圖像處理對於以發表圖像的形式展示圖像數據來說是必要的，但是不恰當的圖像處理會導致論文被拒以及對研究可信度的懷疑。即使故意舞弊相對罕見，但是由於無知導致對圖像不當處理的情況經常發生。Journal ofCellularBiology(JCB)是首批嚴格檢查圖像和篩查圖像處理的期刊之一。由JCB的出版商The Rockefeller University Press制定的指南（1）自其發佈以來已被廣泛使用。其它期刊和組織也發佈了它們的指南（2-4）。下面我們總結了圖像準備中，允許的和應該避免的要點。
1.亮度和對比度改變。這些變化被認為是線性的（例如，所有像素變亮），將這些改變應用於整個圖像時通常是允許的。不要僅改變局部區域使得某些特徵變亮或變暗。請記住，即使允許這樣的更改，這些更改也應當是適度的，並且不應當導致結果解釋的更改。例如，如果過多地提高亮度，可能使太多像素擁有最大亮度，導致這些像素間的細微差別丟失。避免使用圖像程序的自動對比度，自動色階和自動顏色工具，因為它們可能會過度處理圖像。調整gamma值被認為是非線性變化，應當避免。當一定要調整gamma值和使用偽著色時，應在論文中披露。要記住的另一點是，如果需要展示一組圖像以進行比較（例如，一個對照和幾個不同的治療），所有的圖片均應當使用相同的設置拍攝並使用相同的處理方式。沒錯，這這意味著您應當記錄用於拍攝的設置以及圖像的處理方式。2.裁切。我們通常不需要相機上得到的那樣顯示整個圖片，所以裁切圖片以除去不必要的信息或邊緣周圍空白的區域是允許的。但是，請不要將圖像裁切後將部分拼接在一起，就像它們是一張圖片一樣。如果必須將某些部分拼接在一起，則應當勾勒出這些部分的邊緣以明確地表示它們來自不同的地方。例如，如果你以泳道順序A，B，C，D的進行westernblot，但為了更好地表達你的研究，你想按照A，D，B，C的順序展示，你可以將D泳道剪切插入A和B之間。但是你必須在剪切的D周圍畫線以披露它是被移動過的事實。裁切圖像時要記住的幾件事：第一，裁切不應引入偏差，例如，顯示的區域仍應代表樣本。第二，有時留空是必要的。裁切在westernblot中尤為重要，因為其通常只展示目標蛋白帶。裁切距離條帶太近可能讓讀者懷疑你試圖掩蓋附近還有另一個條帶的事實。一些期刊要求在圖像上顯示條帶上方和下方的印記區域。第三，要在一起展示進行比較的圖像應當裁切為相同的大小。
3.調整尺寸。發表在期刊文章中的圖片尺寸幾乎永遠不會與原始圖片相同。尺寸調整是將圖片設置為期刊所需大小的必要步驟。通常，縮小圖片（例如，減少像素數）是可以接受的。計算機軟件可以通過將像素取平均值來將多個像素組合為一個像素，而人眼不會察覺到差異。不要試圖增加圖像的像素數，因為計算機軟件將不得不創建本不存在的額外像素。這會導致您數據的錯誤解釋，也無法使低分辨率的圖像看起來更好。在重新調整大小之前，應在圖像上添加比例尺，以使最終圖形的尺寸比例尺正確。同樣，應將用於比較的一組圖像放在一起展示，並以相同的方式調整其大小。以上三種類型的更改是最基本的，而且幾乎只有這些是允許的讓圖片看起來更好的幾種更改操作。更復雜的操作都需在論文中進行描述。以下要點可以幫助你最大程度地減少對圖像的修改操作。1.提前計劃。如果您計劃好了蛋白質印跡實驗，則不太可能需要重新排列圖中的泳道。
2. 獲取最佳圖像。熟悉用於圖像採集的儀器和軟件，以使所拍攝的圖片接近應在論文中顯示的方式。以儘可能高的分辨率拍攝照片並保存為正確的格式（TIFF，而不是JPEG）。您還應該以圖像採集軟件的源文件格式保存文件，因為此類文件可能包含儀器設置的元數據，例如放大率信息。
3.始終保存原始圖像文件。當您開始處理圖像時，請保存另一個副本，以便始終留有原始文件。這樣做有幾點好處，第一，如果您處理過度或犯其他錯誤，則始終可以重新開始。第二，期刊編輯可能會要求查看您的原始圖像，以確保正確處理了圖像。第三，數字圖像包含的信息超出了我們肉眼所能看到的範圍。一個8位的灰度圖像可以具有256個灰度，而人類只能區分大約30個灰度。上述處理旨在使讀者獲得最佳視覺效果，因此在處理後的圖像中，由於圖像數據已被改變，某些信息可能已丟失。如果需要進行定量測量，則應使用原始圖像，而不是經過處理的圖像。
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