1.中國科學院新疆理化技術研究所
- 中國科學院新疆理化技術研究所，於2002年3月28日，在原中國科學院新疆物理研究所和新疆化學研究所（均於1961年成立）的基礎上整合成立；
- 研究所現已建立“中國科學院乾旱區植物資源化學重點實驗室”，省部共建“新疆特有藥用資源利用國家重點實驗室培育基地”以及“新疆植物資源化學”、“新疆電子信息材料與器件”2個省級重點實驗室和2個省級工程技術中心；
- 新疆理化所是1987年國務院學位委員會批准的碩士學位授予權單位之一，2004年經國務院學位委員會批准增列博士培養點，現設有微電子學與固體電子學、材料物理與化學、計算機應用技術、有機化學、無機化學、物理化學、物理電子學7個博士培養點，有機化學、無機化學、物理化學、藥物化學、微電子學與固體電子學、物理電子學、材料物理與化學、計算機應用技術、計算機技術、材料工程等10個碩士研究生培養點，並設有化學、電子科學與技術2個專業一級學科博士後流動站；
- 共有在學研究生206人（其中碩士生123人、博士生83人）、在站博士後16人、與企業聯合招收博士後6人，出站5人。
2.中國科學院新疆生態與地理研究所
- 中國科學院新疆生態與地理研究所成立於1998年7月7日，由中國科學院新疆生物土壤沙漠研究所（1961年成立）和中國科學院新疆地理研究所（1965年成立）合併而成。
- 研究所主要開展“絲綢之路經濟帶”生態與環境監測和評估、新疆和中亞礦產探測與環境治理、乾旱區戰略生物資源可持續利用、新疆農牧民增收和區域發展等研究。
- 新疆生地所是1983年國務院學位委員會批准的博士、碩士學位授予權單位之一，現設有地理學、生態學、地質資源與地質工程三個專業一級學科博士研究生培養點，有自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、植物學、生態學、地球探測與信息技術等六個二級學科博士研究生培養點，有自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、植物學、生態學、環境科學、水土保持與荒漠化防治、環境工程、測繪工程、生物工程、地球探測與信息技術等十一個專業一級（或二級）學科碩士研究生培養點，現在學研究生共450人（碩士生226人、博士生224人），在站博士後38人。
3.中國科學院新疆天文臺
- 中國科學院新疆天文臺始建於1957年，原名為中國科學院烏魯木齊人造衛星觀測站，1987年更名為中國科學院烏魯木齊天文站，2001年4月更名為中國科學院國家天文臺烏魯木齊天文站，2011年1月更名為現名。
- 新疆天文臺是中國綜合性天文臺之一，是中國西部地區唯一的天文研究機構。新疆天文臺是中國科學院天文大科學研究中心成員。
- 研究領域包括射電天文、光學天文和應用天文，主要從事脈衝星、恆星形成與演化、星系宇宙學、高能天體物理、天體化學演化、粒子天體物理、衛星導航等方面的理論與實測研究，並開展微波接收機、射電望遠鏡結構與控制、數字信號處理等方面的技術與設備研發。
- 設有天文學專業一級學科博士、碩士研究生培養點和博士後流動站，在學研究生83人、在站博士後3人，招收“天體物理”及“天文技術與方法”專業學術型研究生，適合天文、物理、數學、化學、光學、機械、微電子、計算機、信息、自動控制等專業畢業生報考。
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