太平洋戰爭期間，在兵敗瓜島之後，日本意識到必須強化補給能力才能支持前線作戰。
當時，潛艇運物資比較可行，但是海軍跟陸軍長期交惡，加上海軍也已是自身難保，對陸軍的需求只要能不管就不管。陸軍對海軍已經不抱太大希望，為給前線士兵運輸補給物資，開始自行秘密研製運輸潛艇。
為了加快建造進度，設計方案不斷被簡化處理，潛艇的性能也是一再縮水。這種“潛航輸送艇”排水量不足400噸，航速在5節左右，只配備一門小口徑火炮用於自衛。
潛艇可裝載24噸糧食，差不是2萬名士兵一天的定量。戰爭期間這種潛艇共建成幾十艘。在首艇完工之時，陸軍還“邀請”海軍的人參觀，意在炫耀即使沒有海軍的幫助，陸軍一樣能設計建造潛艇。
不過，這種小型潛艇雖然能夠承擔運輸任務，但全部完工之時已是太平洋戰爭後期，美軍牢牢掌握了戰場的主動權，因此很難再有作為。1944年萊特灣海戰爆發，它們獲得了唯一一次“發揮作用的機會”。
這批潛艇不是因各種故障而沉沒，就是被美軍驅逐艦擊沉。這種潛艇基本不具備自衛能力，遇到美軍反潛艦機就只能選擇下潛規避。直到戰爭結束，這種小型運輸潛艇也只是在日本近海執行過幾次運輸補給任務。
二戰期間，由於日本陸海軍水火不容，陸軍不光搞出了潛艇，甚至還有兩棲戰艦。而海軍方面則是造出了坦克。
據日本軍人自己說，海軍造出的坦克甚至比陸軍的還要好。其實，這還不算什麼，日本陸海軍更離譜的內鬥遠不止於此。例如，陸軍掠奪來的石油絕不會分給海軍，通常是揹著海軍自己組織海運，而很少主動向海軍求助。不少大型運輸船因缺少護航被擊沉。
軍工生產領域陸海軍也是“各自為戰”，分別建立起獨立的軍工體系。
日本是個資源匱乏的國家，很多原材料都需要從外部獲得。例如鋼鐵、橡膠這樣的物資，陸軍一旦弄到的就希望獨吞，即使不得不依靠海軍幫助運輸，陸軍就派人跟船以防物資被海軍“抄截”。當然海軍也經常“坑”陸軍，美軍潛艇活動頻繁的海域，海軍只是自己內部通報卻不告知陸軍。
美軍潛艇經常發現剛剛擊沉敵艦船的地方還有日本船來送死，不用說那就是陸軍的船！這種分歧不光在軍界，甚至蔓延到了科研部門。陸、海軍各自的科研人員也很少有技術成果交流，這嚴重製約了先進武器裝備的發展。
在日本“軍部”中，長期存在著陸、海軍各自的軍政與軍令“二元結構”。上世紀30年代制定國策時，陸軍主張“北進”而海軍希望“南下”，這種分歧一直沒能平息。
日本曾多次試圖在陸、海軍之上設立統一的指揮機構，但沒有成功。這使得日軍很難在戰場上實施有效協同。整個二戰期間，很難想象日本陸、海軍是同屬於一個國家的軍隊。
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