斷措施加以改正。
二、防止環境和設備的汙染
生產環境中空氣系統的設計針對工廠每一個區域的特殊要求而有所不同，它應考慮在操作區域所內的空氣質量，這將要求幾種不同的空氣處理系統，這些系統要基於每一服務區域所需的空氣質量來設計。這些系統的設計必須要考慮幾個方面，包括進入空氣的質量、溫度、溼度、交換速度和系統設計對空氣純度的要求，並且要考慮進/出通風口的位置，以及控制氣流模式的管道的佈置。在潮溼地區，需定期對牆壁、天花板、地板、鍋釜、攪拌槳、供料管和用具進行強力清洗和殺菌消毒，因為這些地方有利於微生物的生長繁殖。常用的消毒劑有次氯酸鈉、甲醛、新潔爾滅、醋酸洗必泰和乙醇等。
三、防止包裝的汙染
包裝材料（桶、瓶、蓋）的不衛生會造成化妝品的微生物汙染，需要清洗後再投入使用。特定的包裝是保持化妝品質量的措施之一。同一類型產品的保存因其包裝類型不同而有不同防止微生物汙染的效果，乳液化妝品採用泵式包裝的效果好；香波使用旋蓋要比滑動蓋的效果好。
四、防止操作人員的汙染
人的皮膚、鼻、耳、口等均有微生物存在，毛巾如果在沾溼情況下一段時間後會含有大量微生物（包括革蘭氏陽性菌），因此良好的個人衛生是控制微生物汙染的有效方法，不執行良好個人衛生的員工將使以上所述的所有工作失去意義，儘管有最好的用品、設備、程序及好的清潔衛生操作，汙染仍有可能發生。應穿戴清潔專用的衛生服、衛生帽、衛生鞋，並要求對生產人員的手進行消毒。一般是先用肥皂和水洗淨再浸入含氯消毒液或75％乙醇中，或採用新潔爾滅和醋酸洗必泰進行消毒。
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