關元穴是任脈與脾、肝、腎三經的交會穴，關係到人體的先天之根和後天之本。先天之根是肝、腎，
腎是藏精的，男性以腎為先天之本；女子以血為本，肝藏血，女性主要以肝為先天之本。後天之本是脾和胃，這就決定了關元穴在防治疾病和強身健體中的重要地位。在強身保健穴位中，重要性僅次於足三里。
關元穴理脾、調肝、補腎，有調理腸道、滋養肝腎、調經止帶、回陽固脫、強身保健之功效，是全身養生保健要穴之一。主治泌尿、生殖、消化系統的一系列病證，並能強身健體、益壽延年。經常按摩或艾灸丹田部位，能夠提高身體素質，強身健體，起到益壽延年的作用，有效地防治與“腎”有關的病變。當然，這裡所說的“腎”病，並非只是西醫解剖學中的腎——“腰子”的病，而是中醫學的腎病。西醫學的腎僅主管泌尿系統功能，而中醫學的腎病包括範圍很廣，除了泌尿系統以外，還有生殖系統、內分泌系統的病變及男性病、婦科病、耳朵病、頭髮和骨骼方面的病、前後二陰病等。可以說在中醫臟腑學說中間，腎的功能最廣泛，也最複雜。
與關元配合應用最多、最好的是三陰交，如果再加上腰部的腎俞和腿上的足三里，那在強身保健、益壽延年方面可就真的是如虎添翼、虎虎生威了。泌尿生殖系統病證諸如小兒體虛遺尿，老人夜間尿頻、白天小便失控，男子遺精、陽痿，女子月經不調、痛經、閉經、產後血虛腹痛等，都可以取關元、三陰交、腎俞、足三里，利用指壓、按摩、艾灸、拔罐、皮膚針叩刺或皮膚滾針滾刺等方法來治療。在提高機體免疫功能及抗老防衰、益壽延年方面有著十分重要的臨床意義。尤其是施行灸法，其強身保健作用更佳。
宋代針灸名醫竇材在《扁鵲心書·住世之法》中記載了宋高宗紹興年間一個名叫王超的士兵，山西太原人氏。據說是在深山老林得到一位高人的指點，學會了火灸臍下丹田的技術，並且練得一身武藝。後來先是從軍，退役後又做了盜賊，攔路搶劫、姦汙婦女每日可達十人之多。當地百姓怨聲載道，紛紛報官，要求官府將其捉拿歸案。但由於此人來無影、去無蹤，還會飛簷走壁，官府五年也沒有抓住他。到第六年抓住他的時候，他已經是九十多歲的人了，年近百歲還猶如花甲之人，滿面紅光，聲音洪亮，精神抖擻，身強壯。在將其斬首之前，監斬官問他為何年近百歲還猶如花甲之人？他回答說完全靠幾十年來的“艾火之助”，自己冬天不怕冷，夏天不怕熱，好幾天不吃飯也不覺得餓，並說“木成炭，土成磚，皆火之力也”。王超死後，監刑官令手下解剖王超的肚子，發現他的下腹部有一塊既不是肉也不是骨頭的硬塊，像石頭一樣堅硬，這就是艾灸的效果。
關元、三陰交，善調脾、肝、腎。有健運脾胃、調理腸道、滋養肝腎、調節小便、調理月經及強身保健、益壽延年等作用。主要用於防治因肝、脾、腎功能失調引起的多種疾病，特別是消化系統、泌尿系統、生殖系統的病證（包括男性病、婦科病）。包括：①治療腹脹、腹痛、腸鳴、腹瀉。②治療小便頻數、淋漓不盡、遺尿、小便失禁。③治療小便不利、尿閉。④治療遺精、陽痿、早洩、男性不育。⑤治療月經不調、閉經、痛經、產後腹痛、不孕症（女子的這些病症，都會在關元、三陰交穴上出現不同程度的壓痛）。在日本，人們崇尚青年人灸關元、三陰交，以旺盛生殖機能，防止性病。對於女性而言，還有調理月經的作用。⑥強身保健、益壽延年。
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